宏病毒組分析的常用軟件：介紹之前首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術及NGS測序平臺的宏病毒組學研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術層出不窮，但另一個層面，宏病毒組是宏基因組的一個分支，基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下，宏病毒組主要包括一下幾個方面的分析內容：病毒群落結構組成分析；病毒群落功能分析；病毒（特別是噬菌體）宿主預測；病毒與群落中細菌、古菌等其他微生物之間的互作網絡；基于非數據庫比對的新病毒序列的挖掘。通過對樣本進行宏病毒組測序，我們可以了解單個樣本里有什么病毒。廣州宏基因組測序分析服務
病原宏基因組測序可與實時熒光定量PCR（RT-PCR）技術聯合使用，實現優勢互補。“RT-PCR由于其檢測速度快、操作流程簡單、成本較低的原因，更適用于大規模的篩查中，以便快速獲得是否為冠狀病毒核酸陽性的初步證據，而對于RT-PCR檢測陰性、但臨床表型高度疑似的患者，利用mNGS進一步確認可有效提高檢測結果的可靠性，并獲得是否有其他病原體傳染的信息。”對于RT-PCR檢測陽性的樣本，也可以進一步利用mNGS進行病毒全序列的分析，從而幫助獲得病毒是否發生變異的信息，為疫苗、藥物研發等方面提供可靠證據。廣州宏基因組測序分析服務高通量測序技術能夠提供準確而科學的基因測序分析結果，為**防控提供有力技術保障。
宏基因組是指特定環境中全部微生物遺傳物質的總和，宏基因組測序以特定環境中的整個微生物群落作為研究的對象，不需對微生物進行分離培養，而是提取環境微生物總DNA進行研究。其擺脫了傳統研究中微生物分離培養的技術限制，在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環境及宿主之間的關系。目前，第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被普遍應用。第二代高通量測序平臺具有通量高、準確性高、速度快、信息全等特點，加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落，挖掘更多基因資源方面的應用。
對樣本進行宏病毒組測序具有的意義：和細菌的宏基因組相似，病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規律和差異，通過大數據分析微生物群體的功能。通過對樣本進行宏病毒組測序，我們可以了解單個樣本里有什么病毒，相對含量是多少，優勢物種是什么；還可以了解不同群體間物種分布有何差異，結合樣本來源和其所屬環境，指導下游的實驗方向。于科研，好的群體和樣本可以發表質量的學術論文；于臨床，可以輔助臨床醫生進行微生物侵染類疾病診斷并在一定程度提供用藥指導。隨著數據庫日趨完善，對樣本進行宏病毒組測序以后，我們將獲得越來越豐富的信息，它有朝一日會成為研究者非常常規的研究手段。病毒宏基因組學的研究過程主要包括以下步驟：樣品的處理、病毒宏基因組學文庫構建和數據分析與處理。
病毒宏基因組學的相關知識：病毒是引發人畜共患病的主要病原體之一，伴隨環境、生態和人類行為等各方面因素的變化，新發人畜共患病也呈現逐年遞增的趨勢，它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命，并給畜牧業和農業的健康發展以及自然界生態鏈的平衡帶來危害及災難。然而，許多新發人畜共患病的病原初往往是未知的，如1986年的牛海綿狀腦病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠狀病毒、1997至今不斷變異的高致病性禽流感H5和H；7、2009年的甲型H1N1、2010年的布尼亞病毒，它們都經歷了一個從未知到己知的探索過程。為此，及早地發現，鑒別未知的或新出現的病原，是有效預防和控制傳染病的先決條件之一。傳統的診斷技術已不能滿足提前預警或快速診斷新發人畜共患病的需求。近年來，病毒宏基因組學的出現和興起，為人類診斷新發人畜共患病和探索潛在的病原提供了巨大的幫助。宏基因組測序能夠檢測出新發和罕見病原體。廣州宏基因組測序分析服務
宏基因組學是以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段。廣州宏基因組測序分析服務
優化臨床制備病毒宏基因組測序所用樣本的方法：①介紹高通量病毒宏基因組測序的樣本制備步驟，對臨床樣本的總核酸進行隨機擴增；②檢測了從血漿樣本中富集/擴增DNA及RNA病毒的不同方法，一種包括過濾、核酸酶消化、在不同反應中隨機擴增DNA及RNA的步驟是較好的；③隨后在包含了不同病毒科的樣本中驗證此方法，可高讀數地檢測到大多數病毒序列，且優于現行的其它樣本制備方法；④該方法不只適用于血漿樣本，還可用于尿液、咽喉拭子等臨床樣本。廣州宏基因組測序分析服務