由于腸道微生物群在多囊卵巢綜合征的起始和發展中起著重要作用，作者還研究DHEA和tempol是否影響腸道的氧化還原狀態。腸道MDA、3-NT和AGEs水平在PCOS大鼠中***高于對照組和氧化生物標記的增加被tempol處理消除(圖3K-M)。此外，tempol***增加PCOS大鼠的腸道SOD1和SOD2表達(圖3N)。因此，這些結果表明tempol能夠降低PCOS大鼠的腸道氧化應激。 4.Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調 隨后，通過rarefaction和Shannon曲線(Fig.4A-B)，以及4個α-多樣性指數(ACE)、Shannon、Simpson和Ch...

二、染色質的可及性明確了細胞的類型 我們使用R包Signac來研究不同細胞類型間染色質可及性的差異。細胞類型可以根據差異開放區域（DARs）是開放的還是封閉的來區分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細胞類型中的差異表達基因密切相關(補充表4)。例如，LRP2是一個表達在近端小管的譜系特異性基因，該區域的覆蓋圖顯示其啟動子和基因體內ATAC峰的數量和幅度增加(圖2a)。事實上，大部分DAR都位于距離**近的轉錄起始位點3kb內的啟動子區域(圖2b，補充圖7)。第二個**常見的位置是內含子，DAR在不同細胞類型中的分布相對保守(圖2c)。 課題CRO...

2021年，來自加拿大多倫多大學和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學等團隊合作在Naturecommunication雜志上發表了文章“BiologicalandtherapeuticimplicationsofauniquesubtypeofNPM1mutatedAML.”。此報道描述了npm1突變AML患者的分子異質性。基于rna-seq的基因表達譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型。基于基因表達、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態和患者生存聯系起來。此外，表明了在缺乏FLT3-ITD的原始...

8）SOCS6通過泛素化和降解p65抑制NF-κB信號通路 鑒于miR-155通過增強細胞質和細胞核中p65的表達負調控SOCS6的表達，并***NF-κB信號通路，我們下一步研究SOCS6與p65之間潛在的相互作用。首先，我們在bEnd.3細胞中過表達或下調SOCS6。發現p65表達與SOCS6水平呈負相關(圖8A)。DiscoveryStudio?分析的3D對接也表明SOCS6可能與p65相互作用(圖8B)。此外，熒光共定位實驗表明，SOCS6與p65在細胞質***定位(圖8C和D)，Co-IP實驗進一步揭示了SOCS6與p65的相互作用(圖8E)。值得注意的是蛋白酶體MG132...

其次，采用UPGMA、PCoA和NMDS評估不同群體的腸道菌群β-多樣性。UPGMA聚類方法將對照組和PCOS大鼠樣本分為兩組，表明PCOS大鼠和對照組的腸道微生物分布不同。雖然DHEA + tempol組不能完全與DHEA + PBS組分離，但與DHEA + PBS組有所不同，說明給藥tempol影響了PCOS大鼠的腸道微生物分布(圖4G)。PCoA和NMDS分析進一步顯示，三組大鼠腸道總體微生物組成不同(圖4H-I)，而Permanova/ Anosim分析表明，三組間差異***(圖4J)。上述結果表明，DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。高通量測序后續的機制實驗。基礎...

5、血漿外泌體S100A4和OPN水平聯合可以作為HCC患者術后的強力預后因子 在168例接受肝切除術的HCC患者中，進一步研究了血漿外泌體S100A4和OPN水平的臨床意義。結果發現外泌體S100A4水平和OPN的表達***正相關，并且外泌體S100A4低表達組患者的總體生存率和無疾病生存率要***高于外泌體S100A4高表達組（圖6b-d）。隨后，基于外泌體S100A4水平和OPN水平的聯合分析，將患者分為4組，結果發現雙低水平S100A4和OPN組具有比較好的預后，而雙高組則預后**差（圖6e-f）。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。肝...

有趣的是，研究報道S100A4可以增強STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達是相關的，并且STAT3被預測是OPN的潛在轉錄因子。因此，檢測了S100A4敲除和過表達后OPN表達，STAT3表達和STAT3磷酸化，結果顯示OPN表達和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢一致；并且敲除STAT3后HCC細胞系中OPN表達和STAT3磷酸化被***抑制（圖5a-c）。這些結果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達。 為了進一步探究S100A4過表達外泌體對STAT3磷酸化和OPN表達的影響，使用該外泌體預處理HCC細胞，結果顯示它可以***促進...

為了確定METTL3誘導的APC表達下調在小鼠**生長中的作用，將KYSE180細胞皮下注射到裸鼠體內。發現通過APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復。此外，IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達，相應地減少了**組織中β-連環蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達。這些結果表明METTL3抑制APC的表達可以促進**的發展。 APC表達下調與食管鱗*標本METTL3上調及食管鱗*患者預后不良相關 為了確定METTL3抑制APC表達的臨床相關性，分析TCGA數據， APC mRNA表達與ESCC中METTL3 mR...

為理解TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的機制作用，從4T1-P、TYRO3-OE、4T1-R和TYRO3–/–細胞中提取RNA進行全轉錄組分析。2種耐藥細胞系Tyro3-OE和4T1-R之間的轉錄組學變化高度相似，變化的重疊百分比較高，表明Tyro3在促進**細胞對抗PD-1/PD-L1***耐藥中的作用。來自TCGA數據庫的黑色素瘤患者TYRO3基因的通路分析也顯示TYRO3表達與PD-1/PD-L1**免疫***通路呈正相關，與T細胞介導的抗**反應相關通路（CTL介導的細胞凋亡和死亡受體信號），炎癥反應相關通路（Th1活化、Th2活化、NF-κB信號）呈負相關。HMGB1是一種損...

3、tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調控RBM17在PTC細胞中的表達 為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結果發現了一個50KD左右大小的條帶，選擇經質譜測定肽數>3和獨特肽數>3的蛋白，獲得了5個可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗證（圖2B）。RIP實驗也證實tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進一步RIP實驗表明，tiRNA-Gly在RBM17全長序列中***富集，但在UH...

遷移體（migrasome）是清華大學生命科學院俞立團隊新發現的胞外分泌囊泡，該研究成果已于2015年發表在Cell Research期刊（IF=20.509）[1]。遷移體是在遷移細胞后部回縮纖維的前列或交叉處生長的大囊泡，直徑約為0.5μm到3μm，并且包含許多較小的囊泡（**多300余個，**少不足10個），掃描電子顯微鏡觀察下呈石榴狀結構。細胞遷移后，回縮纖維**終斷裂，遷移體分離。遷移體及其內容物，包括細胞溶質成分和來源不明的囊泡，被釋放到細胞外空間——這一過程稱為遷移。俞立團隊推測遷移體可能在細胞間通訊中發揮重要作用解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。細胞增殖課題協同創作...

研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細胞定位。將MCF10A細胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細胞核和質膜穩定定位(圖6A, B)。經過IR處理后，PTEN-WT在質膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細胞分離和膜相關PTEN的免疫印跡分析進一步證實了這些結果(圖6C, D)。這些結果表明，ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布，這與AKT通路***減少有關提供分子生物以及到后續動物建模的一整套服務。壞死課...