本文在一組臨床定義明確的SLE伴活檢證實的腎炎患者中進行的T細胞轉錄組學和代謝研究表明，高IFN信號可驅動CD8 + T細胞線粒體代謝途徑的變化，使其生物能量不適應且更容易死亡。本文證明在SLE患者的CD8 + T細胞中觀察到的代謝重編程是延長IFNα暴露和TCR刺激的結果。在這兩種刺激的持續組合下，這可能是SLE患者特有的一種情況，CD8 + T細胞表現出與NAD + 消耗增強、線粒體氧化能力降低和存活率下降相關的PARP基因表達增加（圖7)。總的來說，本文的發現證明高ISG特征與SLE CD8 + T細胞的代謝適合性之間的聯系，以及它們在壓力下或對抗原再激發的反應中存活的能力。促*分泌體通...

為了了解白樺素和他汀類藥物的抗DIO作用，進一步分析了脂質吸收，體力活動和能量消耗。在洛伐他汀***的小鼠中，盡管呼吸商（RQ）增強，表明從體內利用葡萄糖和蛋白質進行能量生產已超過脂質氧化，但耗氧量和總能量消耗仍與WD喂養的小鼠相似（圖4F-4H）。另一方面，用洛伐他汀喂養的小鼠的糞便膽固醇和甘油三酸酯（TG）顯著增加（圖4C和4D），表明洛伐他汀降低脂質吸收或增加脂質排泄，從而拮抗DIO。這一觀察結果與以前的報告是一致的。另一方面，白樺素對脂質吸收/排泄沒有影響（圖4C和4D）。Pex調節HSC的ECM分泌。蛋白組學課題實驗可參觀 四、HSCT前通過腸道微生物組成預測急性GvHD 嚴重性 ...

CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉錄 為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質譜分析circACTN4結合蛋白，發現FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 FUBP1 可以通過qRT-PCR與BC細胞中的內源性circACTN4 特異性結合。FISH-IF 分析顯示 circACTN4和FUBP1共定位于細胞核中。但是circACTN4 的上調和敲低并沒有改變 FUBP1的表達水平，表明circACTN4不參與FUBP1的翻譯后調控。ChIP-PCR測定證實FUBP1與BC細胞中MYC啟動子結...

四、RIT1抑制MCC-MAD2結合，促進APC/C底物降解 在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)， SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1...

YTHDC2調節SLC7A11 mRNA的穩定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細胞中過表達METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細胞中降低METTL3表達阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細胞中的作用是依賴m6A。 6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基...

此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達的患者的生存結局明顯較差(圖7F)。循環外泌體的隨訪數據也顯示了一致的結果。PDAC患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于健康對照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉移的患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環外泌體***表達(圖7H)。高循環外泌體表達CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發生肝轉移 (圖7I)。然而，高表達循環外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)。總之，我們的研究結果證...

微生物群對宿主的適應性免疫系統如T細胞發揮免疫調節功能。例如，與擬桿菌屬和梭狀芽胞桿菌相關的人類共生腸道菌株可以在無菌小鼠中誘導T調節(Treg)細胞。**近的研究表明，功能不同的T細胞亞群，如輔助T細胞17 (TH17)和Treg細胞參與了aGVHD的發病機制。除腸道外的身體部位的微生物群，如口腔和鼻腔，也被認為參與免疫調節。我們之前曾提出，腸道微生物群與同種異體造血干細胞移植后的免疫細胞重建有關。然而，其他粘膜部位的微生物群是否受同種異體造血干細胞移植的影響，是否與aGvHD相關，是否與患者免疫系統的恢復相關，目前尚不清楚。生命科學領域內的精細研究。代謝組學課題服務價格接下來，評估circ...

用戶界面SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關不同疾病中特定于細胞類型的基因的詳細信息，具體流程如圖。 “疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別。“疾病”根類別中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關注疾病相關的特定于細胞類型的基因的詳細信息。**初將所有細胞類型分為16組，以幫助想要瀏覽特定細胞類型中標記基因的研究人員。還可以使用“搜索”功能搜索他們感興趣的疾病，基因或細胞類型。每個基因的信息將在表格中以一行顯示，其中包括疾病名稱，實驗組織，細胞類型，基因名稱，用于描述基因表達的變量名稱（log 2 FC或均值），變量的值，DEG比較，...

6）上調UCP1減輕AKI中的脂質積累，可***緩解體內炎癥和凋亡 以上研究證實，在體外，上調UCP1可以通過抑制炎癥和凋亡來抑制AKI的進展。為了探究其在體內的作用，我們在腎多點注射模型中檢測了相應的指標。如圖6A-E所示，炎癥指標CD68、IL-1β、IL-6、TNF-α均***降低，UCP1上調。在凋亡方面，凋亡指標Bax和C-caspase3也隨著UCP1的上調而降低，而Bcl-2隨著UCP1的上調而升高(圖6F)。TUNEL熒光染色也直接證明了UCP1上調導致的凋亡減少(圖6G-H)。同樣，我們也使用UCP1激動劑CL316243在動物模型中證實了同樣的炎癥和凋亡趨勢(圖6...

5.沉默lnc-PMIF促進老年OPCs向骨形成表面遷移，促進老年小鼠骨形成 BMSCs中沉默lnc-PMIF，增殖無變化，OPCs成骨能力不改變，細胞遷移數量高，表明沉默lnc-PMIF可增強老年OPCs的遷移能力，而不干擾老年OPCs的體外增殖和成骨分化。接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠中骨形成表面Dil+細胞數***升高，提示沉默lnc-PMIF可促進老年OPCs在體內向骨形成表面遷移，大部分遷移的Dil+細胞中檢測到Runx2表達，表明si-PMIF處理的老年BMSCs遷移到骨形成表面發生正常的成骨分化，這將有助于小鼠的骨形成。接受si-PMIF處理的老年BMSC...

外周血單個核細胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關細胞的主要來源。像大多數其他人體組織一樣，PBMC是一種復雜的、異構的細胞類型混合物，來源于共同的干細胞祖細胞。盡管不同的PBMC細胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細胞類型執行重要的和不同的功能。理解控制細胞系規范、細胞成熟、***狀態和響應細胞內外信號的功能多樣性的基因組調控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統的關鍵。 **近單細胞基因組方法的改進使復雜細胞類型混合物的調控染色質景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細胞轉座酶可及染色質分析(snATAC-seq, scATAC-seq, ...

細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內在細胞抑制機制，而其作為免疫調節劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2021年5月14日發表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。深耕科研行業提高科研的高效。蛋白組學課題...

此外，circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進了RIC8A和MID1的結合(圖4F，G)。與這一發現相一致的是，體外結合試驗表明，circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關聯(圖4H)。通過co-IP，MID1與RIC8A在N端調控域結合(圖4I)。此外，我們檢測了RIC8A的功能位點。在HCs中免疫沉淀RIC8A并進行MS分析，證實了RIC8A中氨基酸殘基的泛素化(圖4J)。在RIC8A、K143和K187中鑒定出10個泛素化位點，并且在人類和小鼠之間并不保守(圖4J)。因此，我們將保守的RIC8A位點從賴氨酸(K)突...

由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄，假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發現了5個潛在的轉錄結合區域和2個特異性結合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結合區域的載體轉染SW480和RKO細胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp（區域1）之間的區域內***增高，在其他四個結合區域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數據表明，區域1可能在調節CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...

為了檢測該多肽產物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。Western Blot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細胞系GES-1。在內源性circMAPK1水平較低且幾乎沒有MAPK1-109aa表達的MKN45細胞中，轉染circ...

二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...

乳腺*是世界上女性發病率比較高的惡性**。2018年全球新診斷乳腺*約210萬例，約占所有女性惡性zhonglui**病例的25%。環狀RNA（circRNA）是近年來在各種物種中***發現的一類新RNA。由于共價環結構，circRNA 對 RNA 核酸外切酶具有抗性，并且比線性 RNA 更穩定。***我們講一篇關于circRNA與乳腺*的文章，題名為：The circACTN4 interacts with FUBP1 to promote tumorigenesis and progression of breast cancer by regulating the expression ...

7）SsD克服了m6A介導的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性 由于FTO抑制使耐藥細胞對酪氨酸激酶抑制劑（TKI）***敏感，我們檢測了SsD對TKI耐藥細胞的療效。我們發現SsD聯合尼洛替尼或PKC412在降低細胞活力方面更有效(圖7A)，這表明SsD***抑制了Kas-1NR和MV4-11PR細胞的增殖。細胞的分子特征也顯示TKIS介導的m6A低甲基化被挽救(圖7B-C)。雖然SsD沒有改變Kas-1NR和MV4-11PR細胞中ALKBH5、METTL3、YTHDF2的蛋白水平(圖7D)，但TKI上調的m6A相關基因MerTK、BCL-2和STAT3的表達受損(圖7E)。與上述結...

tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調控RBM17在PTC細胞中的表達 為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結果發現了一個50KD左右大小的條帶，選擇經質譜測定肽數>3和獨特肽數>3的蛋白，獲得了5個可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗證（圖2B）。RIP實驗也證實tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進一步RIP實驗表明，tiRNA-Gly在RBM17全長序列中***富集，但在UHM截...

胰管腺*(PDAC)有明顯的肝轉移傾向。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。2021年4月發表于Gut（IF=19.819）的文章“Exosome-delivered CD44v6/C1QBP complex drives pancreatic cancer liver metastasis by promoting fibrotic liver microenvironment”對此進行了探究。本研究旨在探討PDAC來源的外泌體(Pex)調控肝臟微環境、促進轉移的潛在機制。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物對于肝纖維化微環境和PDAC肝轉移的形成是必不可少的...

三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調控的轉錄本 對YTHDF1基因敲除MGC-803細胞和對照細胞進行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導致轉錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調的基因在血管生成、細胞遷移、粘附和細胞生長等方面富集;而定位于負調控**進展的基因表達上調(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個結合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個基因，表明它們高度參與了**相關途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結合基因與YTHDF1未結合基因在轉錄水平上沒有***差異(圖3D...

6）NOX4誘導的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質細胞的細胞抗氧化過程而誘導氧化應激 我們研究了NOX4誘導的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質細胞的細胞抗氧化過程來誘導氧化應激。與對照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來研究NOX4是否可以影響人類星形膠質細胞中NRF2信號通路，這是細胞抗氧化反應的關鍵調控因子。與對照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細胞質中的核易位(圖6D)。...

TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測...

circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關為探討circACTN4的表達及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達，數據顯示線性ACTN4在BC組織中高表達。Pearson相關分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達呈正相關。結果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達協同促進了乳腺*的進展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.719，診斷特...

Pex誘導肝纖維化微環境，促進PDAC肝轉移從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉移中的作用，我們首先進行了“教育”程序，并進一步通過脾內注射建立了PDAC肝轉移模型(圖1D)。在“教育”過程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F)。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉...

H460和H1299細胞是表皮生長因子受體(EGFR)野生型細胞，我們進一步確定了在EGFR突變的H1650細胞中，USP35對細胞生長、鐵死亡誘導和**生長的作用。如圖5A-C所示，USP35沉默***減少了H1650細胞生長、集落形成和**進展。因此，在USP 35缺陷型H1650細胞中，ROS生成、MDA生成、細胞內LIP和Fe2+增加，而GSH水平和GPX4活性降低(圖5D-F)。相反，USP35過表達***阻止了erastin/RSL3誘導的體內外對H1650細胞生長、集落形成和**進展的抑制(圖5G-J)。在H1650細胞中過表達USP35也降低了ROS生成、MDA產生和鐵負荷的增...

4）LINC00926通過增強STUB1介導的泛素-蛋白酶體途徑調節PGK1蛋白的穩定性 亞細胞定位結果顯示，LINC00926主要定位于細胞質，FISH實驗進一步證實了這一點(圖4A和4B)。結合LINC00926沒有改變PGK1mRNA水平的事實，我們推測LINC00926在轉錄后水平下調了PGK1的表達。事實上，蛋白酶體抑制劑MG132的加入阻斷了LINC00926過表達介導的PGK1降解，這表明泛素-蛋白酶體途徑參與了LINC00926對PGK1蛋白穩定性的調節(圖4C)。LINC00926過表達增加PGK1泛素化(圖4D)。下調LINC00926基因后，PGK1蛋白水平升高...

MT2受體可能參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用 為了闡明褪黑素的保護TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達模式。從12小時到14天觀察到皮質MT1和MT2表達顯著降低。此外，褪黑素可在24小時顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用，當用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預處理小鼠時，我們發現用Luzindole和4P-PDOT進行的預處理均消除了TBI后24小時褪黑素對MT1和Cox2表達的影響。...

N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質相互作用來調節基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據表明m6A修飾與**增殖、分化、**發生、侵襲和轉移相關，并在**發展中發揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質編碼基因調控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉移等生物過程。***我們來講一篇關于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulat...

TCGA泛*中的m6A概況 為了表征m6A模式和篩選潛在靶點，在TCGA中的9804個泛*樣本中開發了一個四步計算框架。經過質量控制后，共有23個m6A調節因子、56個m6A交互蛋白編碼基因、10個lncRNAs和17個miRNAs被納入本研究。106個基因有密切的共表達關系（Pearsonr>0.3）。在共表達調控網絡中，大多數m6A調節因子和一些蛋白質編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。在不同**類型*旁組織的差異表達比較中，許多基因在**組織中的表達水平較高，而一些蛋白質編碼基因則表現出相反的關系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXL、ID2和SOCS2；miR-143...