病毒宏基因組測序的研究案例:噬菌體是糞便病毒組的主要成員,糞便病毒組移植(FVT)或能有效的調節腸道菌群。在該項概念驗證試驗中發現,接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后,飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢,同時還能保持正常的血糖指標,FVT引起的腸道菌群變化介導了這些保護性功能代謝作用。這項研究表明,FVT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關代謝類疾病。對噬菌體不造成損傷,大程度保證了病毒活性,適用于下游FVT研究。宏病毒組學(ViralMetagenomics)是宏基因組學的一個分支,但與傳統的宏基因組學概念不同,它是在宏基因組學概念的基礎上,結合病毒自身的特點,將宏基因組學方法應用到病毒學領域而形成的。基于NGS的宏基因組學檢測技術在2014年被用于臨床傳染患者的病原學診斷。廣東土壤微生物多樣性測序
宏基因組是指特定環境中全部微生物遺傳物質的總和,宏基因組測序以特定環境中的整個微生物群落作為研究的對象,不需對微生物進行分離培養,而是提取環境微生物總DNA進行研究。其擺脫了傳統研究中微生物分離培養的技術限制,在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環境及宿主之間的關系。目前,第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被普遍應用。第二代高通量測序平臺具有通量高、準確性高、速度快、信息全等特點,加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落,挖掘更多基因資源方面的應用。山東皮膚微生物多樣性分析找哪家宏基因組測序是通過比對數據庫,得到病原體的信息。
病毒宏基因組測序的流程:在探普生物進行病毒宏基因組測序的流程非常簡單,簡而言之,客戶只需要說清楚樣品情況,準備樣品即可,其他事宜都由探普來進行安排。大致流程如下:1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況;2)探普生物工作人員擬定項目合同,雙方協商合同內容后簽字蓋章;3)按樣本準備指南準備好樣本,填寫信息單后通知銷售人員預訂干冰,安排樣本寄運輸;4)客戶支付項目啟動款,探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告;5)客戶支付項目尾款,探普生物提交測序數據和分析結果;6)售后問題處理,項目結題。
宏病毒組是病毒的宏基因組,該技術是隨著高通量測序技術的興起而發展起來的。該技術主要是使用大量微生物群體樣本的測序數據和生物信息學分析手段,以多種數據庫為基礎,進行群體的種類和功能分析。因此,它主要的應用場景在于微生物群體研究,如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術都是在細菌領域使用,病毒的樣本收集困難、文庫構建繁瑣、數據庫不完善,因此宏基因組技術未能獲得普遍應用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題,開發了整套的樣本處理和生信分析流程,基于這套流程,研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現了。在運用宏基因組測序方法檢測的樣本量位居全球前列。
病毒宏基因組測序中人類想要征服新發人畜共患病,只有提前發掘潛在的新的致病的病原,并針對新病原進行基因組分析、流行病學調查、疫苗和抗體的開發等方面的研究。病毒宏基因組學是在宏基因組學基礎上發展起來研究特定環境中病毒的新興技術,該技術結合深度測序技術(第二代、第三代測序技術)已經在人類、動物、特定環境中挖掘出大量的新病毒,該技術不依賴于病毒培養及病毒序列,在國內外被普遍應用于新發人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。總之,隨著病毒宏基因組學與各種新的分子生物學技術及深度測序技術的結合,該技術展現了區別于傳統病毒診斷技術的優勢,而該技術對動物病毒的挖掘及其他領域的應用將更加普遍。病毒宏基因組測序,樣本都會伴隨基因組數倍于病毒的細菌和宿主細胞。山東皮膚微生物多樣性分析找哪家
上海探普生物科技有限公司對樣本進行宏病毒組測序有什么優勢?廣東土壤微生物多樣性測序
目前技術的進一步成熟,未來二代測序病原體檢測應進一步在成本下降、診斷標準完善、質量控制提升等方面進行完善。同時應進一步增加大樣本量的研究,以建立中國傳染病原體宏基因組學檢測的標準規范。對于懷疑神經系統急性傳染的患者,如有條件,推薦在抽取腦脊液時同步留取2mL腦脊液標本保存于-16~20℃冰箱。在完成常規生物化學檢查和培養之后,若3d內未獲得明確的病原學依據且經驗性抗傳染無效,推薦對留存的腦脊液標本進行二代測序檢測。若未留存標本,可重新采集標本(A,Ⅱ)。廣東土壤微生物多樣性測序