我們已經(jīng)進行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個包含轉錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜。結合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內(nèi)獨特細胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細胞特異性離子通透性的細胞異質(zhì)性。
一、人類成年腎臟的單細胞轉錄和染色質(zhì)可及性分析
1）成人腎臟中的單細胞轉錄和染色質(zhì)可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標記的表達(圖1c，補充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細胞類型(圖1b，補充圖1a)。檢測了近端小管(PT)、壁上皮細胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細胞(ENDO)、腎小球細胞類型(MES、PODO)、成纖維細胞(FIB)和少量白細胞(LEUK)(補充表2、補充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長期腎臟預后的預測因子。 英拜提供可靠的技術咨詢。丁酸科研省自然科學基金
PTEN是一種**抑制因子，調(diào)節(jié)多種細胞功能，包括***，PI3K/AKT信號通路是PTEN通過其磷酸酶活性靶向的**重要通路之一。因此，推測PI3K/AKT信號通路可能參與CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導M2巨噬細胞極化。WB結果顯示過表達PTEN可以部分減弱miR-934和HCT-8細胞源外泌體對p-AKT和p-PI3K表達的增強作用，而沉默PTEN則相反（Fig.5k）。更重要的是，當與HCT-8細胞來源的外泌體和PI3K抑制劑(LY294002)共培養(yǎng)時，PMA處理的THP-1細胞中p-AKT和M2標記物(CD206、arginase-1和CD163)的表達下調(diào)（Fig.5l,m）。綜上所述，CRC細胞來源的外泌體miR-934可以通過下調(diào)PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。重慶糞便微生物科研鑒定的前列腺瘤細胞內(nèi)源性雄***受體網(wǎng)絡。
七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調(diào)節(jié)b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。
1、Meta-GWAS分析
收集三組GWAS數(shù)據(jù)用于meta分析，確定了35個基因區(qū)域中36個**的基因突變（p<5×10?8）。接下來，分析SNP200kb內(nèi)與AD***相關(p<10-5)的突變，篩選獲得PRKD3/NDUFAF7,SHARPIN,CHRNE,PLCG2,APP6個基因，這6個基因都存在于AD發(fā)病***相關的突變。
2、多基因風險評分（PRS）
為了評估AD遺傳景觀的穩(wěn)健性和綜合效應，基于39個遺傳變異（不包括APOE基因型）構建了一個加權PRS。
接下來測試了RPS與臨床診斷的關聯(lián)。PRS與臨床診斷的AD病例的關聯(lián)與病理證實的AD的關聯(lián)相似；在伴隨的腦部病變（除AD之外）存在的情況下PRS與AD相關；在不同性別中，RPS與AD的相關性無差異，并且在早發(fā)型、晚發(fā)型中效果一致。
3、PRS有可能及早識別有風險的受試者
使用12,386例樣本分析RPS能否識別早發(fā)型AD（AAO），結果表明，PRS與APOE基因型相結合，可能對AAO進行有效的預測。 英拜的員工福利待遇很好。
三、SMARCA4調(diào)節(jié)AR靶基因的表達，參與細胞外基質(zhì)組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調(diào)的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調(diào)和上調(diào)的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調(diào)控(圖4b, c）。對差異雄***調(diào)節(jié)基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質(zhì)可及性變化促進了它們的表達。 神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護作用。廣州鏈接蛋白科研
文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結腸炎有療效。丁酸科研省自然科學基金
2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制構建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養(yǎng)基與巨噬細胞共培養(yǎng)，結果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調(diào)，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。
3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調(diào)KDM6B的表達
隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調(diào)的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結構包裹（圖1B）。進一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細胞。 丁酸科研省自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗