DNA生物標(biāo)志物
DNA生物標(biāo)記物是MarkerDB中比較大的一類標(biāo)記物。MarkerDB中的DNA生物標(biāo)記進(jìn)一步分為26021個與209種疾病相關(guān)的DNA突變標(biāo)記、353個與70種疾病相關(guān)的SNP標(biāo)記和23個與16種傳染病相關(guān)的微生物/病毒基因。DNA突變數(shù)據(jù)（和臨床批準(zhǔn)的突變試驗）來自GeneticTestingRegistry，序列數(shù)據(jù)從GenBank中提取，DNASNP生物標(biāo)記物的主要來源是數(shù)據(jù)庫GWAS-ROCS，疾病信息從OMIM或GeneticsHomeReference中提取，關(guān)于微生物/病毒生物標(biāo)記基因的剩余數(shù)據(jù)通過原始文獻(xiàn)或?qū)＠麢z索獲得。目前，MarkerDB中的所有DNA標(biāo)記都有一個或多個疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDBID、序列（標(biāo)記了疾病變體）、詳細(xì)的基因描述（編碼區(qū)范圍內(nèi)）、基因名稱/同義詞、一個或多個文獻(xiàn)參考和到其他在線數(shù)據(jù)庫的外部超鏈接. 我們使用抗體陣列評估了表達(dá)PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。武漢課題第三方實驗室
2.TYRO3使**細(xì)胞對抗PD-1***耐藥
在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(dá)(Tyro3-OE)和4T1-P細(xì)胞對抗mPD-1***的反應(yīng)。在荷4T1-P**的小鼠中，抗mPD-1******減少**的生長，并延長了生存期。這些結(jié)果表明，盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應(yīng)，Tyro3的過表達(dá)促進(jìn)了這些**的耐藥性。為進(jìn)一步確定在4T1-R耐藥細(xì)胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3，敲除4T1-R細(xì)胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細(xì)胞的小鼠對抗mPD-1***敏感，**生長***減少，小鼠存活時間更長。這些結(jié)果證明TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的重要作用。 雙熒光素酶報告基因課題產(chǎn)學(xué)研合作***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
qRT-PCR結(jié)果表明，暴露于miR-144模擬物處理的鼻咽*細(xì)胞的HUVECs中miR-144上調(diào)，而暴露于miR-144inhibitor處理的鼻咽*細(xì)胞的HUVECs中miR-144下調(diào)(圖3C)。Transwell實驗結(jié)果表明，miR-144過表達(dá)EVs足以增強(qiáng)HUVECs的遷移和侵襲，而miR-144抑制EVs則表現(xiàn)出相反的趨勢(圖3D和3E)。此外，我們還通過傷口愈合實驗檢測HUVECs的增殖和遷移能力(圖3F)。結(jié)果顯示，與NC模擬EV組相比，miR-144模擬EV組細(xì)胞的創(chuàng)面愈合率升高，說明C666-1-和SUNE1細(xì)胞來源的EVmiR-144均促進(jìn)HUVECs的增殖和遷移。與NC抑制EV組相比，miR-144抑制EV組的細(xì)胞創(chuàng)面愈合率降低，提示C666-1-和SUNE1EV細(xì)胞EVmiR-144抑制后，HUVECs的增殖和遷移受到抑制。
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細(xì)胞定位相關(guān)，通過FISH和亞細(xì)胞定位實驗發(fā)現(xiàn)ELNAT1在UM-UC-3和T24細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核均有表達(dá)（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發(fā)現(xiàn)在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質(zhì)譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細(xì)胞中的共定位，并且ELNAT1通過內(nèi)源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進(jìn)一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 高通量測序的后續(xù)成文服務(wù)。
為了驗證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。
在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長
首先檢測了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于BCPAP和TPC-1細(xì)胞系。因此，對于功能獲得性實驗，合成帶有5’磷酸末端的tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染至K1細(xì)胞系（圖2B）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與對照組相比，tiRNA-Gly***促進(jìn)K1細(xì)胞的增殖和遷移（圖2C-D）。對于功能缺失實驗，在BCPAP和TPC-1細(xì)胞系中轉(zhuǎn)染siRNA干擾tiRNA-Gly的表達(dá)，結(jié)果顯示細(xì)胞的增殖和遷移都***下降（圖2E-G）。體內(nèi)實驗得出了類似的結(jié)果，干擾tiRNA-Gly表達(dá)導(dǎo)致**體積減小，Ki67表達(dá)下降?？傊?，體內(nèi)體外實驗都表明tiRNA-Gly是PTC的惡性因子。 解決了對確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。雙熒光素酶報告基因課題產(chǎn)學(xué)研合作
英拜生物對實驗可行性分析。武漢課題第三方實驗室
為了確定EVs介導(dǎo)的ELNAT1在體內(nèi)促進(jìn)LN轉(zhuǎn)移，首先構(gòu)建一個小鼠腘窩的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移模型。小鼠隨機(jī)分為2組（n=12），每3天接受由載體（UM-UC-EVVector）或ELNAT1（UM-UC-3-EVELNAT1）轉(zhuǎn)染的UM-UC-3細(xì)胞分泌的EVs瘤內(nèi)注射，當(dāng)原發(fā)**大小達(dá)到200mm3時采集**和腘窩的LNs（Figure3D）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，通過體內(nèi)成像系統(tǒng)（IVIS）發(fā)現(xiàn)，與UM-UC-EVVector相比，UM-UC-3-EVELNAT1促進(jìn)了UM-UC-3細(xì)胞向腘窩LNs的轉(zhuǎn)移，LNs體積更大（Figure3E-I）。
由于淋巴管生成是淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵步驟，因此進(jìn)一步評估了EVs介導(dǎo)的ELNAT1在體內(nèi)對淋巴管生成的影響。結(jié)果顯示，UM-UC-3-EVELNAT1組***增加了小鼠足底**瘤內(nèi)和瘤旁區(qū)域的淋巴管內(nèi)皮透明質(zhì)酸受體1陽性（LYVE-1positive）（Figure3J,K）。以上結(jié)果表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1促進(jìn)BCa體內(nèi)淋巴管生成和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。 武漢課題第三方實驗室
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗