分化通常與T細胞接收的免疫信號有關:共刺激或細胞因子信號支持一種或另一種命運。然而,環境的代謝組成、檢測該環境的營養傳感器以及T細胞固有的代謝狀態也對決定分化的**終結果至關重要。代謝信號是理解的關鍵,因為T細胞的***和分化發生在各種代謝不同的組織環境。在**中,**細胞代謝的升高可以***改變T細胞所經歷的營養環境。我們之前的研究表明,T細胞浸潤**時存在嚴重的代謝缺陷:葡萄糖攝取能力受到抑制,功能性線粒體質量喪失,伴隨衰竭的發展。我們和其他人也表明,糾正這種錯誤的代謝狀態(通過各種方法)可以增強免疫功能,實現免疫***效果。ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。肝損傷課題檢測服務
顯微圖像補充了流式細胞術數據,顯示在來IFN-High的SLE的CD8+ T細胞中,線粒體在形態上與IFN -Neg的SLE患者不同,在IFN-High CD8+ T細胞中,每個細胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述,這些數據表明,在SLE患者中,長期暴露IFNα可能會觸發CD8+細胞的線粒體變化,但不會觸發CD4+和T細胞的線粒體變化,這可能導致代謝紊亂的細胞,對其功能具有潛在的影響。
3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細胞的SRC減少
接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細胞外通量分析儀,發現IFN-Neg患者的CD8+T細胞具有與HC相似的基礎和比較大耗氧量率(OCR),而IFN-High患者的CD8+T細胞表現出較少的基礎和比較大OCR(圖3a)。 代謝組學課題檢測服務我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響。
2)整合單核RNA和ATAC數據集,用于預測和驗證ATAC細胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言,我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此,我們利用注釋snRNA-seq數據集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數據創建一個基因活性矩陣來進行的,這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數據集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點,然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數的分布表明,絕大多數細胞具有較高的預測分數,并被自信地劃分為單細胞類型(補充圖2)。
circRNA是一種新型的非編碼RNA,已被報道通過多種機制參與疾病的發生和發展。MAPK通路是一種常見的信號轉導通路,參與細胞增殖、炎癥和凋亡,在**中起著特別重要的作用。然而,與MAPK通路相關的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此,小編為大家帶來一篇于2021年4月發表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在本研究中,我們發現circMAPK1在胃*組織中較鄰近正常組織表達下調。重要的是,較低的circMAPK1表達預示著GC患者較差的生存。CircMAPK1在體內外均能抑制胃*細胞的增殖和侵襲。接下來,我們發現circMAPK1編碼了一個長度為109個氨基酸的新蛋白。通過一系列功能實驗,我們證實了circMAPK1通過編碼的蛋白MAPK1-109aa發揮了抑制**的作用。在機制上,**抑制因子MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化,從而抑制MAPK1及其下游因子在MAPK通路中的***。生命科學領域內的精細研究。
為了直接評價MAOIs是否能在體內重編程人TAM的極化,建立了人**/TAM異種移植NSG小鼠模型。A375人黑色素瘤細胞與健康供者外周血單個核細胞(PBMCs)分離的單核細胞混合,注射到NSG小鼠中形成實體瘤,接種后給予或不給予苯乙肼***(圖6h)。苯乙肼能有效抑制人TAMs的免疫抑制極化(圖6i-j)。接下來,研究了MAOI誘導的人TAM重編程是否會影響人T細胞的抗**活性,使用3D人**/TAM/T細胞類***培養。NY-ESO-1是一種公認的**抗原,通常在多種人類**中表達,被選為模型**抗原。A375人黑素瘤細胞系設計為共表達NY-ESO-1及其匹配的MHC分子HLA-A2作為人**靶點(命名為A375-A2-ESO)。NY-ESO-1特異性人CD8+T細胞的構建是通過將Retro/ESO-TCR編碼NY-ESO-1特異性TCR(命名為ESO-TCR)的逆轉錄病毒載體轉導至健康供體外周血CD8+T細胞,將該細胞命名為ESO-T細胞,它表達ESO-TCRs,特異性靶向A375-A2-ESO**細胞,從而建立**特異性人CD8+T細胞模型。使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表達的轉錄因子。課題SCI
阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配肝損傷課題檢測服務
單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術可以在單細胞水平下研究復雜的多細胞生物的轉錄組譜。這為科學家提供了一種研究表達模式中細胞異質性的新工具,尤其是疾病細胞的異質性。更重要的是,scRNA-seq的快速發展帶來了在疾病微環境中探索細胞亞群的見識,這有助于研究疾病的發***展,耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術已被廣泛應用于病例對照研究中差異表達基因的識別以及細胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=11.502),題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數據庫,能為研究者提供各種疾病的各種細胞類型準確的基因表達譜資源。該網站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻,并開發了SC2disease數據庫,通過疾病、組織和細胞類型整理數據。SC2disease包含946481條數據,對應341種細胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數據庫中的每個條目都包含不同細胞類型、組織和疾病相關健康狀況之間差異表達基因的比較。 肝損傷課題檢測服務
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗