長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發揮多種功能,包括調節基因轉錄和RNA剪接、調節RNA和蛋白質的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發育,尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發展已經鑒定了數十萬種人類lncRNA,但其中只有一小部分得到了很好的表征。
***我們來講一個關于lncRNA的數據——LncExpDB(./lncexpdb),該數據庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建,數據庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhumanlongnon-codingRNAs”為題在線發表于NucleicAcidsResearch雜志(IF=)。 研究腸道微生物組和宿主循環代謝產物之間的關系。常規標書
circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關為探討circACTN4的表達及其臨床意義,qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達,數據顯示線性ACTN4在BC組織中高表達。Pearson相關分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達呈正相關。結果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達協同促進了乳腺*的進展。RO曲線分析,circACTN4的AUC(曲線下面積)為0.719,診斷特異性和敏感性分別為70%和70。circACTN4 在 BC 細胞中的表達顯著高于正常乳腺上皮細胞 MCF-10A。接下來,評估circACTN4的表達與臨床病理特征的關聯。炎癥標書服務價格評估了丙酸丁酸和異丁酸的含量是否與運動恢復或腸道完整性相關。
數據組織和訪問
LncExpDB 的中心實體是 lncRNA 基因,每個 lncRNA 基因都有一個對應的頁面,由兩個主要部分組成,即基本信息(例如基因符號、基因組上下文、長度、外顯子數、分類和對應的轉錄本信息)和表達譜。對于每個 lncRNA,LncExpDB 在所有收集的條件下分析其基因表達譜,并以交互方式可視化其表達譜。它以結構化的方式組織所有相關數據,以促進基于基因、數據集和基于上下文的數據瀏覽/搜索。它可以在一頁中可視化特定 lncRNA 的各種表達譜,促進對特征基因及其相關共表達網絡的探索,并提供有用的功能來捕獲不同生物條件下的表達情況。
我們進一步發現,MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)。總之,我們的結果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導的小鼠肝臟脂肪變性。
3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化
通過測量纖維化相關因子的表達我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導的肝纖維化的影響。在正常條件下,野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和Col1a1的表達***上調。相比之下,MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠TGF-β、α-Sma和Col1a1的mRNA水平***降低。這些結果表明,Caspase-11缺乏可減少MCD處理小鼠的肝纖維化。 FMT處理促進神經元存活和突觸重建。
放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明,circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后,生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此,構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體,結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒,通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明,上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達,而下調的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結果表明ACTN4是轉錄因子USF2的靶基因。單細胞核測序能夠獲得組織的細胞圖譜.cancer標書中標率高
探討SCI腸道微生物失調與神經炎癥之間的分子相互作用。常規標書
為了評估這些CAR-T細胞的功能性記憶能力,在CAR-T細胞轉移后30天用LeY + 卵巢*細胞系OVCAR-3(Fig. 5D)處理小鼠,觀察到與未處理的CAR組相比,預處理的CAR-T細胞在小鼠血液中的擴增***增加(Fig. 5G)。意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig. 5H-I)。值得注意的是,第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+ T細胞的數量呈***負相關(Fig. 5J),表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上,**接種后40天,接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+ CAR-T細胞的數量***增加(Fig. 5K)。接下來通過將未處理或預處理的抗LeY CAR-T細胞轉移到OVCAR-3荷瘤小鼠體內,檢測了CDK4/6i預處理對CAR-T細胞急性療效的影響。用CDK4/6i預處理CAR-T細胞可***增強其抗**活性(Fig.5L-M)。與此一致,轉移后數周發現接受預處理細胞的小鼠血液中CD4 + 和CD8 + 細胞以及**中CD8 + 細胞數量***增高(Fig.5N-O)。總之,這些數據證明CDK4/6i體外***是增強CAR-T細胞表型和長期療效的穩健策略。常規標書
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗