一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數據集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數據集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區分。scATAC-seq和scRNA-seq數據的單個UMAP圖顯示了各自的小區集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 這些數據表明大黃酸***可以改善DSS誘導的結腸炎。甲基化科研地區科學基金
為了確定CDK4 /6i誘導的記憶形成是否通過細胞周期的RB介導的G1期阻滯，用G1阻滯劑處理細胞，胸腺嘧啶，通過阻止DNA合成和進入S期，**于RB的誘導G1阻滯。結果顯示胸腺嘧啶處理的細胞表型復制了CDK4/6抑制，并在很大程度上挽救了Rb1 KO細胞中Tcm的形成(Fig. 3J) ，表明RB介導的G1阻滯本身有助于CDK4 /6i誘導的記憶分化。通過3'RNA-seq進一步分析Rb1 KO細胞，發現記憶相關基因下調和效應標記增加（圖3K-L），CDK4/6抑制后未能逆轉（圖3M-N）。這些結果表明CDK4/6i介導的轉錄重編程和記憶形成是通過RB依賴的G1細胞周期停滯和同時抑制CDK4/6信號轉導。深圳線粒體能量代謝芯片科研評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。
在**微環境（TME）細胞浸潤的單樣本基因集富集分析（ssGSEA）中，亞型2和亞型3的β系數（95%順式），亞型1作為對照組。FDR校正后，28種免疫類型中有27種在m6A亞型之間存在***差異，但記憶CD8 T細胞類型除外。亞型3的TME入滲程度比較低，亞型1的TME入滲程度比較高。因此，我們將亞型1定義為免疫亞型，亞型2定義為中間亞型，亞型3定義為**增殖亞型。
PCA生成的m6A信號在不同的m6A亞型中***不同。在校正年齡、性別、分期、**類型和可能的表達殘差（PEER）因素估計后，m6A信號水平越高，總體人群的總體生存率越差。此外，臨床晚期疾病（Ptrend）患者的m6A特征明顯更高或****級。在不同的**類型中，較高的m6A信號與較短的MST***相關。我們檢查了在整個泛*人群中m6A信號與**突變負荷（TMB）評分之間的關聯。不出所料，它們與皮爾遜r=?總人口為0.53。m6A信號正相關，16種**類型的TMB評分。
四、atm依賴性PTEN磷酸化缺失的細胞中G1/S細胞周期檢查點受損
對表達PTEN-WT或PTEN-398A的MCF10A細胞進行了cDNA微陣列分析，并用順鉑誘導基因毒性應激。差異表達基因列表采用基因**富集分析[39]進行分析。有趣的是，表達PTEN-398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關，如G1/S期特異性轉錄、E2F靶標、Rb1通路控制的細胞周期調控基因等推測表達PTEN-398A的細胞對基因毒性脅迫的抗性可能是由于未能阻止細胞周期以應對DNA損傷。為了測試這種可能性，測量了表達野生型或突變PTEN的同步細胞在細胞周期阻滯在G1/S檢查點的能力，以應對DNA損傷。在表達PTEN-WT或PTEN-398A的正常周期細胞中，G1、S、G2/M期細胞比例沒有明顯差異(圖4A)。為了使細胞在G1/S檢查點同步，我們對它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細胞在G1/S邊界(圖4B)。
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Circ-0004872(本研究稱為““circMAPK1”)來自MAPK1基因的第2-4個外顯子，形成一個490 nt的重疊環狀轉錄本(圖1e)。Sanger測序證實了擴增的circMAPK1的頭尾剪接(圖1f)。接下來，我們研究了circMAPK1在GC細胞系中的表達水平。如圖1g所示，與正常的胃粘膜上皮細胞系相比，培養的GC細胞系中circMAPK1表達***下調。另外，circMAPK1*從cDNA中擴增，而不是從gDNA中擴增(圖1h)，說明circMAPK1的環結構是由back-splicing產生的。然后我們進一步評估了circMAPK1的穩定性和定位。經過放線菌素D處理后，circMAPK1的半衰期明顯長于線性MAPK1(圖1i)。與MAPK1 mRNA的線性形式相比，circMAPK1對RNase R的降解具有抗性(圖1j)。隨后的細胞組分qRT-PCR分析(圖1k)和熒光原位雜交分析(圖1l)顯示，circMAPK1主要定位于細胞質而不是細胞核。增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。成都擬桿菌門科研
細菌可能是導致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。甲基化科研地區科學基金
對離體培養的Maoa野生型和KO BMMDs中ROS水平的測定也顯示，在IL-4/IL-13刺激或不刺激下，Maoa KO BMMDs中ROS水平降低，與體內TAM結果一致（圖4d）。向IL-4/ IL-13刺激的Maoa WT和KO BMDMs補充H2O2可將其細胞內ROS水平提高到相似水平，并消除它們在免疫抑制標記物和特征基因表達的差異（圖4e-g）。另一方面，補充酪氨酸(MAO-A的底物)可增加ROS水平，并上調免疫抑制基因在Maoa WT BMDMs中的表達，但在Maoa KO BMDMs中不上調（圖4h-j）。綜上所述，這些數據表明MAO-A通過調節巨噬細胞內ROS水平來調節巨噬細胞的免疫抑制極化。甲基化科研地區科學基金
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