近日，美國圣路易斯華盛頓大學醫學院Yoshiharu Muto教授等在Nature communications發布了Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney的研究論文。文中，作者采用單細胞核轉錄組snRNA-seq和單細胞核染色質可及性snATAC-seq技術，對5個健康成人（50歲到62歲，男性(n = 3)和女性(n = 2)）腎臟樣本進行檢測。此文揭示腎臟內獨特的細胞狀態，并重新定義近端小管和粗升肢的細胞異質性。巨噬細胞表型協調急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復再生。缺氧信號通路科研地區科學基金
一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數據集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數據集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區分。scATAC-seq和scRNA-seq數據的單個UMAP圖顯示了各自的小區集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 江蘇動物模型構建服務科研N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細胞mRNA修飾。
2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌
隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。
3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增
前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體miR-208b對T細胞分化的影響。使用siRNA去除miR-208b，然后收集外泌體，將含有不同水平miR-208b的外泌體與原代CD4+T細胞共培養（圖4A-B）。6h后，受體CD4+T細胞中miR-208b***增加，尤其是SW480-OXA組，而外泌體miR-208b缺失組則沒有***改變，表明CD4+T細胞中miR-208b是由外泌體傳輸（圖4C-D）。此外，SW480和SW480-OXA來源外泌體處理組的CD4+CD25highFoxp3+Tregs細胞數***增加，而外泌體miR-208b缺失對其陽性細胞數則沒有明顯影響。表明外泌體miR-208b促進Treg擴增。
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點，在H1975細胞中METTL3敲除前后分別進行了MeRIP-seq研究。在H1975細胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進一步證實SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進行MeRIP-qPCR。在H1975細胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點周圍。相反，當METTL3在H1299細胞中過表達時，觀察到相反的結果(圖6C)。 英拜提供分子生物學以及免疫病理相關實驗。
放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結果表明ACTN4是轉錄因子USF2的靶基因。
英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務的公司之一。囊性纖維化科研國家自然科學基金
降低腸上皮細胞尿酸的產生。缺氧信號通路科研地區科學基金
編碼PI3Kαp110α亞基的PIK3CA在多達40%的乳腺*中發生突變，**常見的是雌***受體陽性(ER+)**。突變的PIK3CA在校正ER陽性等有利風險變量時并不是預后的**標記物，但它是改善晚期ER+乳腺*內分泌和PI3K聯合***應答的預測生物標記物。有趣的是，與PTEN等其他PI3K通路改變的**相比，pikca突變ER+乳腺*顯示出極少的AKT***和對AKT信號的依賴。
NPP4B抑制AKT信號，并在三陰性(ER/PR/HER2)和基底樣乳腺*中表現出**抑制活性。此外，INPP4B蛋白在黑色素瘤、卵巢*和前列腺*中表達減少。在小鼠模型中，Inpp4b消融與Tp53/Brca1缺失共同增加了乳腺**外顯率，并與Pten雜合子缺失共同促進體內甲狀腺**的發生和轉移。值得注意的是，INPP4B通過降解PI(3,4)P2，抑制早期核內體的局部AKT2信號通路和EGFR降解。 缺氧信號通路科研地區科學基金
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