qRT-PCR結果表明，暴露于miR-144模擬物處理的鼻咽*細胞的HUVECs中miR-144上調，而暴露于miR-144inhibitor處理的鼻咽*細胞的HUVECs中miR-144下調(圖3C)。Transwell實驗結果表明，miR-144過表達EVs足以增強HUVECs的遷移和侵襲，而miR-144抑制EVs則表現出相反的趨勢(圖3D和3E)。此外，我們還通過傷口愈合實驗檢測HUVECs的增殖和遷移能力(圖3F)。結果顯示，與NC模擬EV組相比，miR-144模擬EV組細胞的創面愈合率升高，說明C666-1-和SUNE1細胞來源的EVmiR-144均促進HUVECs的增殖和遷移。與...

4）SsD通過直接抑制FTOm6A去甲基化活性來誘導m6A修飾 為了檢測m6A在RNA上的變化，我們在SsD處理的白血病細胞中進行了m6A點印跡實驗。如圖4A所示，SsD***增加了m6A在轉錄組中的豐度。此外，HPLC-MS/MS定量證實了SsD處理的NB4和Kas-1細胞mRNA中細胞m6A的增加(圖4B)。接下來，我們檢測了FTO的兩個直接靶點MYC和RARA在SsD處理的細胞中的表達。SsD在mRNA和蛋白水平***下調了NB4和Kas-1細胞的MYC，而上調了RARA(圖4C-D)。有趣的是，SsD依賴的MYC和RARA的減少是由于FTO過表達細胞中mRNA和蛋白穩定性的降...

轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表觀遺傳組測序技術。單細胞核測序，能夠獲得組織的細胞圖譜，解決細胞異質性的問題。單細胞或細胞核RNA測序(scRNA-seq或snRNAseq)促進了對定義腎臟細胞特性的基因和途徑的更深入的理解。成熟的人類和小鼠腎臟的多個scRNAseq圖譜已經確定了轉錄如何有助于細胞類型的特異性。**近的方法已經將這種方法擴展到單細胞染色質可及性分析。單核染色質轉置可及性測序試驗(snATACseq)是ATAC-seq的擴展，該試劑盒利用Tn5轉置酶在數千個單個細胞中測量染色質可及性。英拜生物致力于分子生物行業十余年。凋亡 二、腸道微生物群落...

5、確認PDCD4在調節Treg擴增中的作用 隨后探究了PDCD4在調節Treg擴增中的作用。如圖A-C所示，成功構建了PDCD4的過表達和干擾表達細胞系。與對照組相比，PDCD4過表達***降低了Treg細胞的擴增率，而干擾其表達則***提高了Treg細胞的擴增率。表明PDCD4是負調節Treg細胞擴增的關鍵基因。 6、**來源外泌體miR-208b影響體內化療效果和**生長 隨后作者探究了**來源外泌體miR-208b體內對化療效果和**生長的影響。用慢病毒轉染CT26細胞產生miR-208b過表達和miR-208b敲低細胞系。動物實驗設計示意圖如圖7A所示，實驗采用...

Blimp-1在持續刺激下抑制PGC1α 持久抗原對于改變向衰竭分化至關重要，但其代謝后果尚不清楚。由于連續的刺激不產生明顯的代謝抑制，持續的刺激可能***一個轉錄抑制因子，阻止代謝重編程。Blimp-1(由Prdm1編碼)就是這樣一種抑制因子，在B16黑色素瘤中**終耗盡的CD8+ T細胞中高度上調(圖4a)，并在缺氧條件下持續***(圖4b)。體外缺氧條件下持續***的T細胞也抑制PGC1α的表達(圖4c)。 進一步確定Blimp-1是否可以抑制PGC1α，發現強制表達Blimp-1可以抑制293T細胞中Ppargc1a啟動子構建的活性，而不影響其活力(圖4d)。Prdm1f/f...

4.篩選關鍵模塊（hubmodule）并進行富集分析分析發現，棕色模塊與CD8+T細胞***相關（R2=-0.05，P=9e-05），因此選擇棕色模塊為hubmodule進行富集分析。 5.在hubmodule中篩選出關鍵基因（hubgene）并驗證為了研究與樞紐模塊中CD8+T細胞浸潤相關的潛在樞紐基因，構建了蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡[臨界標準：reliability>0.7andconnectivity>15(node/edge)]將hubmodule中的基因識別為中心節點，并通過Cytoscape對其進行可視化;對hubmodule中所有基因進行基于TCGA數據的預...

為了研究 PGE2 是否有助于 M2 活化，來自野生型 (WT) 和Il4ra -/-小鼠的BM 衍生巨噬細胞 (BMDM)在體外與 PGE2 一起經受 IL4/IL13。PGE2 單獨不影響 M2 ***，但**增強了 IL4/IL13 觸發的 M2 ***。更有趣的是，IL4/IL13 促進了巨噬細胞中ptgs2 的表達，在 PGE2 的存在下可以進一步升高。PGE2 通過與稱為 E-前列腺素 (EP) 1-4 受體的 4 種不同 G 偶聯受體結合而發揮作用。不同受體的亞型決定了不同細胞類型的特定生理反應。通過使用特定的 EP 抑制劑，我們確定 PGE2 促進 M2 極化主要由 EP2 受...

Fth-KO小鼠易患TBI引起的鐵死亡為了進一步研究神經元Fth在TBI誘導的鐵死亡中的作用，首先研究了神經元Fth在TBI誘導的皮質鐵超負荷中的作用。與對照小鼠相比，Fth-KO小鼠在TBI后受損皮層和血清中出現了更嚴重的鐵過載。Fth-KO小鼠的皮質非血紅素鐵水平更高，并且Fth-KO小鼠Tfr1表達沒有明顯變化，而Fpn表達卻明顯降低。然后，在Fth-KO小鼠皮質的SLC7A11mRNA***增加和PTGS2mRNA無***變化。WB分析顯示XCT的***增加。th-KO小鼠在第1天之后TBI在降低皮質GSH水平F，相對于對照小鼠。發現TBI后3天，Fth-KO小鼠的皮質MD...

再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態轉錄組譜 為了進一步了解 AP 恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于 RNA-seq 分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網絡工具 DAVID Gene Ontology (GO) 進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1 特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和 CCR2 依賴性趨化性。簇 25 和 27 包含在 ADM 階段（第 3 天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與...

隨后，通過進行spearman分析，研究了所有三組循環代謝產物豐度與腸道微生物群之間的聯系，以測試33個屬與52個代謝產物之間的關聯，其中有11個代謝物與各屬均無***相關(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個屬***相關。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(圖7B-C)。當tempol干預改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。高通量測序后續的機制實驗。焦亡活化課題分子生物學 自...

背景：RIT1突變已被確定為肺腺*的致*因素和努南綜合征的病因因素。RIT1有一組獨特的效應蛋白，但與其他Ras GTPases共享MAPK通路的***。然而，由于缺乏確定的同源GTPase***蛋白或交換因子，RIT1 GTPase周期的調控仍不清楚。盡管如此，RIT1的豐度和活性是通過蛋白酶體降解在蛋白水平上調控的，這種機制是由適配器蛋白LZTR1和E3泛素連接酶Cullin 3 (CRL3LZTR1)介導的。RIT1在Noonan綜合征中的作用很可能是通過MAPK通路的過度***介導的，MAPK通路是該疾病的一種癥狀體征，但它在正常細胞和惡性**中的作用尚不清楚.我們比較了Pex和Npe...

在Jurkat和小鼠T細胞中檢測到多個肽上特異性磷酸化位點的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細胞蛋白組學中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導的記憶形成是由RB介導。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達上調(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉錄對CDK4/6i的響應，包括SELL，其被CDK4/6i誘導的轉錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級小鼠CD8+T細...

5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質細胞線粒體呼吸和ATP的產生來促進線粒體代謝的損傷，從而促進氧化應激 我們研究了AD期間NOX4升高誘導受損星形膠質細胞氧化應激的潛在分子機制。與對照組相比，NOX4過表達***抑制了OCR的基礎水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調對人類星形膠質細胞線粒體呼吸途徑調控的分子靶點。我們分析了包括NADH在內的5種線粒體ETC蛋白復合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對照組相比，NOX4過表達***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復合物的蛋白水平并***減少ATP的產生(圖5D)。免疫...

5）SsD可***抑制AML在體內的進展 為了研究SsD在體內對白血病的***效果，我們建立了C1498和FLT3+白血病小鼠模型(圖5A)。對照組小鼠的白細胞生長較快。0.1mg/kg或0.5mg/kg劑量的SsD***抑制WBC生長(圖5B)。與對WBC的抑制作用一致，SsD也有效地損害了骨髓(BM)克隆原性潛能(圖5C和5D)。此外，與對照組相比，接受SsD***組的小鼠的脾臟更輕，表明SsD處理***逆轉了脾腫大，抑制了脾臟轉移性**細胞(圖5C和5E)。與病理表型一致，SsD處理小鼠的生存時間也明顯延長(圖5F)。機制上，SsD在體內的抗白血病作用是通過其m6ARNA甲基化...

褪黑素可挽救TBI后皮層的鐵蓄積和神經元損傷 為了進一步研究褪黑素在TBI后鐵蓄積和神經元損傷中的假定作用，在TBI后第3天，在受傷的皮層中觀察到了Fe2+，Fe3+，總鐵含量顯著增加。而褪黑素或Lip-1抑制TBI誘導的血清和同側皮層中鐵含量的上調的。Perls的藍色染色表明，TBI后第7天鐵陽性細胞的數量顯著增加，褪黑素或Lip-1***組的鐵陽性細胞少于對照組。鑒于TBI誘導的鐵超載伴隨著Fth表達的上調，使用免疫熒光染色觀察了TBI后神經元中Fth的表達。發現與假手術組相比，模型組中Fth陽性神經元的***增加，而褪黑素和Lip-1處理顯著降低了Fth陽性神經元。與假手術組相...

接下來，測定了分泌的miR-208b對體內Treg和存活的影響，如圖8A-B所示，CD4+- CD25+ Foxp3+ Treg在外周血和脾臟分離的總CD4+ T細胞群中的比例在miR-208b-OE組和miR-208b-OE + OXA組***升高，而在miR-208b-KD和miR-208b-KD + OXA***下降。與此一致，miR-208b低表達組的生存率也***高于高表達組（圖8C）。綜上所述，這些結果表明，**分泌的miR208b增加了Treg的百分比，促進了**在體內的生長。此外，奧沙利鉑在體內可以通過miR-208b調控Tregs的數量，這與奧沙利鉑成分的化學敏感性有關。英拜...

3.Tempol可改善PCOS大鼠全身和腸道的氧化應激 DHEA+PBS組大鼠血清MDA水平明顯高于油+PBS組，血清T-AOC水平明顯低于oil+PBS組。給藥Tempol可***降低PCOS大鼠血清MDA水平，提高血清T-AOC水平(圖3A-B)。研究發現，DHEA聯合或不聯合tempol對血清3’-NT和AGEs水平均無影響(圖3C-D)。作者測定卵巢中氧化應激生物標志物的水平，PCOS大鼠卵巢MDA、3-NT、AGEs水平高于對照組，但差異無統計學意義(圖3E-G)，PCOS大鼠卵巢T-AOC水平未見明顯下降(圖3H)；然而，這些大鼠的SOD活性降低(圖3I)。WB分析顯示，...

五、YTHDF1以m6a依賴的方式調控FZD7的表達 在GC-803和胃*細胞株基礎上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關聯(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調在YTHDF1- mu...

6、tiRNA-Gly通過RBM17調節增殖或遷移相關基因的選擇性剪接 由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結合時是否調節下游基因的選擇性剪接將是一項有趣的研究。對過表達tiRNA-Gly后的K1細胞系進行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內含子保留剪接（IR）占8.51%。...

由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄，假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發現了5個潛在的轉錄結合區域和2個特異性結合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結合區域的載體轉染SW480和RKO細胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp（區域1）之間的區域內***增高，在其他四個結合區域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數據表明，區域1可能在調節CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...

四、INPP4B促進pi3kα依賴的晚期核內體形成 五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配 對MCF-7細胞內溶酶體室的檢查顯示，GFP-INPP4B不影響eea1陽性的早期內溶體，但***增加了cd63陽性的晚期內溶體(2.5倍)和lamp1陽性的溶酶體(1.7倍)(圖4a,b)。 提示INPP4B促進晚期內吞體/溶酶體的形成。使用bsa-gold標記MCF-7細胞內溶酶體室，在電鏡下進行超微結構分析。GFP-INPP4B增加了類似晚期核內體的bsa陽性空泡結構的數量(圖4c)。利用染料淬滅的BSA(BSA-dq)檢測了運往溶酶體的貨物運輸，...

8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環路在CRLM期間介導M2巨噬細胞和CRC細胞之間的相互作用 如Fig.8a所示，WB顯示，與對照組相比，SW480和RKO細胞中，CXCL13促進p65磷酸化，NFκB、MMP2和MMP9的表達上調而IκBα的表達下調。CXCR5表達下調可部分減弱CXCL13的增強作用。此外，PMA處理的THP-1細胞用miR-934mimics預處理，然后與SW480細胞或RKO細胞與anti-CXCL13抗體共培養，或與shCXCR5共培養。我們發現CRC細胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934...

我們接下來試圖識別circPDE4B上游調節器。我們首先對circPDE4B側翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發現兩個與RNA剪接相關的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結果顯示，FUS敲除后，HCs中circPDE4B表達下調，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(圖1I)，而過表達FUS則上調了circPDE4B的表達(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點結合，而其他遠端位點則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的...

肝細胞*(HCC)是全球第四大致命惡性**類型。然而，參與HCC進展的確切分子機制尚不清楚。本研究發現缺氧誘導的CFL1通過***PLD1/AKT通路增加HCC的增殖、遷移、侵襲和EMT。本文于2021年3月發表在《Clinical and Translational Medicine》IF：7.919期刊上。 1、CFL1在HCC中高表達門靜脈瘤血栓(PVTT)是HCC預后不良的重要危險因素。取3對HCC和配對的PVTT組織進行iRTAQ檢測，挖掘到946個差異表達蛋白。圖1A列舉了*****上調的10個蛋白，其中CFL1在HCC中***高表達。WB和免疫組化表明CFL1在*旁組織...

5.Caspase-11缺乏抑制小鼠肝細胞焦亡 我們評估了Caspase-11缺乏對MCD處理后小鼠焦亡活化的影響。我們檢測了Gsdmd和IL-1β的***，這是焦亡的兩個關鍵因素。我們在未處理的野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟中檢測到類似的Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)和pro-IL-1β(圖5A和D)蛋白水平。此外，我們在野生型和Caspase-11缺陷小鼠的肝臟中均未檢測到成熟的IL-1β蛋白(圖5A和E)。MCD處理誘導了野生型小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-...

公共比較毒理基因組學數據庫是一個創新的數字生態系統，它將化學品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學信息聯系起來，以促進對人類健康的了解。整合了基于文獻、人工策劃的交互，以創建一個知識庫，協調跨物種異質數據的化學暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中，報告CTD的含量增加了20%，現在提供了4500萬個毒性基因組關系，涉及600個比較物種的16300多種化學品、51300個基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外，通過CTD疾病頁面上的新數據選項卡（幫助填補環境健康方面的知識空白）和新的表型搜索參數（用于批量查詢和維恩分析工具），增加了化學表型內容的功能。此外，還介紹了...

在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對神經的保護作用被**取消 為了進一步探索神經元Fth的喪失是否影響褪黑素對TBI誘導的鐵死亡的影響，測量了鐵死亡的幾種假定的生物標志物。發現***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平沒有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達水平沒有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質（xCT，Cox2、...

采用半定量方法對γH2AX免疫反應性進行評分(表1)。Pten+/+;MMTVneu**一般很少表達γH2AX(圖1B)。所有Pten398A/398A;MMTVneu樣本均為γH2AX強陽性，表明更高水平的基因組不穩定性(圖1B, C)。我們通過對**樣本的western blot分析證實了這些結果，結果顯示Pten398A/398A;MMTVneu**比Pten+/+;MMTVneu**表達更高水平的γH2AX(圖1D, E)。通過對Ki-67進行免疫組化來評估**的增殖指數，Ki-67是常規病理中***使用的標志物。兩種基因型Pten+/+**的Ki67免疫反應性無***差異;MMTVn...

2）UCP1在AKI中***下調，且與腎損傷嚴重程度呈高度負相關 UCPs超家族與能量代謝密切相關，并在多種疾病中介導脂質消耗。基于UCPs的功能，我們通過westernblot和免疫組化方法對正常C57小鼠腎組織中UCP1、UCP2和UCP3的表達進行了表征。結果顯示，UCP1和UCP2表達較好，而UCP3幾乎未檢測到(圖2A-B)。在UCPs中，UCP1被認為是脂質降解**關鍵的基因，而UCP2與之沒有直接關系。因此，我們選擇UCP1進行進一步分析，證實其在皮質小管中高表達，在髓質中部分表達，C57小鼠、Sprague-Dawley大鼠、Wistar大鼠腎小球、**幾乎無表達(圖...

circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關 為探討circACTN4的表達及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達，數據顯示線性ACTN4在BC組織中高表達。Pearson相關分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達呈正相關。結果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達協同促進了乳腺*的進展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.7...