chip科研分子生物學實驗

來源: 發布時間:2021-10-22

結果1)circPDE4B在OA組織中表達較低

我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中,circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時,我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗,結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調,而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述,circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關。考慮到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的,我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達,發現IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs(人)/MCs(鼠)中circPDE4的表達,且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結合RT-qPCR分析和FISH分析發現,circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質中(圖1E、F)。綜上所述,circPDE4B在OA中被下調,因此可能參與了OA的進展。 英拜在全國各省會城市均有自己的**客戶。chip科研分子生物學實驗

4)DRD2重編程的Mφ誘導**細胞的焦亡

如HE所示,來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中,表達DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達較高(圖4A)。根據TUNEL實驗,DRD2也促進了體內細胞凋亡(圖4B)。DRD2上調GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中,Mφ進一步促進了DRD2轉染的BrCa細胞中GSDME的表達(圖4C)。在表達DRD2的BrCa細胞中,Mφ也能上調IL-1β(圖4C)。WB結果表明,DRD2誘導了MLKL的磷酸化,而在共培養過程中,MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外,DRD2表達***了caspase-8,而***被Mφ抑制(圖4D)。假設,DRD2可能在與Mφcrosstalk時誘發焦亡。BrCa細胞中與Mφ共培養時,NLRP3在表達DRD2的BrCa細胞中被觸發。***的caspase-1蛋白水解也能誘導IL-1β和IL-18的成熟(圖4D)。在共培養過程中,Cleavedcaspase-3表達上調(圖4D)。此外,在共培養過程中發現表達DRD2的BrCa細胞中,GSDME的N端發生了剪切(圖4D)。為了確定是否由M1Mφ引起焦亡,我們使用了LPS誘導的M1Mφ培養基,結果表明,在表達DRD2的BrCa細胞中,M1Mφ*觸發NLRP3組裝并剪切GSDME(圖4E)。以上結果提示,M1Mφ以DRD2依賴的方式觸發BrCa細胞的焦亡。 江蘇IGF信號通路科研外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化促進CRC肝轉移。

為了探討UCP1與AKI之間的相關性,我們在體內、體外檢測了UCP1在AKI模型中的表達。結果顯示,UCP1在AKI小鼠中***下調,更重要的是,隨著腎損傷的加重,其表達量逐漸降低(圖2E-F)。在體外,隨著順鉑刺激時間的延長,HK2細胞中UCP1的表達降低(圖2G)。這些結果表明UCP1與AKI的嚴重程度呈負相關。此外,隨著AKI腎細胞損傷程度的增加,脂質的積累,UCP1的表達逐漸降低(圖2H)。這一結果表明,UCP1在AKI中的表達可能影響脂質積累。

3)AKI中的脂質積累與UCP1高度負相關在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關

后,我們試圖闡明其潛在的關系。首先,我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示,UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。

1)circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征

由于MAPK信號通路在**發生和進展中起著重要的病理作用,我們首先根據在線數據庫circBase中的circRNA測序數據分析了來自MAPK通路相關基因的circRNA。然后我們清點了MAPK通路相關的circRNAs,發現大部分細胞系可以表達數以百計的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來源于MAPK1的circRNA中,circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過三個**的測序數據集中被***檢測。我們利用qRT-PCR檢測了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達水平(圖1b)。結果顯示circ-0004872的表達變化**為***。circ-0004872在*組織/細胞中的reads明顯低于正常組織/細胞(圖1c)。此外,GSE121445和GSE100170數據庫中也證實了GC中circMAPK1的下調(圖1d)。這些數據提示circ-0004872具有潛在的抑制作用,從而促使我們進一步研究其在胃*惡性**中的作用。 文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(MLN)中的Th17細胞(與結腸炎癥密切相關)。

既往研究表明,FBXW7/HIF-1α/ VEGF-A通路參與**血管生成。因此,我們假設miR-144的促血管生成功能是通過在*變過程中調節FBXW7/HIF-1α/VEGF-A通路實現的。在本研究中,我們首先在mRNA水平和蛋白水平檢測暴露于鼻咽*EVs的HUVECs中FBXW7和HIF-1α。而HUVECs上清中用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)測定VEGF-A濃度(圖5I和5J)。結果顯示,暴露于miR-144模擬物的EVs中FBXW7的表達減少,而HUVECs上清液中HIF-1α和VEGFA的表達增加。miR-144抑制劑的引入導致EVs中FBXW7表達增加,HIF -1α表達減少,HUVECs上清VEGF-A濃度降低。此外, FBXW7過表達或HIF-1α沉默導致HUVECs上清中HIF-1α表達和VEGF-A濃度降低(圖5K和5L)。因此,miR-144可以靶向FBXW7,促進HIF-1α和VEGF-A的表達。大黃酸處理沒有改變乳酸菌尿酸的產生。中心靶點科研服務兩年

N6甲基腺苷(m6A)是一種常見的真核細胞mRNA修飾。chip科研分子生物學實驗

6)circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發病機制

為了證實上述發現,我們進一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達情況。從軟骨中提取的ECM相關蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內側半月板不穩(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴重(圖6B,C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發現,與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比,DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失,表明circPde4bAAV可以挽救由DMM引起的OA進展,而RIC8AAAV可以逆轉這種挽救。 chip科研分子生物學實驗

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7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗

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