水體微生物多樣性測序技術

病毒宏基因組測序：在運用宏基因組測序方法檢測的樣本量位居全球前列，樣本總數居國內第二，其中腦脊液檢測量位列全球前二強。除了傳染病的應用場景之外，利用mNGS還可以對菌群進行菌株鑒定分型、耐藥基因與毒力基因的檢測，適用于抗傳染院內傳染管理的評估。在越來越多的證據表明微生物對人體免疫系統能夠產生影響，以及微生物菌群會參與到神經退行性疾病、糖尿病等疾病的發生和發展當中，微生物療法獲得了越來越多的關注，而mNGS未來也可以為人們深入分析人體菌群微生態、研究微生物療法提供一種可靠的技術手段。病原微生物二代測序也稱宏基因組測序（mNGS）是目前臨床上針對病原常用的基因測序方法。水體微生物多樣性測序技術

病原體-宏基因組的測序:1.開發了一種經過驗證的臨床mNGS檢測方法，用于在許可的微生物實驗室中診斷腦脊髓液（CSF）引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發了定制的生物信息學管道SURPI+，以快速分析mNGS數據，生成檢測到的病原體的自動摘要，并提供用于評估和解釋結果的圖形用戶界面。3.mNGS提供了一種全方面的方法，通過該方法可以在一次測定中準確鑒定幾乎所有潛在病原體-病毒，細菌，寄生蟲。4.將mNGS測試遷移到臨床微生物學實驗室仍然面臨許多挑戰：1、缺乏用于mNGS臨床驗證的既定藍圖；2、難以將病原體從殖民者或污染物中區分開；3、缺乏專為臨床診斷使用的生物信息學軟件；4、注重質量和全方面性的可獲得的參考數據庫；5、臨床實驗室改進修正案（CLIA）環境中，患者診斷測試固有的法規遵從性要求。江蘇病原微生物多樣性分析樣品具備什么條件才能獲得比較質量的宏基因組分析效果？

病毒相關知識：病毒是地球上數量多的生物實體，其中細菌病毒(即噬菌體)約有1031個類群，從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調節人類生態系統的重要成員，人體內主要包括真核病毒和噬菌體，包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，單鏈DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。隨著對病毒研究的普遍開展，“病毒組”與“病毒組學”的概念也應運而生，這些術語分別涵蓋了棲息在生態系統中的所有病毒及其基因組和對它們的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根據病毒不同的特征進行分類，包括病毒的宿主范圍；病毒的形態學；病毒的基因組大小；病毒的核酸組成成分以及病毒的致病性。雖然所有的性狀在病毒分類學的確定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系統發育關系進行序列比較被視為定義和區分病毒群類的主要標準。

宏病毒組是病毒的宏基因組，該技術是隨著高通量測序技術的興起而發展起來的。該技術主要是使用大量微生物群體樣本的測序數據和生物信息學分析手段，以多種數據庫為基礎，進行群體的種類和功能分析。因此，它主要的應用場景在于微生物群體研究，如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術都是在細菌領域使用，病毒的樣本收集困難、文庫構建繁瑣、數據庫不完善，因此宏基因組技術未能獲得普遍應用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題，開發了整套的樣本處理和生信分析流程，基于這套流程，研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現了。探普生物的研發團隊都是來自全國各地病毒學、微生物學專業高校的。

病毒宏基因組測序是在宏基因組學理論的基礎上,結合現有的病毒分子生物學檢測技術而興起的一個新的學科分支。而所謂宏基因組學(metagenomics)就是一種以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和測序分析為研究手段,以微生物多樣性、種群結構、進化關系、功能活性、相互協作關系及與環境之間的關系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環境樣品中提取基因組DNA,克隆DNA到合適的載體,導入宿主菌體,篩選目的轉化子等工作。宏基因組測序能夠快速全方面的展示序列信息的優勢。廣東口腔微生物測序

宏基因組測序以特定環境中的整個微生物群落作為研究的對象，不需對微生物進行分離培養。水體微生物多樣性測序技術

病毒宏基因組測序可直接對樣本中的核酸進行高通量測序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時進行耐藥基因檢測，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑒定中的應用：發現和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關系是預防、診斷和新發病毒性傳染病的首要任務。高通量測序技術突破了傳統技術方法的局限，可以直接以標本中所有的遺傳物質為研究對象，從而能夠快速地鑒定出標本中存在的病毒，形成了一門研究特定環境中病毒群落的新興學科：病毒宏基因組學(宏病毒組)。水體微生物多樣性測序技術