成都微生物多樣性測序分析

病毒宏基因組測序：宏基因組測序對環境樣本所有微生物基因組DNA進行提取和高通量測序，分析樣本環境中所有微生物基因組信息。宏基因組測序解讀微生物群體的多樣性與豐度信息，分析微生物群體基因組及功能，也探求微生物與環境、微生物與宿主之間的關系，發掘和研究新的功能基因。生物信息分析內容1.測序質量分析與統計、評估；2.數據庫比對；3.物種豐度分析；4.功能基因注釋；5.基因功能豐度差異分析；6.Pathway富集分析；7.豐度差異基因/物種聚類分析；8.PCA分析。宏基因組測序擺脫了傳統研究中微生物分離培養的技術限制。成都微生物多樣性測序分析

病毒宏基因組學的相關知識：病毒是引發人畜共患病的主要病原體之一，伴隨環境、生態和人類行為等各方面因素的變化，新發人畜共患病也呈現逐年遞增的趨勢，它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命，并給畜牧業和農業的健康發展以及自然界生態鏈的平衡帶來危害及災難。然而，許多新發人畜共患病的病原初往往是未知的，如1986年的牛海綿狀腦病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠狀病毒、1997至今不斷變異的高致病性禽流感H5和H；7、2009年的甲型H1N1、2010年的布尼亞病毒，它們都經歷了一個從未知到己知的探索過程。為此，及早地發現，鑒別未知的或新出現的病原，是有效預防和控制傳染病的先決條件之一。傳統的診斷技術已不能滿足提前預警或快速診斷新發人畜共患病的需求。近年來，病毒宏基因組學的出現和興起，為人類診斷新發人畜共患病和探索潛在的病原提供了巨大的幫助。河北皮膚微生物測序診斷病原微生物二代測序是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。

宏病毒組學是宏基因組學的一個分支，但與傳統的宏基因組學概念不同，它是在宏基因組學概念的基礎上，結合病毒自身的特點，將宏基因組學方法應用到病毒學領域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)將宏基因組學方法應用于海洋病毒群落的研究，發現噬菌體為海水中主要病毒組，這一研究標志著宏病毒組學正式應用于科學研究。簡而言之，宏病毒組學就是應用特殊方法把特定環境中所有病毒與其他微生物分開，然后提取的病毒核酸，用高通量技術進行病毒核酸測序，依托現有數據庫進行相應的比對工作，并運用軟件分析處理后得到研究樣品中病毒群落的組成信息。

病毒宏基因組測序可直接對樣本中的核酸進行高通量測序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時進行耐藥基因檢測，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑒定中的應用：發現和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關系是預防、診斷和新發病毒性傳染病的首要任務。高通量測序技術突破了傳統技術方法的局限，可以直接以標本中所有的遺傳物質為研究對象，從而能夠快速地鑒定出標本中存在的病毒，形成了一門研究特定環境中病毒群落的新興學科：病毒宏基因組學(宏病毒組)。探普生物的病毒測序結果質量有保障外。

宏病毒組是病毒的宏基因組，該技術是隨著高通量測序技術的興起而發展起來的。該技術主要是使用大量微生物群體樣本的測序數據和生物信息學分析手段，以多種數據庫為基礎，進行群體的種類和功能分析。因此，它主要的應用場景在于微生物群體研究，如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術都是在細菌領域使用，病毒的樣本收集困難、文庫構建繁瑣、數據庫不完善，因此宏基因組技術未能獲得普遍應用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題，開發了整套的樣本處理和生信分析流程，基于這套流程，研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現了。宏基因組技術都是在細菌領域使用的。成都微生物多樣性測序分析

探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經驗，熟知各類病毒樣本的特性，對于樣本準備有獨特的方法指南。成都微生物多樣性測序分析

目前構建的病毒宏基因組學文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術的加接頭的文庫。隨著深度測序技術的不斷發展，第二代高通量測序技術、第三代單分子測序技術已經普遍地應用于各項研究領域中，以454測序技術和Illumina測序技術為表示的二代測序法得到迅速推廣用于構建病毒宏基因組文庫，相信將來第三代測序平臺如tSMSTM（truesinglemolecularsequeneing）技術平臺、SMRT（singlemoleculereal-time）技術平臺、FRET測序技術及納米孔單分子技術為表示的第三代測序法也將應用于構建病毒宏基因組文庫。Donaldson等[23]采用高通量測序技術構建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學文庫，獲得了600000條讀長（Reads）的核酸序列。成都微生物多樣性測序分析