在整個細胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細胞基本沒有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發現SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數量進一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時為17%)(圖1D)對2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個樣本的序列reads使用R軟件包進行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個細胞群，它們以流量和時間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過Signac將scATAC-seq數據轉換為基因活性指數，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標記基因確定細胞身份。在13個簇中，8個是內皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細胞、dc、T細胞和未定義(ND)(圖1G)。英拜提供生命科學內的一體化服務。代謝組學科研歡迎咨詢
比較SLE-1和SLE-2組的轉錄表達譜，結果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達差異比較大（Fig. 1c, d）。總之，SLE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表達水平將其分為兩組，表達高I型IFN標記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關代謝途徑的表達減少，在CD8 + T細胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關的線粒體功能失調。
2、ISGs高表達患者CD8+T細胞線粒體異常
在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯系之前，應用計算機模擬和體外相結合的方法，根據I型IFN信號的強弱程度對SLE患者進行分層：高水平的ISGs(IFN-high)、低水平的ISGs(IFN-low)和無ISGs(IFN-Neg)。隨后，探究IFN-high和IFN-Neg的SLE患者中T細胞的線粒體基因型，以類風濕性關節炎（RA）患者為疾病對照。結果發現，與健康組，IFN-Neg組和RA組相比，來源于IFN-high的SLE患者的CD8+T細胞表現出線粒體大小增加（圖2a,b）和線粒體膜超極化（圖2c）。在IFN-High的SLE患者中，也觀察到細胞ROS(cROS)陽性CD8+T細胞比例增加，但只是線粒體ROS(mROS)染色細胞比例有上升趨勢（圖2d）。在IFN-Neg的SLE患者中也檢測到更高比例cROS陽性細胞，這表明了一種疾病特異性效應（圖2d）。 江西科研免費設計英拜跟客戶形成產學研合作模式。
一、PBMC單核、單細胞ATAC序列優化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細胞分離純化的PBMCs之間的一個主要區別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細胞。我們使用熒光***細胞分選(FACS)從高中性粒細胞含量的PBMC樣本中檢測去除死細胞和碎片的方法，包括去除中性粒細胞和不去除中性粒細胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來分離細胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進行snATAC-seq，測序，并將數據質量指標(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個主要的細胞條碼群體。細胞核制備的scATAC-seq文庫包含更多來自核小體DN**段的reads，而來自細胞核的非細胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細胞條形碼更多。
GF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白
IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩定性，推測IGF2BPs介導circNDUFB2對NSCLC進展的影響。IGF2BPs過表達***增加了A549細胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結果證實IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過度表達*部分恢復了circNDUFB2過度表達減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過降解IGF2BPs發揮**抑制作用。盡管circNDUFB2 MUT不影響IGF2BPs的蛋白質水平但它仍然對NSCLC細胞的進展具有抑制作用。這些數據表明circNDUFB2 MUT的抑制作用除了降解IGF2BPs外，還可能與circNDUFB2的其他機制有關。 大黃酸處理沒有改變乳酸菌尿酸的產生。
此外，采用qPCR分析miR-934在總CM、外泌體耗盡CM(超離心耗竭)和外泌體中的表達，結果顯示，miR-934在總CM或外泌體中的表達***高于外泌體缺失的CM（Fig.2i）。此外，使用qPCR研究了上述四種CRC細胞系的外泌體中miR-934的表達，發現外泌體中miR-934的表達模式與CRC細胞CM中的表達模式一致（Fig.2j）。以上結果表明miR-934主要包裹在CRC細胞來源的外泌體中。
3、CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化
為了探索miR-934促進CRLM的分子和細胞基礎，通過Cytoscape軟件注釋了TCGAcohort中191個miR-934相關基因的細胞功能，發現miR-934***參與多種炎癥反應，提示miR-934可能參與了CRC免疫微環境（Fig.3a）。然后發現miR-934與巨噬細胞的基因信號特異性相關（Fig.3b）。為了研究在CRLM中TAM的浸潤與miR-934之間的相關性，我們在原發性結直腸*組織和CRLM組織樣本中采用免疫組化染色檢測TAM標記CD163。如圖3c所示，在CRLM組織中CD163+TAM浸潤豐富的區域觀察到miR-934表達升高。將THP-1細胞與PMA孵育，誘導分化為M0巨噬細胞，M0巨噬細胞具有適當的貼壁形態和巨噬細胞標志物CD68的高表達（Fig.3d）。
評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。推薦科研實驗外包
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scRNA-seq 模塊系統地組織了基因表達隨年齡增長的組織和細胞類型特異性異質變化。該模塊提供不同細胞類型或亞型的高分辨率、綜合參考圖，以及它們的時空分布信息，以及在不同衰老相關或疾病條件下每種細胞類型或亞型的基因表達模式。該模塊目前包括來自大鼠、猴子和人類的 14 種衰老組織的單細胞 RNA 測序數據集。這些數據包括從單細胞轉錄組學圖譜中的多個哺乳動物組織中提取的細胞類型注釋和細胞類型特異性 DEG，用于衰老和熱量限制 (CR)。該模塊還包含單細胞轉錄組數據，涵蓋非人類靈長類動物的卵巢、胰島、主動脈、視網膜和心肺衰老，以及老年 COVID-19 患者中人類循環免疫細胞的單細胞轉錄組學景觀。 代謝組學科研歡迎咨詢
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