USF2促進circACTN4在BC中的表達為了研究 circRNA 在 BC發展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環形結構，使用聚斂引物和發散引物擴增...

人類**是由具有不同表型、基因型和表觀遺傳狀態的細胞組成的復雜生態系統。這種**內異質性是*****的主要障礙，也是大塊**分析中的重要混雜因素。單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術是探索組織異質性和細胞變異性的有力手段，并提供前所未有的機會來解決越來越具有挑戰性的生物學問題并了解**發展中涉及的非典型功能機制。目前，已經基于研究需求開發了許多單細胞測序數據庫。目前的數據庫主要關注基因表達，而在**內，細胞表現出由基因調控微調驅動的不同行為。因此，需要探索**中單細胞水平的基因-基因關聯。越來越多的證據表明，LncRNA相關的競爭性內源RNA（ceRNA）調控與細胞命運的確定和各種人類疾...

6.水蘇糖減輕DHEA誘導的多囊卵巢綜合征大鼠卵巢功能障礙 為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對PCOS大鼠的有益作用，DHEA處理的大鼠給予200mg/kg水蘇糖12天。水蘇糖給藥對體重沒有明顯影響(圖8A)，但改善了PCOS大鼠的動情周期紊亂(圖8B)。H&E染色表明，水蘇糖可減少卵巢囊泡數量，增加黃體形成(圖8C-E)。水蘇糖還可***降低PCOS大鼠血清睪酮水平的升高(圖8F)。上述結果提示水蘇糖確實改善了PCOS大鼠卵巢功能障礙，改善了卵巢組織病理損傷。 綜上所述，Tempol通過降低腸道氧化應激、恢復腸道失調、調節腸道微生物和宿主代謝產物之間的相互作用來保護DHE...

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10 據報道，DRD2可調節M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的*...

MELTF-AS1通過調節MMP14促進骨肉瘤轉移transwell實驗結果顯示，過表達MELTF-AS1可提高骨肉瘤細胞的遷移和侵襲能力。過表達MELTF-AS1，而過表達miR-485-5p或抑制MMP14，削弱了MELTF-AS1過表達引起的轉移能力的增加。免疫熒光分析顯示，過表達MELTF-AS1增加了Vimentin的表達，降低了E-cadherin的表達，共轉染miR-485-5p或MMP14siRNA消除了MELTF-AS1引起的變化。westernblot顯示MELTF-AS1過表達促進了MMP14下游靶點VEGF-A的表達。同樣，過表達miR-485-5p或抑制MMP14可減...

2.Lnc-PMIF抑制OPCs遷移到骨形成表面 在成骨細胞分化過程中，lnc-PMIF在早期增加，在礦化啟動后減少，表明lnc-PMIF可能在成骨分化的早期階段發揮作用。過表達/敲低lnc-PMIF不影響OPCs的增殖和成骨分化。敲低lnc-PMIF的細胞遷移減弱，敲低組細胞處理的小鼠脛骨中Dil標記細胞數量升高，小鼠中lnc-PMIF表達更高。這些表明lnc-PMIF可抑制OPCs向骨形成表面的遷移，而不干擾其增殖和成骨潛能。 3.Lnc-PMIF與HuR相互作用抑制β-actin的表達以抑制OPC遷移 為探索Lnc-PMIF介導的OPC遷移的調節機制。RNApull...

TNF-α處理AS-MSC樣品后，METTL14表達下降進而導致m6A水平降低，ELMO1RNA降解 已有研究發現m6A修飾可降低mRNA的穩定性及表達。作者發現ELMO1的m6A修飾水平隨著TNF-α濃度而改變，經過100ng/mlTNF-α處理后，AS-MSC中ELMO1m6A修飾水平遠低于HC-MSC。此外，在100ng/mlTNF-α刺激下，AS-MSC的ELMO1mRNA半衰期比HC-MSC更長，說明AS-MSC的mRNA穩定性更好。然后檢測m6A相關甲基轉移酶和去甲基化酶的表達水平。結果表明，TNF-α處理后，METTL3，ALKBH5和FTO表達增加，METTL14和T...

CircRNAs調節基因表達，參與多種生物學和病理過程。然而，關于特定circRNA對T輔助細胞17 (Th17)分化和相關自身免疫性疾病，如多發性硬化癥(MS)的影響知之甚少。本文使用轉錄組微陣列分析實驗性自身免疫性腦脊髓炎(EAE)的不同階段，確定了與EAE進展相關的circINPP4B，該circINPP4B在EAE小鼠Th17細胞和Th17體外分化過程中表達上調。該文于2021年8月發表于《Cellular Molecular Immunology》IF:11.53雜志上。 通過芯片分析鑒定與EAE相關的circRNA作者構建了EAE小鼠模型，通過EAE的臨床特征得分分為4組...

還檢測到β-肌動蛋白***升高，與免疫沉淀的HuR蛋白結合。接下來研究HuR-β-actin介導的調節機制是否參與OPC的遷移調節。β-actin的mRNA和蛋白表達以及細胞遷移能力在HuR基因過表達的細胞中***增加， HuR基因敲低細胞中降低。β-肌動蛋白的mRNA和蛋白表達在lnc-PMIF過表達細胞中***下調，但在lnc-PMIF基因敲除細胞中***上調，表明lnc-PMIF能抑制OPCs中β-actin的表達，基因過表達/敲除lnc-PMIF不改變HuR的蛋白表達。在前述lnc-PMIF敲低細胞中敲低HuR基因，細胞中β-actin的mRNA和蛋白表達***下調，細胞遷移能力也受到...

網絡圖中代謝物的集富集分析 為了鑒定鏈接雞盲腸微生物群與脂質生成之間的代謝物，進行了代謝物富集分析。在門水平，有三個代謝物集***富集，包括obesity，myalgicencephalomyelitis/chronicfatiguesyndrome和unclassifiedIbd。有4個代謝物在屬水平***富集，包括unclassifiedIbd，encephalomyelitis/chronicfatiguesyndrome，gout和obesity。很顯然，肥胖代謝物集在門水平和屬水平均***富集。肥胖代謝物集涉及三種差異代謝物：L-glutamicacid，pantothen...

大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經典鏈特異性 DNA 結構。G4 的熱穩定性不同，這可能會影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復制、轉錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩定性和突變率。因此，根據其基因組位置、熱穩定性和功能性，G4 基因座可能會在不同的選擇壓力下進化，而這一點從未被研究過。 一、基因組中G4基因座的密度不均勻 與全基因組平均值相比，CpG島、上游區域和轉錄鏈的G4密度的倍數差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內含子的非轉錄和轉錄鏈、非轉錄外顯子鏈和3'UT...

這可能部分解釋了第3天巨噬細胞的增加。此外，流式細胞術數據顯示M2樣巨噬細胞(CD206+IL4RA+)的百分比在第1天（急性炎癥期）下降并從第3天開始增加（ADM階段），而這些M2樣巨噬細胞的數量在第3天達到峰值，然后迅速減少。此外，流式細胞術數據與免疫熒光分析一致，其中F4/80+CD206+細胞在第3天**豐富。 接下來，我們想知道這些CCR2+單核細胞/巨噬細胞是否可以在胰腺損傷后重新編程為M2樣巨噬細胞。在植入和誘導AP8周后，我們發現第3天的增殖巨噬細胞(Ki67+)主要來自CCR2WT小鼠。與來自CCR2KO小鼠的巨噬細胞相比，來自CCR2WT小鼠的巨噬細胞表現出更高的...

MIR210HG與子宮內膜*患者的低生存率相關 為了識別子宮內膜*組中異常表達的lncRNA，我們分析了來自TCGA的數據。表達陣列分析顯示332個lncRNA的表達差異有統計學意義。7個lncRNA表達上調(圖1A和1B)。然后，我們分析了GEO數據集，發現在子宮內膜*GSE17025隊列中MIR210HG的表達也上調(圖1C)。qPCR顯示MIR210HG在子宮內膜*中的表達明顯高于正常子宮內膜組織(圖1D)。此外，我們分析了MIR210HG的表達與子宮內膜*患者臨床病理參數的關系，發現MIR210HG在從I、II期到III、IV期的進展過程中增加。MIR210HG的表達與淋巴結...

2021年6月，***一篇發表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的；RIT1致病水平促進染色體...

**近的研究表明INPP4B可能在與化療耐藥性相關的急性髓系白血病(AML)中起致*作用，以及在黑素瘤和結腸*中起致*作用。而且可能與環境有關。例如，在乳腺*中，SGK3被擴增，它的激酶活性依賴于致*的PI3K和INPP4B。**近，INPP4B被確定為與ER+乳腺*和**分級相關的前列基因。 2021年5月，在Naturecommunications雜志上發表了文章“INPP4BpromotesPI3Kα-dependentlateendosomeformationandWnt/β-cateninsignalinginbreastcancer”。此報道探討了INPP4B在ER+乳腺...

進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。 4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄 接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO...

DNA生物標志物 DNA生物標記物是MarkerDB中比較大的一類標記物。MarkerDB中的DNA生物標記進一步分為26021個與209種疾病相關的DNA突變標記、353個與70種疾病相關的SNP標記和23個與16種傳染病相關的微生物/病毒基因。DNA突變數據（和臨床批準的突變試驗）來自GeneticTestingRegistry，序列數據從GenBank中提取，DNASNP生物標記物的主要來源是數據庫GWAS-ROCS，疾病信息從OMIM或GeneticsHomeReference中提取，關于微生物/病毒生物標記基因的剩余數據通過原始文獻或專利檢索獲得。目前，MarkerDB中的...

circNDUFB2過表后IGF2BPs的mRNA無***變化，蛋白質水平***降低。此外，circNDUFB2突變體不影響IGF2BPs的蛋白質水平。因此推測circNDUFB2可能通過相互作用使IGF2BP蛋白失穩。發現circNDUFB2的過度表達***降低了IGF2BP蛋白的水平，這可以通過MG132（蛋白酶抑制劑）恢復。circNDUFB2***增加了IGF2BPs的泛素化水平，但這種作用因其突變而受損。這些結果表明circNDUFB2通過促進泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩定性。 TRIM25是介導IGF2BP泛素化的E3連接酶 促*分泌體通過外泌體傳遞和運...

QKI促進NSCLC細胞中circNDUFB2的生物發生 circNDUFB2和NDUFB2均來自NDUFB2 pre-mRNA，而NDUFB2 mRNA在NSCLC中略有上調。因此，推測circNDUFB2的下調在轉錄后發生。我們在circNDUFB2中搜索與潛在QRE匹配的序列。接下來進行了RIP分析，確認QKI確實與NDUFB2 pre-mRNA中的假定QRE結合。在NSCLC細胞中QKI過表達可能會上調circNDUFB2。 這些數據表明，QKI與NDUFB2 pre-mRNA的circNDUFB2形成外顯子側翼的內含子結合，從而促進circNDUFB2的形成。 英拜生物對整...

2、敲除LncHrt損傷心臟內穩態為了探究LncHrt的功能，實驗AAV9-shRNA敲除新生兒小鼠中的LncHrt，即AAV-LncHrtKD。結果表明敲除LncHrt后，導致心臟擴大，心臟重量與體重之比提高（HW/BW），而不影響體重。心電圖顯示LncHrt敲除后小鼠左心室收縮功能受損，縮短分數下降，明顯的左心室擴張和左心室后壁厚度減少（2f-i）。并且這些變化得到了心臟組織學和組織纖維化的結果的支持。與此相反，過表達LncHrt后對小鼠的心臟的影響與上述結果完全相反。總之，以上結果表明敲除LncHrt損傷心臟內穩態，過表達LncHrt可保護心臟免受心肌梗死。我們接下來研究了Pex對HSC...

6）DRD2通過下調DDX5和eEF1A2來抑制NF-κB通路的***和**的發生 DRD2異位表達***抑制了p65和NF-κB靶基因IL-10的mRNA表達(圖6A)，表明在沒有配體***的情況下，DRD2是NF-κB通路的負調控因子。除了結合***β-arrestin2外，DRD2還可能通過其他方式抑制NF-κB信號通路。采用Co-IP法分離可能的結合蛋白，并采用質譜法進行蛋白鑒定。MDA-MB231和BT549細胞的所有結合蛋白中，DDX5、eEF1A2和ICAM-1均被異位表達的DRD2下調(圖6B-C)。根據以往的研究，DDX5和eEF1A2是幾種**中的兩種致*基因。W...

4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用 由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關，通過FISH和亞細胞定位實驗發現ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發現在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELN...

在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)， SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1與O-或c -狀態穩定的MAD2突變體的結合(圖4C)。用過量的RIT1...

5.ELNAT1與UBC9啟動子形成DNA-RNA三聯體，通過招募hnRNPA1增強H3K4me3修飾 為了探索ELNAT1誘導BCa淋巴轉移的分子機制，我們使用NGS檢測過表達ELNAT1的BCa細胞和對照細胞（Figure5A），由于SUMOylation已經被證明可以調節特異性RNA的識別，并參與RNA分選進入EVs的過程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關靶基因。在受ELNAT1調控的925個基因中，作者發現UBC9是SUMOylation相關基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過RNA純化（ChIRP）檢驗ELNAT1與UBC9中P1（153~...

7）USP35敲除增強肺*細胞的化療敏感性 鑒于USP35在肺*細胞中的高表達及其在調節鐵死亡中的作用，我們**終評估了USP35沉默是否能使肺*細胞對化療藥物敏感。如圖9A-C所示，USP35缺乏的H460和H1299細胞在體外對DDP和PTX的毒性作用更敏感，細胞活力和定殖的降低證明了這一點。相應地，接種USP35缺陷*細胞的荷瘤小鼠經DDP或PTX***后**體積和重量均減少(圖9D，E)。酪氨酸激酶抑制劑(TKI)已成為常規化療的替代藥物，并為肺*患者提供了***的生存益處。 英拜生物致力于分子生物行業十余年。斷鏈脂肪酸 總之，SLE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表...

雄***和雄***受體(AR)是******轉錄因子(TF)，是驅動前列腺*(PCa)發***展的關鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進展到致命性去勢抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點和生物標志物。靶蛋白的一個來源可能是ar相關的染色質蛋白。 大多數目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經通過遺傳篩選，如雙雜交系統，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質譜耦合(MS)已經啟發了NRs的輔助調節器，但它很少在**NRs自...

m6A酶系統 METTL3是早先被鑒定為結合SAM的組件，其缺失引起小鼠胚胎干細胞、Hela細胞和HepG2 細胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細胞核內亞細胞器－核小斑（Nuclear speckle）上，顯示ｍ６Ａ修飾可能和ＲＮＡ的剪切加工相關。WTAP與METTL3–METTL14 二聚體相互作用，并共定位于核小斑，影響甲基化效率，參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉移酶復合體的新亞基，是整體甲基化進程所必須的[2]。FTO是ALKB家族的成員，作為***個被發現的去甲基酶，可影響剪切因子SRSF2的RN...

為了進一步分析LncRNA-HGBC-miR-502-3p-SET-AKT之間的關聯，作者在43對GBC組織中進行分析，發現LncRNA HGBC與miR-502-3p呈負相關，與SET和HuR mRNA水平呈正相關，與非**組織相比，HuR在GBC組織中表達上調，通過IHC分析發現，與非**組織相比，SET或p-AKT在GBC組織中表達上調，此外，LncRNA -HGBC表達與SET和p-AKT表達呈正相關。綜上所述，LncRNA HGBC能通過競爭性結合miR-502-3p發揮作用，然后***下游SET和AKT表達，從而加強**細胞的**性。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了...

在基礎條件下，Fth-KO小鼠皮層中鐵穩態輕度受損 使用蛋白質印跡分析，實時PCR和Fth免疫熒光證實了在基礎條件下神經元Fth表達的喪失。Fth-KO小鼠的FTHmRNA和蛋白表達較低。我們還通過免疫熒光觀察了Fth的神經元水平。從他莫昔芬處理的皮層神經元Fth-KO小鼠具有減少的免疫原性FTH的。重要的是，在神經元中觀察到幾乎罕見FTH陽性細胞Fth-KO小鼠。有趣的是，神經元中Fth的喪失并未導致Ftl表達的代償性增加。接下來，檢查了神經元Fth在鐵代謝和氧化還原穩態中的假定作用。Fth-KO組與對照組相比，皮質Fe2+，Fe3+，總鐵水平***增加。Perls的藍色染色顯示在...

三、原始表型和染色質可及性 雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始...