8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環路在CRLM期間介導M2巨噬細胞和CRC細胞之間的相互作用
如Fig.8a所示，WB顯示，與對照組相比，SW480和RKO細胞中，CXCL13促進p65磷酸化，NFκB、MMP2和MMP9的表達上調而IκBα的表達下調。CXCR5表達下調可部分減弱CXCL13的增強作用。此外，PMA處理的THP-1細胞用miR-934mimics預處理，然后與SW480細胞或RKO細胞與anti-CXCL13抗體共培養，或與shCXCR5共培養。我們發現CRC細胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934過表達誘導的NFκB信號通路的活化（Fig.8b）。值得注意的是，helenalin抑制NFκB/p65信號后，SW480和RKO細胞中miR-934、MMP2和MMP9的表達***低于對照組（Fig.8c），這表明miR-934也可能通過正反饋回路被NFκB/p65信號正調控。 TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。microRNA課題第三方實驗室
盡管轉錄組學技術在過去幾十年中發展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對混合數據的綜合分析仍然具有挑戰性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來糾正兩種技術之間的非生物效應，從而能夠自由混合數據以進行整合分析。網站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉錄組數據。該網頁**終會給出調整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結果圖第一步：上傳表達文件表達文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達矩陣轉錄組數據表達量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數據使用基因表達強度；如果下載GEO數據，需要對探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達文件。第二步：上傳分組文件分組文件***列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 實驗設計課題協同創作soRNA測序的 整套服務。
二、RIT1與MAD2和p31conmet的相互作用由CDK1磷酸化調控
在間期，RIT1 s c端尾部介導質膜(PM)結合然而，在分析有絲分裂細胞時，我們觀察到RIT1在細胞進入有絲分裂和進入中期并在后期快速易位到PM時的彌漫性胞質分布(圖2A和2B)。同樣，在有絲分裂細胞裂解物中檢測到內源性RIT1的主要胞質分布(圖2C)。(S209D/E)磷酸化，而非(S209A)缺磷，突變破壞了RIT1-MAD2/p31conmet結合(圖2D)。RIT1磷酸化在有絲分裂過程中**為豐富(圖2E)。抑制CDK1***降低了重組RIT1的磷酸化(圖2F)。免疫印跡檢測和質譜證實CDK1/CyclinB1磷酸化RIT1 S209，(圖2G和2H)。
4）CircMAPK1編碼109個氨基酸的新蛋白MAPK1-109aa
根據在線數據庫circRNADb的預測結果，circMAPK1序列中包含一個開放閱讀框，起始密碼子為ATG，IRES位于274-327nt。這一觀察結果表明circMAPK1具有編碼109aa蛋白的潛能，本研究將其命名為MAPK1-109aa(圖4a)。為了驗證預測的IRES在circMAPK1中的活性，我們進行了雙熒光素酶檢測，結果顯示野生型IRES報告基因的熒光素酶活性明顯高于突變型IRES報告基因的熒光素酶活性(圖4b)。為了進一步證實MAPK1-109aa的存在，我們將circMAPK1IRES突變質粒和circMAPK1過表達質粒轉入HEK293T細胞。銀染色結果顯示，在分子量為13kDa時存在明顯的蛋白帶，與MAPK-109aa的預測大小一致。MS檢測到AMEIMLNSKLCL序列，與MAPK1-109aa含有特定C端序列LCL的氨基酸序列一致(圖4c)。為了檢測該多肽產物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。WesternBlot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。 提供生物醫學領域內的課題思路設計。
女性生殖系統的疾病即為婦科疾病，包括外陰疾病、陰道疾病、子宮疾病、輸卵管疾病、卵巢疾病等。婦科疾病是女性常見病、多發病。但由于許多人對婦科疾病缺乏應有的認識，缺乏對身體的保健，加之各種不良生活習慣等，使生理健康每況愈下，導致一些女性疾病纏身，且久治不愈，給正常的生活、工作帶來極大的不便。英拜生物推出的婦科疾病風險評估檢測通過風險評估模型來評估個體疾病的發病風險，其意義在于趨利避害，用于進行個性化健康管理：個性化保健、個性化用藥、個性化預防、個性化體檢及采取個性化的行為生活方式等，**終達到遠離婦科疾病的目的。英拜生物提供婦科疾病風險評估8項檢測：妊娠糖尿病、子宮內膜異位、多囊卵巢綜合征等。技術原理：基因芯片(genechip)是目前生物芯片家族中**完善、應用*****的芯片，將許多特定的寡聚核苷酸或DN**段(稱為探針)固定在芯片的每個預先設置的區域內，將待測樣本標記后同芯片進行雜交，利用堿基互補配對原理進行雜交，通過檢測雜交信號并進行計算機分析，從而檢測對應片段是否存在、存在量的多少，以用于疾病的臨床診斷和檢測等眾多方面。運用縮微技術，基因芯片能夠同時分析成千上萬個生物樣本。TIMEOR用于推斷基因調控事件之間的關系。北京課題設計實驗
公共比較毒理基因組學數據庫。microRNA課題第三方實驗室
由于HoxBlinc通過招募SETD1A和MLL1復合物，并在HoxB前位點組織活躍的染色質結構域，促進HoxB前基因的表達，NPM1c+或HoxBlincTg引起的HoxBlinc上調可以通過增強子/啟動子染色質可及性來***其在HSPC中的靶基因。為了驗證這一點，使用WT、NPM1c/+和HoxBlincTg小鼠的LSK細胞進行了轉座酶可及染色質分析高通量測序 (ATAC-seq)。巧合的是，NPM1c/+和HoxBlincTg LSK細胞有相當一部分基因表現出啟動子可及性的增加(28.9%)或減少(24.3%)（圖4e）。此外，NPM1c+或HoxBlincTg使啟動子可及性增加的基因中有相當一部分也上調，這些基因包括NPM1c特征基因HoxB2-5、HoxA9-10、Meis1和Runx1，以及其他靶基因如Stat1和Cdr2（圖4f-g）。這些結果表明HoxBlinc lncRNA的過表達通過增強HSPC中增強子/啟動子染色質的可及性特異性***NPM1c+標記基因。microRNA課題第三方實驗室
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗