在Jurkat和小鼠T細(xì)胞中檢測到多個(gè)肽上特異性磷酸化位點(diǎn)的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標(biāo)RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細(xì)胞蛋白組學(xué)中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導(dǎo)的記憶形成是由RB介導(dǎo)。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達(dá)上調(diào)(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉(zhuǎn)錄對(duì)CDK4/6i的響應(yīng)，包括SELL，其被CDK4/6i誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級(jí)小鼠CD8+T細(xì)胞的Tcm形成(Fig. 3J)。根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。鐵死亡課題檢測服務(wù)
與基因表達(dá)改變一致，白樺素處理以濃度依賴性的方式***減少了膽固醇和脂肪酸的從頭合成（圖3D-E）。此外，白樺素降低了細(xì)胞膽固醇（圖3F）和中性脂質(zhì)（主要是膽固醇酯和甘油三酸酯）的穩(wěn)態(tài)水平（圖3G）。兩者合計(jì)，我們的數(shù)據(jù)表明白樺素抑制SREBP加工并下調(diào)膽固醇和脂肪酸的生物合成，從而降低細(xì)胞脂質(zhì)水平。有趣的是，洛伐他汀顯著降低了膽固醇的合成（圖3D），但也適度地增加了脂肪酸的生物合成（圖3E），這可能是因?yàn)槁宸ニ∈荋MGCR的抑制劑，它可以阻斷膽固醇的合成，進(jìn)而刺激SREBP的活化，從而增加脂肪酸合成。外泌體課題整體服務(wù)深耕科研行業(yè)提高科研的高效。
利用高通量RNA-seq和m6A-seq鑒定WTAP靶基因
為了進(jìn)一步驗(yàn)證WTAP介導(dǎo)的m6A甲基化對(duì)DLBCL細(xì)胞的影響，對(duì)對(duì)照組和WTAP缺失的SU-DHL-8細(xì)胞進(jìn)行m6A測序(m6A-seq)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，一致motifDRACH在免疫純化的RNA中富集(圖5A)，m6A位點(diǎn)主要存在于外顯子和3’-UTR中，且m6A位點(diǎn)在終止密碼子附近富集程度比較高(圖5B)，并通過篩選差異表達(dá)基因中出現(xiàn)的m6A低甲基化峰，鑒定出136個(gè)基因(圖5C)。HK2基因有助于**高糖酵解率，同時(shí)DLBCL在缺氧脅迫下促進(jìn)生長需要HK2。GSEA分析表明，WTAP的潛在靶基因與缺氧信號(hào)***相關(guān)(圖5D)，提示HK2是DLBCL中WTAP的關(guān)鍵靶基因。m6A-seq數(shù)據(jù)顯示，WTAP靶向HK2轉(zhuǎn)錄本的5’-UTR,WTAP的敲除導(dǎo)致5’-UTR的m6A水平***下降(圖5E)。***作者為了驗(yàn)證HK2是否是WTAP靶基因，通過構(gòu)建熒光素酶報(bào)告載體和CRISPR/CAS9敲除實(shí)驗(yàn)，證明了HK2是WTAP在DLBCL中的直接下游靶點(diǎn)(圖5F,5G,5H,5I,5J)。
1、白樺素作為SREBP加工特異性抑制劑的鑒定
構(gòu)建了一個(gè)由含SRE啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)的熒光素酶報(bào)告基因，并從人肝*細(xì)胞系Huh-7中生成了穩(wěn)定表達(dá)該報(bào)告基因的細(xì)胞系(命名為Huh-7/SRE-Luc)。然后將該細(xì)胞與不同化合物孵育，并進(jìn)行熒光素酶活性測定。有趣的是，只有白樺素[lup-20(29)-ene-3b,28-diol]有效降低了熒光素酶的活性。白樺素是一種天然存在的五環(huán)三萜，可以很容易地從樺樹皮中提取出來(比較高可達(dá)干重的30%)。
作者直接檢測了白樺素對(duì)SREBP加工的影響和特異性，并與25-HC進(jìn)行比較。25-HC有三個(gè)主要作用：通過抑制SREBP-2的切割降低n-SREBP-2(圖1A)；***LXR，進(jìn)而上調(diào)SREBP-1的轉(zhuǎn)錄，導(dǎo)致n-SREBP-1的增加(圖1A)；促進(jìn)HMG-CoA還原酶(HMGCR)的降解，HMGCR是膽固醇生物合成中的限速酶(圖1B)。另一方面，白樺素有效降低了內(nèi)源性的n-SREBP-1和n-SREBP-2(圖1A)，表明白樺素在不***LXR的情況下抑制了SREBP的加工。 可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。
ESCRT-III復(fù)合物在ferroptosis期間被***，并拮抗細(xì)胞死亡在
壞死和焦亡過程中，依賴于ESCRT-III復(fù)合物作用的膜修復(fù)可以延緩細(xì)胞死亡。作者使用CHMP4B斑點(diǎn)形成作為代替ESCRT-III***。**初，CHMP4B主要表現(xiàn)為均勻的胞質(zhì)分布，然而，在RSL3處理后，該蛋白定位于不同的點(diǎn)狀結(jié)構(gòu)，隨著時(shí)間的推移，其數(shù)量和熒光強(qiáng)度都在增加(圖4A,B)。CHMP4B點(diǎn)的形成大致與胞質(zhì)Ca2+濃度的增加相一致(圖4C,E)。當(dāng)細(xì)胞修復(fù)機(jī)制**終被淹沒時(shí)，細(xì)胞內(nèi)Ca2+水平持續(xù)升高、細(xì)胞圓化和ESCRT-III復(fù)合體***后，細(xì)胞膜**終破裂(圖4B,E,F)。PEG(2.7nm)處理也阻斷了CHMP4B斑點(diǎn)的形成(圖4G-J)。這些結(jié)果證明了ESCRT-III復(fù)合物以Ca2+依賴的方式被***來修復(fù)膜損傷。 英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。可參觀實(shí)驗(yàn)課題整體服務(wù)
完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。鐵死亡課題檢測服務(wù)
由于p65轉(zhuǎn)位到細(xì)胞核并促進(jìn)其靶向基因的轉(zhuǎn)錄，假設(shè)NFκB/p65信號(hào)通路的***可通過p65的轉(zhuǎn)錄活性上調(diào)miR-934表達(dá)。在p65和miR-934啟動(dòng)子之間發(fā)現(xiàn)了5個(gè)潛在的轉(zhuǎn)錄結(jié)合區(qū)域和2個(gè)特異性結(jié)合位點(diǎn)（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動(dòng)子中含有p65結(jié)合區(qū)域的載體轉(zhuǎn)染SW480和RKO細(xì)胞；ChIP實(shí)驗(yàn)證明p65對(duì)miR-934的轉(zhuǎn)錄在-2002和-1500 bp（區(qū)域1）之間的區(qū)域內(nèi)***增高，在其他四個(gè)結(jié)合區(qū)域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數(shù)據(jù)表明，區(qū)域1可能在調(diào)節(jié)CRC細(xì)胞中p65介導(dǎo)的miR-934轉(zhuǎn)錄誘導(dǎo)中起關(guān)鍵作用。熒光素酶報(bào)告基因檢測證實(shí)p65對(duì)SW480和RKO細(xì)胞中miR-934啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄影響（Fig. 8f）。作者發(fā)現(xiàn)只有突變結(jié)合位點(diǎn)1可以下調(diào)p65的熒光素酶報(bào)告基因活性，抑制miR-934的轉(zhuǎn)錄表達(dá)，這證明p65可以通過結(jié)合位點(diǎn)1正向直接調(diào)節(jié)miR-934的表達(dá)(Fig. 8f)。此外，作者證明了SW480和RKO細(xì)胞中的突變結(jié)合位點(diǎn)1可以消除CXCL13的促進(jìn)作用和NFκB/p65信號(hào)對(duì)miR-934表達(dá)的抑制作用(Fig. 8g,h)。綜上所述，這些結(jié)果證明CXCL13/CXCR5/NFκB/p65信號(hào)通路促進(jìn)CRC細(xì)胞中miR-934的轉(zhuǎn)錄，形成一個(gè)正反饋回路，參與持續(xù)的M2巨噬細(xì)胞極化和CRC細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移。鐵死亡課題檢測服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)