揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測(cè)量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒(méi)有使用時(shí)間序列模型來(lái)分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過(guò)利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。 大黃酸處理對(duì)正常組沒(méi)有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。野生型科研
急性腎損傷(Acute kidney injury, AKI)是一種起病急、進(jìn)展快、預(yù)后差的嚴(yán)重臨床急癥。**近的證據(jù)表明，AKI伴隨著***的代謝異常，包括脂質(zhì)代謝的改變。然而，脂質(zhì)在AKI中的具體變化及其作用和調(diào)控機(jī)制目前尚不清楚。***小編給大家?guī)?lái)于2021年3月發(fā)表在影響因子8.579的“Theranostics”的文章“Relieving lipid accumulation through UCP1 suppresses the progression of acute kidney injury by promoting the AMPK/ULK1/autophagy pathway”。本研究***系統(tǒng)分析AKI中脂質(zhì)組成的變化，發(fā)現(xiàn)脂質(zhì)積累程度與UCP1高度相關(guān)。重要的是，通過(guò)上調(diào)UCP1緩解AKI中的脂質(zhì)堆積，可以通過(guò)促進(jìn)AMPK/ULK1/自噬通路，***抑制AKI的進(jìn)展。海綿體科研地區(qū)科學(xué)基金英拜的實(shí)驗(yàn)室坐落在上海漕河涇園區(qū)浦江園區(qū)。
一、異種HSCT前后監(jiān)測(cè)腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統(tǒng)。
在1年的時(shí)間里，從29名兒童的10個(gè)時(shí)間點(diǎn)收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當(dāng)天，HSCT后1個(gè)月每周，以及HSCT后12個(gè)月的3個(gè)隨訪時(shí)間點(diǎn)(圖1)。通過(guò)16SrRNA基因譜測(cè)定這些樣本中的微生物群落動(dòng)態(tài)。共對(duì)709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來(lái)自10個(gè)時(shí)間點(diǎn))進(jìn)行了鑒定。發(fā)現(xiàn)移植前患者的微生物群落組成與健康對(duì)照不同；三個(gè)身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動(dòng)態(tài)呈現(xiàn)出三個(gè)階段：第一階段(在檢查前和適應(yīng)開(kāi)始時(shí)的樣本)，第二階段(HSCT的***天到第1個(gè)月)，第三階段(月+3到月+12)(圖1C)；第一階段和第三階段的樣本在口腔和鼻腔重疊，表明微生物群落可能從較晚的時(shí)間點(diǎn)恢復(fù)到與造血干細(xì)胞移植前類似的狀態(tài)。
為了檢測(cè)補(bǔ)充NAD + 是否可以糾正IFNα刺激的下游效應(yīng)，用1 mM β-煙酰胺單核苷酸(NMN)培養(yǎng)CD8 + T細(xì)胞以恢復(fù)NAD +/NADH比值（圖6e）。然后，評(píng)估了用抗CD3/CD28再刺激后的氧化反應(yīng)和細(xì)胞活力。補(bǔ)充NMN的NAD + 增加了OCR（圖6f），但未增加ECAR，表明線粒體能力增加。重要的是，通過(guò)NMN處理恢復(fù)NAD + 的可用性改善了IFNα延長(zhǎng)和TCR刺激后的細(xì)胞活力（圖6 g），表明NAD途徑調(diào)節(jié)這些活化的人CD8 + T細(xì)胞中的線粒體適應(yīng)性和細(xì)胞存活率。總之，這些數(shù)據(jù)表明，在人TCR刺激的CD8 + T細(xì)胞中，延長(zhǎng)IFNα暴露增加了NAD + 的消耗，并降低了NAD +/NADH比值。這導(dǎo)致再刺激后線粒體呼吸缺陷和細(xì)胞活力降低。NAD + 前體NMN糾正了這些代謝變化，提高了CD8 + T細(xì)胞活力。文章檢測(cè)了小鼠腸系膜淋巴結(jié)(MLN)中的Th17細(xì)胞（與結(jié)腸炎癥密切相關(guān)）。
一、CRPC細(xì)胞中AR的染色體
散點(diǎn)圖顯示在VCaP細(xì)胞的兩個(gè)生物重復(fù)中由AR ChIP-SICAP鑒定的染色質(zhì)相關(guān)蛋白。在暴露于R1881(合成AR激動(dòng)劑）中使用差異的silac標(biāo)記。在190個(gè)ChIP-SICAP定量蛋白中，87個(gè)形成了r1881誘導(dǎo)的AR染色體，從而發(fā)現(xiàn)了可能與受體功能相互作用的蛋白。r1881誘導(dǎo)的AR chromatome被分為不同的功能蛋白組(圖1b)。DNA和rna結(jié)合蛋白，組蛋白，DNA修復(fù)和mRNA加工相關(guān)蛋白形成了大部分(~50%)的網(wǎng)絡(luò)。
二、SMARCA4共占據(jù)了大多數(shù)ar結(jié)合位點(diǎn)，但對(duì)其染色質(zhì)可及性的影響有限
SMARCA4和AR共同占據(jù)的位點(diǎn)，以及雄***如何影響共同占據(jù)。SMARCA4(61534)的大多數(shù)染色質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)沒(méi)有受到DHT的影響(簇C1，圖2a），在C2位點(diǎn)，AR和SMARCA4與結(jié)合高度相關(guān)。DHT增強(qiáng)了SMARCA4在這些位點(diǎn)的招募(集群C1，圖2b)。基序分析顯示，與C1位點(diǎn)相比，C2位點(diǎn)具有更高的雄***響應(yīng)元件(AREs)富集，進(jìn)一步支持雄***誘導(dǎo)的SMARCA4到染色質(zhì)上的募集。FOXA1、ERG和HOXB13的基序依次在C1和C2位點(diǎn)上同樣富集(圖2c)。ChIP-seq數(shù)據(jù)集顯示，F(xiàn)OXA1和ERG的結(jié)合隨著***暴露在C2位點(diǎn)而增加，而在C1位點(diǎn)則不增加(圖2d和e)。然而，HOXB13似乎在C1位點(diǎn)結(jié)合更多(圖2f)。 這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強(qiáng)。智力障礙拷貝數(shù)科研服務(wù)兩年
評(píng)估了成對(duì)*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調(diào)節(jié)因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達(dá)。野生型科研
二、G4穩(wěn)定性在基因區(qū)和非基因功能區(qū)之間存在差異根據(jù)穩(wěn)定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩(wěn)定G4基因座”（342778個(gè)），低于19分的為“不穩(wěn)定G4基因座”（327298個(gè)），繪制穩(wěn)定性得分分布圖：
三、G4功能受到不同基因區(qū)域的限制HKT檢驗(yàn)顯示，G4基因座的進(jìn)化取決于它們位于哪個(gè)基因組件內(nèi)。G4基因座在上游、下游基因區(qū)域、5'UTR、3'UTR的優(yōu)勢(shì)比***大于1。位于增強(qiáng)子、復(fù)制起點(diǎn)以及在TAD邊界區(qū)域的G4基因座優(yōu)勢(shì)比都很高，這一發(fā)現(xiàn)表明這三種區(qū)域的G4基因座是有功能的。
這項(xiàng)工作表明， G4 的覆蓋率、密度、預(yù)測(cè)穩(wěn)定性和選擇壓力取決于它們所在的基因成分和非基因功能區(qū)域。自然選擇在基因組的某些功能區(qū)域中保持了高密度的 G4 位點(diǎn)和高穩(wěn)定性的 G4 結(jié)構(gòu)，以及在其他功能區(qū)中保持低密度和低穩(wěn)定性。每個(gè)特定區(qū)域組的情況可能取決于維持功能性 G4 的選擇壓力與容納此類結(jié)構(gòu)的成本之間的平衡。 野生型科研
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)