四、TEA-seq轉錄本、表位和可及性的三峰測量
A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業(yè)平臺的發(fā)布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據(jù)轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經(jīng)過試驗和關鍵步驟的優(yōu)化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數(shù)千個單細胞的所有三種測量結果.
B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數(shù)據(jù)處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標準的細胞條形碼，有2,500,500個獨特的ATAC-seq片段(中值=8762個獨特的ATAC片段)，有>500個基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個RNAUMIs;中位數(shù)=檢測到129,249個基因)，500個ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質豐度測量允許檢測許多附加的相關標準物質，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細胞上表達的趨化因子受體和CD38，一種表達于多種免疫細胞表面的糖蛋白. 嘌呤在細胞中執(zhí)行許多重要的功能。通用細胞因子科研省自然科學基金
環(huán)狀RNA（circRNA）是動植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質是困難的，主要是因為circRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預測和分析的數(shù)據(jù)庫——TransCirc。接異體科研Th1/Th2細胞失衡也是結腸炎的一個重要特征。
3.YTHDC2抑制LUAD的胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
為了研究YTHDC2對代謝物的影響，作者對YTHDC2低表達和高表達的LUAD標本(分別稱為YTHDC2low和YTHDC2high)進行代謝組學分析(n=20/組)。如圖3A顯示，GSH代謝在KEGG通路中排名前20。在***改變的代謝產物中，與YTHDC2high的**相比，YTHDC2low的**中胱氨酸含量增加了3.975倍(圖3B)。此外，在cohort#1(n=100)中，YTHDC2和胞內胱氨酸呈負相關(圖3C)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2減少了細胞內的胱氨酸。
肝miRNA發(fā)現(xiàn)者miRNAPCR芯片用于研究肝組織豐富表達或特異性表達的84個miRNA。已注釋的miRNA的數(shù)量不斷擴大,重點關注那些特異表達某種細胞系或組織的miRNA變得尤為重要,并非所有的miRNA在每一個組織中都表達。因此，我們通過實驗在人類肝臟樣本池通過miRBaseV18分析已鑒定的miRNA的表達,并將結果與相關文獻進行比較。每一種miRNA可以調節(jié)一個或多個信使RNA轉錄，反之一個給定的信使RNA可以由-個或多個miRNA調節(jié)。因此,盡管他們很有特點，每個miRNA的復雜作用尚未完全定義。這個芯片比較大化發(fā)現(xiàn)與肝組織或肝細胞系生物學表型相關的miRNA。每張芯片含一個對照組使得分析數(shù)據(jù)時可以用相對定量00CT方法評估逆轉錄效率，基因組DNA污染和PCR效率。利用這張芯片,通過實時定量PCR,可以簡易且可靠地肝中miRNA的表達。乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關鍵作用。
8）人類乳腺*患者中LINC00926和PGK1表達的相關性
及LINC00926與葡萄糖攝取的相關性我們通過IHC和FISH檢測109例人乳腺*樣本中PGK1和LINC00926的表達情況。與培養(yǎng)細胞中LINC00926抑制PGK1的結果一致，LINC00926的表達與PGK1的表達呈負相關，與FOXO3A呈正相關(圖8A)。通過18FDGPET掃描評估葡萄糖攝取增加的乳腺**患者顯示LINC00926和FOXO3A表達降低，而PGK1表達增加(圖8B)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明了LINC00926/PGK1軸在乳腺*中的重要病理作用。
結論我們的研究***證實了LINC00926通過抑制糖酵解關鍵酶PGK1的表達來抑制糖酵解，從而在體內外抑制乳腺*細胞的增殖、侵襲和轉移。在乳腺*患者中，F(xiàn)OXO3A調控的LINC00926與PGK1表達呈負相關。這些發(fā)現(xiàn)概述了FOXO3A/LINC00926/PGK1軸在Warburg效應和乳腺**發(fā)生進展中的重要性。因此，上調LINC00926可能是***PGK1過表達的乳腺*患者的一種有前途的方法。 英拜注重客戶的隱私。囊性纖維化科研國家自然科學基金
英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務的公司之一。通用細胞因子科研省自然科學基金
4、RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高
接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BC***細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構建了RBM17過表達的K1細胞系，發(fā)現(xiàn)其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。
5、RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM17在PTC組織中的表達受tiRNA-Gly的調控
隨后，作者分別檢測了人PTC組織中tiRNA-Gly高表達和tiRNA-Gly低表達的組織樣本中RBM17的表達水平，結果發(fā)現(xiàn)與預期一致，tiRNA-Gly高表達組RBM17的表達也***高于tiRNA-Gly低表達組（圖5A）。進行了類似于拯救實驗，即過表達tiRNA-Gly組，敲除RBM17組，以及過表達tiRNA-Gly的同時敲除RBM17組，結果表明，tiRNA-Gly過表達+siRBM17同時處理可以部分消除單獨處理時引起的TPC-1和BC***細胞增殖和遷移的改變（圖5B-C）。體內實驗表明，tiRNA-Gly敲低導致RBM17的表達急劇性下降（圖5D）。總之，tiRNA-Gly對PTC增殖和遷移的作用依賴于RBM17。 通用細胞因子科研省自然科學基金
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗