微生物種群鑒定測序(16S\18S\ITS)方法是首先提取樣品中微生物總DNA,然后運用PCR技術擴增細菌基因組中的16SrDNA、基因組中的18SrDNA或ITS區域,獲得絕大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可變區的擴增產物,并構建擴增產物的文庫,利用第二代測序平臺進行大規模高通量測序,然后比較分析測序數據,該方法近幾年已廣泛應用于轉基因作物對土壤微生物群落多樣性影響的研究。16S/18S/ITS擴增子測序基于第二代高通量技術NGS,對16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列進行測序,是先進的微生物種群鑒定測序技術,能同時對樣品中的優勢物種、稀有物種以及一些未知的物種進行檢測,獲得樣品中的微生物群落組成以及它們之間的相對豐度。探討微生物多樣性對于研究微生物與環境的關系、環境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現實意義。上海融享生物科技有限公司作為上海一家專業的16s 公司。四川16S測序機構電話
1. 16SrDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區域和9個高變區域,其中保守區在細菌中差異不大,高變區具有屬和種的特異性,對16SrDNA某個高變區進行測序,用于研究環境微生物中細菌或古菌的群落多樣性。18SrDNA測序:18SrDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,對18SrDNA某個高變區進行測序,用于研究環境微生物中真核微生物的群落多樣性。ITS測序:ITS分為兩個區域ITS1h和ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間,ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進行測序,用于研究環境微生物中群落結構多樣性。
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擴增子測序是一種高靶向性地分析特定基因
組區域中基因變異的方法,是發現單核苷酸多態性
(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的理想方
法。其利用 PCR 的引物來擴增基因組的特定區域,
靶向地捕獲目標區域的 DNA,達到目的 DNA 片段
的富集目標;針對擴增產物(也被稱為擴增子)
進行高通量測序,分析序列中的遺傳變異等信息。
一般認為,核糖體 RNA (rRNA)基因存在于所
有細胞生物體中,由于很少發生大規模的橫向基因
遷移,因此具有一系列由非常保守到高變的區域,
適合于微生物分類信息的確定。由于核糖體操縱子
具有足夠的保守性,因此常被用作多樣性調查的標
記基因,主要包括 16S rRNA、18S rRNA 和轉錄
間隔區(internal transcribed spacer,ITS)等。
在過去的 10 年中,NGS 技術被用于探
索各種生態系統中微生物群落的多樣性和組成
結構,諸如全球氣候變化及微生物響應、生
物地理分布[10-11]、海洋生態系統[12]、農業生態系
統、生物降解及修復、野生動物及人體
共生微生物[等各個領域。隨著高通量測序技術
的不斷發展和參考數據庫的不斷更新,利用核糖
體操縱子作為 DNA 標記可以揭示不同生態系統
中的微生物多樣性和組成。然而,針對不同環
境樣本的引物選擇和實驗過程仍然需要更細致的驗證。 想要測序16s ?您要先了解16s 的特點。
用下一代測序技術(next generation sequencing,NGS)測定
16S/18S/ITS 某個可變區的序列,可以反映環境樣
品在細菌、、古菌等組成的微生物群落之間的
差異,對研究海洋、土壤、宿主等不同環境中的
微生物群落組成及動態變化有重要的指導作用,同
時也是系統發育和分類學研究中一種使用的方法。
ITS 的保守型表現為種內相對一致,種間差異較明
顯,能夠反映出種屬間甚至菌株間的差異。此外,
ITS 序列片段較小(ITS1 和 ITS2 長度分別為 350 bp
和 400 bp 左右,但不同物種之間存在一定差異),
易于分析。也就是說,ITS 具有更高的擴增和測序
成功率以及分類學分辨率,目前已被應用于真
菌不同種屬的系統發育分析。 上海融享生物科技有限公司測序的16s 擁有完善的售后服務。河北真核微生物16S測序實驗
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16S~23SrRNA 基因間區不但可以用于菌種間的鑒別,還 可
以用來分辨16SrRNA 基因不能鑒別的非常接近的菌種和種
內 菌 株,是 16SrRNA 基因分析很好的補充。金 中 淦
等利用16SrRNA、16S~23SrRNA 基因對主要血流
病原菌進行檢測比較后認為在細菌鑒定中,16S~23SrRNA
可作為比16SrRNA 基因更好的分子靶標,可 以 在24h內 將
病原菌的種類報告給臨床醫生。Zhu等的 研 究 表 明16S~
23SrRNA 基因分析 可 以 將16SrRNA 序 列 同 源 性 達97%的
兩株黏質沙雷菌區分開。根據16S~23SrRNA 基因間區兩端
被高 度 保 守 的rRNA 所包圍的結構特點,可 利 用 其 兩 端 16S
rRNA 及23SrRNA 保守區設計通用引物作上、下 游 引 物,特
異性擴增特定細菌 的16S~23SrRNA 基 因 間 隔 區,根 據 片 段
數目、長度、序列的多態性或測序來鑒別微生物。 四川16S測序機構電話