2、白樺素下調SREBP靶基因，降低細胞脂質水平 由于SREBP-2是其自身的直接靶標，因此白樺素將其表達下調40％（圖3A）。與SREBP-2是膽固醇生物合成的主要轉錄因子這一觀點一致，膽固醇合成途徑中的10個被測基因，例如HMGCR，HMG-CoA合酶（HMGCS）和角鯊烯環氧酶（SE），都被白樺素處理抑制了（圖3A）。類似地，與脂肪酸和甘油三酸酯合成有關的所有9個基因，例如SREBP-1c，脂肪酸合酶（FAS）和乙酰輔酶A羧化酶α（ACC），都被白樺素顯著下調（圖3B）。與早期觀察結果一致（圖1A），包括ABCG5和ABCG8在內的LXR靶基因不受白樺素的影響（圖3C）。 Pe...

USP35敲除增加了脂質活性氧的產生和丙二醛的產生(圖2D)。過量的活性氧導致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進了H460和H1299細胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-HETE的釋放(圖2F)。GSH/GPX4為基礎的ROS***機制在防止鐵缺乏期間的脂質過氧化中起著不可或缺的作用。研究表明在USP35缺乏的細胞中GSH水平降低并伴隨著對GPX4活性的抑制(圖2G，H)。此外，shUSP35***細胞中的鐵和Fe2+水平***高于對照組。相比之下，補充GSH或鐵螯合劑***減少了shUSP35***細胞的...

2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌 隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。 3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增 前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體m...

接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調后人星形膠質細胞細胞毒性的形態學變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導了細胞毒性的形態學特征，包括細胞質面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態死亡細胞數量***增加(圖7F)。與形態學分析結果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細胞毒性水平(圖7G)。這些結果表明，NOX4通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進了鐵死亡。結論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應激誘導的脂質過氧化作用促進星形膠質細胞的鐵死亡，這是AD期間星形膠質細胞損傷的一種重要分子機制。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC...

為了驗證tRFs&tiRNA-Seq數據，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進展中起致*作用。2、在小鼠模型中，tiRNA-Gly調節PTC細胞的增殖和遷移，并影響**生長 首先檢測了tiRNA-Gly在3株PTC細胞系中的表達，如圖2A所示，K1細胞系中tiRNA-Gly的表達***低于BCP...

四、RIT1抑制MCC-MAD2結合，促進APC/C底物降解 在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)， SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1...

ROS及其細胞副產物是酪氨酸磷酸酶的有效抑制劑，、用抗霉素A培養T細胞可導致酪氨酸磷酸化的持續和升高(圖6a)，這被魚藤酮或NAC阻斷(圖6a,b)。免疫印跡分析顯示，在aa誘導的ROS下，酪氨酸磷酸化的***數量增加，但幾種不同的蛋白在NAC處理下有差異的磷酸化(圖6b)。TCR-reporter Nur77-GFP小鼠研究表明在TCR信號缺失的情況下，抗霉素A誘導GFP表達;在低于連續刺激條件下誘導的信號時，抗霉素A處理產生的GFP與酪氨酸磷酸酶抑制劑orthovandate (50 μm)培養的T細胞表型相匹配(圖6c)。磷酸酪氨酸級聯促進NFAT1的核積累，單獨的ROS誘導(通過抗霉素...

由于circMAPK1在GC細胞系中穩定表達，我們推測circMAPK1可能是一種適合GC診斷或預后的標志物。qRT-PCR顯示circMAPK1在*組織中的表達低于匹配的非*組織(圖1m)。Kaplan-Meier生存分析顯示胃*組織中circMAPK1水平較高的患者總生存期***延長(圖1n)。綜上所述，circMAPK1是一種穩定表達的circRNA，可作為有效的診斷和預后標志物，值得進一步研究。 2）CircMAPK1在體外抑制GC細胞的增殖和遷移 為了研究circMAPK1在GC中的生物學功能，我們進行了一系列細胞實驗。隨CCK8實驗(圖2a)、集落形成實驗(圖2b)...

4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的 我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD...

APC是促進β-連環蛋白降解調節因子。m6A峰位于APC末端密碼子區域附近的***一個外顯子，METTL3缺失降低了APCmRNA的m6A水平。分析顯示，有三個腺苷堿基甲基化，并且在METTL3缺失導致的APCmRNAm6A峰值下降范圍內。這些結果表明METTL3調節apcmrna的m6A水平，這種水平在許多類型的*細胞中都很高。 m6A-RIP和實時定量PCR分析表明，在KYSE180細胞中，METTL3缺失后，APCmRNA中的m6A水平***降低。相反，METTL3過表達增加了KYSE180細胞中APCmRNA的m6A水平，并且這種增加被METTL14缺失所消除。此外，帶有抗M...

TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。 提供***科研設計咨詢及輔助實驗。褪黑素...

NRF2是阻斷鐵死亡的關鍵介質，TYRO3過表達的293T細胞中NRF2轉錄活性增加。TAM激酶下游的PI3K/AKT信號通路可增加NRF2轉錄活性，TYRO3-OE介導的NRF2轉錄***被AKT抑制劑MK2206消除。這些結果表明TYRO3通過AKT/NRF2軸抑制鐵死亡。吞噬細胞對瀕死細胞的***依賴于對凋亡細胞暴露的“吃我信號”的識別。磷脂酰絲氨酸(PS)是一種關鍵的“吃我”分子，可與橋接分子結合，如TAM激酶配體蛋白S(Pros1)和Gas6。Pros1在與PS結合時同時***TYRO3。Pros1處理4T1和PY8119**細胞可抑制erastin誘導的脂質過氧化作用，表明凋亡細胞...

Nup62、Nup214、Nup43在運動神經元中過表達***降低了運動功能和攀爬速度(圖5A和B)。與各自的Nup對照或對照組動物相比，過表達Nup62和Nup214或Nup62和Nup43的動物的壽命明顯縮短——Nup62/ Nup214 OE和Nup62/Nup43 OE的中位存活時間分別為23天和21天(圖5C)。用RNAi成蟲(Nup62或Nup214)多次暴露于創傷后，檢測其運動功能和壽命。Nup62 mRNA (p <0.01)和Nup214 mRNA (p <0.001)與對照組相比，Nup62和Nup214 RNAi處理組的攀爬水平***降低(圖5D和E)。有...

對snATAC-seq數據集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾，以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細胞類型都存在于這兩個數據集中，并且在檢測和分配細胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析，這是通過對snatc -seq數據集的無監督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SL...

六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs 研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs/MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結果顯示標記為HSCs/MPP和HSCs/MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩健性，研究人員在小鼠MS5飼養層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類，...

MT2受體可能參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用 為了闡明褪黑素的保護TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達模式。從12小時到14天觀察到皮質MT1和MT2表達顯著降低。此外，褪黑素可在24小時顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用，當用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預處理小鼠時，我們發現用Luzindole和4P-PDOT進行的預處理均消除了TBI后24小時褪黑素對MT1和Cox2表達的影響。...

鑒于以上結果，作者想進一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結果。結果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質合成抑制劑環己胺(CHX)處理細胞，tiRNA-Gly轉染后增加了K1細胞內源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內源性RBM17在轉染tiRNA-Gly的K1細胞中的積累量**高于轉染siRNA-NC的K1細胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過表達***抑...

瀏覽工具將PROTAC-DB中的數據歸納為兩類：“目標瀏覽”和“化合物瀏覽”。目標瀏覽將在“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類別選項卡下顯示目標蛋白質的名稱列表，點擊列表中選定的蛋白質將跳轉到與該蛋白質相對應的所有化合物的列表。化合物瀏覽主要用于可視化“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類標簽下所有化合物的二維結構。此外，在“PROTAC”、“彈頭”和“E3配體”類標簽下還將展示生物活性。 可視化和過濾數據表中的結果查詢或瀏覽結果顯示為數據表，包含2D結構和其他信息，如化合物ID、目標蛋白質和生物活性(圖2)。 進一步了解阻斷atm依賴的...

四、在體內和體外，NUPs的上調導致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集 為了檢測Nup上調對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(Nup62 OE)蠅線，并對內源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現細胞質聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外...

4）M1-BMDMs來源的外泌體在體內阻礙脊髓損傷后的運動功能恢復和破壞BSCB 為了進一步研究巨噬細胞在SCI微環境中的作用及其對血管內皮細胞的潛在影響，我們提取并鑒定了來自M1-BMDMs(M1-Exos)的外泌體。脊髓損傷后立即注射外泌體，在指定時間進行一系列行為評估(圖4A)。BMS行為分析表明，M1-Exos注射可導致脊髓損傷后后肢運動功能評分降低(圖4B)。足跡分析、電生理測試和游泳測試顯示了類似的結果，M1-Exos處理導致更短的步幅(圖4C)，更低的MEPs振幅(圖4D)，更傾斜的身體角度，更下垂的尾巴(圖4E)。EB外滲實驗顯示，M1-Exos處理組有更多EB染料滲...

數據庫概況 目前，MarkerDB數據庫包含142個蛋白質生物標記，1089個化學生物標記，154個核型生物標記和26374個遺傳標記。這些分類為25560個診斷生物標志物，102個預后生物標志物，265個暴露生物標志物和6746個預測生物標志物或生物標志物組。這些標記可共同用于檢測，監視或預測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。 MarkerDB中五個主要分子標記類別 化學生物標志物 MarkerDB中的化學生物標記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學/污染物暴露和飲食攝入的標記物。MarkerDB中的1089個化學...

CircACTN4促進體內異種移植**的發生和轉移 為了評估circACTN4在體內的致*作用，通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC細胞**模型。用過表達 circACTN4 慢病毒或 circACTN4 shRNA 慢病毒及其對照***的 MCF-7 細胞接種雌性裸鼠。結果表明，circACTN4過表達組異種移植**的體積和重量明顯大于對照組，而circACTN4敲低顯著抑制了**生長。與對照組相比，circACTN4的上調明顯增加了轉移性肺結節的數量，而circACTN4沉默顯著抑制了自發性肺轉移，侵襲性**細胞較少。此外，circACTN4 的過表達可以顯著促進**血管生...

褪黑素可減少TBI誘發的小鼠腦行為缺陷和病變體積 為了利用褪黑素對TBI誘導的神經系統結果和病變體積的影響，進行了行為分析以及HE染色。關于線握測試，與假手術組相比，TBI在第1-8天導致運動表現顯著下降，但與TBI組相比，褪黑素和Lip-1的***改善了第2-6天的運動表現。在MWM測試中觀察到，與假手術組相比，TBI在第10-15天導致潛伏期延長，但是褪黑素和Lip-1***的TBI小鼠均表現出比TBI小鼠明顯更短的逃避潛伏期。曠場試驗中，與假手術組相比，TBI組的動物的總距離、中心移動距離和花費時間明顯縮短。褪黑素***可顯著逆轉上述參。HE染色顯示，褪黑素和Lip-1***的...

導語：免疫檢查點阻斷療法已證明對多種**類型具有良好的臨床效果。程序性細胞死亡蛋白1（PD-1）是免疫檢查點，然而，由于耐藥性以及用于患者分層的生物標志物不足，*少數患者從單藥***中獲益，在很大程度上限制了臨床效應。這里，小編帶大家領略下小分子化合物的在耐***面的獨特魅力。參考文獻：TYRO3inducesanti–PD-1/PD-L1therapyresistancebylimitinginnateimmunityandtumoralferroptosis（IF=11.864） 1.TYRO3高表達與抗PD-1/PD-L1***患者的預后不良相關建立**小鼠體內耐藥模型，將4T...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時區分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識別出了10個分支，共71個asv，沿***軸的時間點分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個比較大的區分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

7）miR-155負調控SOCS6表達，***NF-κB通路 為了進一步探討外泌體miR-155誘導EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標數據庫預測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結合(圖7A)。結合GSE49329和GSE49330數據庫，我們發現miR-155的表達與SOCS6的表達呈負相關(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標，我們根據預測的結合位點(圖7C)構建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。...

藥物基因組學（老年保護化合物）模塊 該老年保護化合物模塊專注于老年保護劑，允許用戶查詢與衰老相關的化合物，根據衰老表型、靶點、途徑和與年齡相關的疾病，提供應用于模型生物的相關化合物的匯總數據。該模塊目前包含來自藥物治療分析（體內和體外）的數百種化合物和組學數據集的列表，揭示由特定壽命/延長健康壽命的藥物引起的基因表達變化。在該模塊的首頁，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗”提供了老年保護劑的臨床試驗數據；“專題文章”展示了衰老領域的***研究。重要的是，用戶可以通過藥物名稱、目標基因或來源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關老年保護化合物的詳細...

五、YTHDF1以m6a依賴的方式調控FZD7的表達 在GC-803和胃*細胞株基礎上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關聯(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調在YTHDF1- mu...

3、CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化 為了探索miR-934促進CRLM的分子和細胞基礎，通過Cytoscape軟件注釋了TCGAcohort中191個miR-934相關基因的細胞功能，發現miR-934***參與多種炎癥反應，提示miR-934可能參與了CRC免疫微環境（Fig.3a）。然后發現miR-934與巨噬細胞的基因信號特異性相關（Fig.3b）。為了研究在CRLM中TAM的浸潤與miR-934之間的相關性，我們在原發性結直腸*組織和CRLM組織樣本中采用免疫組化染色檢測TAM標記CD163。如圖3c所示，在CRLM組織中CD163+TAM浸潤豐富的...

隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當YTHDC2在H1299細胞中過表達時，并過表達SLC7A11完全恢復了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉錄的關鍵轉錄因子，ATF4在H1299細胞中上調SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結合臨床分析，YTHDC2表達下調，而SLC7A11表達上調(圖4K、L)，并且它們在**中呈負相關(圖4M)。 5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩定 作者為研究YTH...