USF2促進circACTN4在BC中的表達為了研究 circRNA 在 BC發展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環形結構，使用聚斂引物和發散引物擴增環狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細胞的細胞核中， circACTN4在*組織中的表達高于*旁組織。ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。cancer免疫課題歡迎咨詢
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關，通過FISH和亞細胞定位實驗發現ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發現在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELNAT1通過內源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 cancer免疫課題歡迎咨詢外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。
結果發現，在 NOZ細胞系中，敲低LncRNA-HGBC 會導致miR-502-3p表達量上調了60%，在EH-GB1細胞系中，LncRNA-HGBC過表達后miR-502-3p的表達被抑制，表達量下降了50%， 但對miR-502-3p進行敲除或過表達時LncRNA-HGBC的表達量沒有變化，說明LncRNA-HGBC作為海綿會抑制miR-502-3p表達，但不能誘導其降解。為了檢測LncRNA HGBC的活性是否取決于其與miR-502-3p的結合，在異位表達野生型LncRNA HGBC和結合突變型HGBC-MUT后進行cck-8和Transwell分析，結果發現，LncRNA-HGBC（而非HGBC-MT）的表達可***促進細胞遷移、侵襲和增殖，由此可見，LncRNA-HGBC與miR-502-3p能結合，并可作miR-502-3p的海綿抑制其表達。
膀胱*非免疫細胞的高度異質性
我們首先根據簇特異性DE基因將非免疫細胞重新分類為17個簇。在所有簇中，鑒定出9個基底細胞簇，高度表達角蛋白基因，如KRT5、KRT13、KRT17和KRT19。簇1、6、9和15被指定為表達UPK3A、UPK1A、UPK2、UPK1B、UPK3B和EPCAM的上皮細胞。聚類11中血管內皮細胞富集，高表達CDH5和PECAM1。成纖維細胞高表達膠原基因，如COL1A1、COL1A2和COL3A1。**近，據報道，胰腺*和膀胱*中的成纖維細胞分為兩種不同類型，其中一種表現出多種細胞因子和趨化因子的強烈表達,我們對成纖維細胞進行了重新分類，發現表達RGS5的iCAF和表達PDGFRA的mCAF也存在于膀胱*中。有趣的是，我們發現這些iCAF和mCAF不是**特異性的，也可以在健康組織中檢測到。在注釋了膀胱*的細胞亞型后，我們接下來評估了這些膀胱*細胞類型是否能夠反映一致的分子分類。我們將單個細胞的轉錄組與1750名患者的MIBC轉錄組進行比較，發現管腔**狀、管腔非特異性、管腔不穩定、基質豐富和基底/鱗狀亞型與我們數據集的細胞類型相對應。當將TCGA細胞分數數據與一致的分子亞型相關聯時，我們注意到TCGA/BCLA隊列可以重現我們的scRNA序列數據中確定的細胞類型。 英拜生物對實驗可行性分析。
此外，MYC在BC組織中高表達，并與 FUBP1的表達呈正相關。為了確認ACTN4在BC中的生物學功能，構建了ACTN4過表達和干擾質粒，為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關，進行了共轉染實驗，結果表明 ACTN4 敲低不影響促進作用circACTN4 對 MYC 轉錄的過度表達，ACTN4 的上調并沒有逆轉 qRT-PCR 和蛋白質印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達的抑制作用。WB結果表明circACTN4可以促進MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達。這些數據表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結合并促進 MYC 的表達。醫學整體課題外包服務。cancer免疫課題歡迎咨詢
有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者。cancer免疫課題歡迎咨詢
p533'非翻譯區(UTR)介導的hnRNPA2B1對前mRNA穩定性的調節
為了進一步確定p53的哪個區域參與穩定性調節，在HCT116細胞中進行了MeRIP-seq，發現一個顯著的m6A峰分布在p53mRNA的3'UTR。構建了一個帶有Flag標簽的表達載體，包括帶有3'UTR(p53CDS-3'UTR)或單獨CDS(p53CDS)的p53編碼序列，以及用hnRNPA2B1siRNA共轉染的HCT116細胞。結果表明，hnRNPA2B1敲低顯著降低了p53CDS-3'UTR轉染的CRC細胞中p53的表達，而不是單獨的p53CDS。這表明3'UTR對于hnRNPA2B1介導的p53調節是必不可少的。 cancer免疫課題歡迎咨詢
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗