三、原始表型和染色質可及性
雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調控原始亞型基因的因素(圖3D，補充數據3).對承諾亞型中***可獲得的**進行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識別的共識序列，提示它們在committed亞型中可能發揮的作用(圖3D)補充數據。 根據自身需要檢索相關基因或者化學品。福建課題動物模型構建
本研究發現，在肺*組織中，雖然PD-L1-Lnc并不影響PD-L1-mRNA和蛋白的表達，但依然影響細胞的增殖，遷移和侵襲。在A549 和PC9細胞系中，過表達PD-L1-Lnc與對照相比，細胞的增殖、侵襲能力、抑制細胞凋亡能力明顯增強。接下來，在肺*異種移植小鼠模型中進一步驗證，分別在A549細胞系中對PD-L1-Lnc進行過表達和干擾，并與陰性對照組進行比較，雖然在整個實驗過程中，三組小鼠的體重沒有***差異，但對**大小進行觀察發現，這些肺*細胞的生長速度明顯不同。在A549細胞系中，過表達PD-L1-Lnc組的**大小明顯高于對照組，PD-L1-Lnc shRNA組的**大小明顯低于**對照組；**組織切片Ki67染色顯示，PD-L1-Lnc的表達情況與細胞增殖率呈正相關。RT-PCR發現與對照組相比，PD-L1-Lnc過表達和干擾組PD-L1-Lnc表達水平分別***升高和降低，而PD-L1 mRNA的表達沒有明顯差異。單細胞相關課題課題動物模型構建上海英拜提供課題外包服務。
接著，我們利用NMR進一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結果表明，FTO干擾了SsD的狀態。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細胞對SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細胞中，SsD在0.05-0.14 nmol/百萬細胞中檢測到。HPLC顯示SsD對體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細胞系統中，斑點印跡試驗證實了SsD介導的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述， FTO是SsD的直接靶點，可能是SsD誘導的白血病細胞生長抑制作用的主要介質。
與coaccessibilityscore較高的Cicero連接相比，coaccessibilityscore較低的Cicero連接在GeneHancerdoubleelite數據庫中的可能性較小(p<2.21016，卡的平方)。在近端曲小管內，大部分Cicero連接要么在啟動子區域內，要么在啟動子和另一個位置之間(圖3d)，這種分布在其他細胞類型中也類似(補充圖11)。轉錄因子活性與轉錄因子表達有適度的相關性(Pearsonr2=0.36,p值=4.21012，圖3e)。推測motif活性與轉錄因子表達呈正相關的轉錄因子可能在DAR中扮演轉錄***因子的角色，而負相關的轉錄因子則扮演轉錄抑制因子的角色。令人驚訝的是，糖皮質***受體(NR3C1)的motif活性與表達呈正相關，而礦皮質***受體(NR3C2)則呈負相關(圖3f)。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。
四、scRNA-seq和scATAC-seq數據整合
目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數據。首先使用6種豐富的細胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+CD38-細胞進行分類，結果顯示scATAC-seq數據集中指定細胞類型的頻率與scRNA-seq數據中的頻率高度一致，這表明染色質可及性和轉錄組具有相關性。然而，不同類型的細胞在整個軌跡上有相當大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質啟動，從而導致了異質性。之后研究者比較了7個集群中HSCs/MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結果顯示在轉錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達的TFs的活性存在***差異。***，研究者進一步探索分化過程中染色質可及性和基因表達之間的“時滯”，結果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調節子靶基因的啟動子在任何明顯基因表達之前均是開放的，這證實HSCs/MPP中染色質的可及性早于轉錄變化。 英拜生物對實驗可行性分析。代謝組學課題免費設計
阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配。福建課題動物模型構建
同樣地，western blotting顯示奧拉帕尼可誘導H2AX和其他DNA修復途徑的調控因子磷酸化，包括ATM和Chk2，并增加cleaved caspase-3(凋亡標記)的表達，然而，無論奧拉帕尼處理與否，ferrostatin-1處理對A2780細胞中的這些標記物均無明顯影響，表明奧拉帕尼處理后，鐵抑制對DNA損傷反應及其下游效應-細胞凋亡沒有***影響。同時奧拉帕尼增加了γH2AX聚焦位點的數量，并誘導了對照細胞中H2AX的磷酸化，而SLC7A11敲低并沒有進一步改變這兩個位點。總之，這些結果表明，DNA損傷或修復既不參與ferroptosis擾動介導的奧拉帕尼耐藥，也不參與ferroptosis增強介導的奧拉帕尼敏化。福建課題動物模型構建
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