***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫，包括四種主要類型的分子生物標(biāo)記（化學(xué)，蛋白質(zhì)，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標(biāo)記類別（診斷，預(yù)測，預(yù)后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標(biāo)志物名稱和同義詞，相關(guān)條件或病理，詳細(xì)的疾病描述，詳細(xì)的生物標(biāo)志物描述，生物標(biāo)志物特異性，敏感性和ROC曲線，標(biāo)準(zhǔn)參考值（對于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)志物），變體（對于SNP或遺傳標(biāo)志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質(zhì)標(biāo)記），分子結(jié)構(gòu)（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），組織或生物流體來源（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），染色**置和結(jié)構(gòu)（用于遺傳和核型標(biāo)記），臨床批準(zhǔn)狀態(tài)和相關(guān)文獻(xiàn)參考。英拜專注高通量測序行業(yè)的整體服務(wù)。上海骨質(zhì)疏松癥科研
TRIM25的RNA結(jié)合活性對于其對底物的泛素連接酶活性是必需的。構(gòu)建了一個帶有FLAG標(biāo)記RNA結(jié)合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結(jié)果表明，TRIM25通過泛素-蛋白酶體途徑促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結(jié)合活性對其在底物泛素化中的作用至關(guān)重要。
已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標(biāo)有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circNDUFB2的存在。 circNDUFB2的丟失顯示了TRIM25對IGF2BPs泛素化和降解的顯著減弱作用。進(jìn)一步驗證實驗數(shù)據(jù)并檢查circNDUFB2是否充當(dāng)支架來增強TRIM25與IGF2BP的結(jié)合，進(jìn)行了Co-IP分析。在帶有circNDUFB2但沒有circNDUFB2-MUT過表達(dá)的A549細(xì)胞中，TRIM25和IGF2BP之間的關(guān)聯(lián)得到增強。由于circNDUFB2對RNA核酸外切酶的抗性，使用RNase A***會嚴(yán)重破壞相互作用。此外，在METTL3 / 14敲低后，IGF2BP的泛素化作用顯著降低。結(jié)果表明，circNDUFB2充當(dāng)支架，以增強TRIM25和IGF2BPs之間的相互作用，隨后促進(jìn)TRIM25介導(dǎo)的IGF2BPs泛素化和降解。 凋亡科研實驗外包英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。
鐵死亡對調(diào)節(jié)**生長至關(guān)重要，是一種很有前途的肺****靶點。泛素特異性蛋白酶35 (USP35)屬于deubiquitinases家族，與細(xì)胞增殖和有絲分裂有關(guān)。于2021年4月發(fā)表于“Clin. Transl. Med”（IF=11.492）的文章“Deubiquitinase USP35 modulates ferroptosis in lung cancer via targeting ferroportin”對此展開了研究。本研究旨在闡明USP35在肺*中的潛在作用和分子基礎(chǔ)。研究表明USP35在人肺*組織和細(xì)胞系中大量存在。USP35敲除促進(jìn)鐵死亡，抑制肺*細(xì)胞的細(xì)胞生長、集落形成和**進(jìn)展。USP35過表達(dá)在基礎(chǔ)條件下不影響**發(fā)生和鐵死亡，但減少erastin/RSL3觸發(fā)的鐵紊亂和鐵死亡，從而促進(jìn)肺*細(xì)胞生長和**進(jìn)展。進(jìn)一步的研究確定USP35直接與鐵轉(zhuǎn)運蛋白(FPN)相互作用，并作為一種雙激酶來維持其蛋白質(zhì)穩(wěn)定性。更重要的是，我們觀察到USP35敲除使肺*細(xì)胞對順鉑和紫杉醇化療敏感。總而言之，USP35通過靶向FPN調(diào)節(jié)肺*鐵死亡，是一個很有前途的肺****靶點。
1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實驗，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)。考慮到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。 降低腸上皮細(xì)胞尿酸的產(chǎn)生。
1）DRD2通過啟動子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 英拜的高通量測序服務(wù)質(zhì)量。血細(xì)胞科研整體服務(wù)
細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。上海骨質(zhì)疏松癥科研
3.免疫浸潤細(xì)胞分析
對斑塊中浸潤的免疫細(xì)胞進(jìn)行了相關(guān)分析，結(jié)果表明活化的肥大細(xì)胞和TFH細(xì)胞顯示出協(xié)同的作用。同時，CD8T細(xì)胞和M0巨噬細(xì)胞顯示出**強的競爭作用。對免疫浸潤細(xì)胞進(jìn)行PCA分析，結(jié)果表明，免疫浸潤可以區(qū)分晚期斑塊和早期斑塊。
4.GSEA分析
將所有表達(dá)數(shù)據(jù)分為早期和晚期斑塊組，然后進(jìn)行GSEA分析。結(jié)果顯示與免疫細(xì)胞和免疫相關(guān)功能高度相關(guān)
5.差異表達(dá)分析
使用R軟件limma包分析早起、晚期斑快差異基因（log2(foldchange)>1，adjustedpvalue<.05），pheatmap包進(jìn)行結(jié)果喲可視化。
6.差異基因GO、Pathway富集分析
使用ClusterProfiler包對差異進(jìn)進(jìn)行GO、Pathway分析。使用ggplot2包進(jìn)行結(jié)果可視化。 上海骨質(zhì)疏松癥科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗