公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)創(chuàng)新的數(shù)字生態(tài)系統(tǒng)，它將化學(xué)品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學(xué)信息聯(lián)系起來(lái)，以促進(jìn)對(duì)人類健康的了解。整合了基于文獻(xiàn)、人工策劃的交互，以創(chuàng)建一個(gè)知識(shí)庫(kù)，協(xié)調(diào)跨物種異質(zhì)數(shù)據(jù)的化學(xué)暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中，報(bào)告CTD的含量增加了20%，現(xiàn)在提供了4500萬(wàn)個(gè)毒性基因組關(guān)系，涉及600個(gè)比較物種的16300多種化學(xué)品、51300個(gè)基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外，通過CTD疾病頁(yè)面上的新數(shù)據(jù)選項(xiàng)卡（幫助填補(bǔ)環(huán)境健康方面的知識(shí)空白）和新的表型搜索參數(shù)（用于批量查詢和維恩分析工具），增加了化學(xué)表型內(nèi)容的功能。此外，還介紹了新的CTD解剖學(xué)頁(yè)面，允許用戶從解剖學(xué)角度獨(dú)特地探索和分析化學(xué)-表型相互作用。***，用新的基于文獻(xiàn)的化學(xué)同義詞增強(qiáng)了CTD化學(xué)頁(yè)面（以改進(jìn)查詢），并添加了1600個(gè)基于氨基酸的化合物（以增加化學(xué)景觀）。總之，這些更新繼續(xù)增強(qiáng)CTD作為一個(gè)強(qiáng)大的資源，以產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。wb課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
此外，流式細(xì)胞儀分析證實(shí)，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細(xì)胞顯著減少，這與免疫熒光數(shù)據(jù)一致。在總 CD11b +單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞中，成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時(shí)胰腺巨噬細(xì)胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細(xì)胞表達(dá)更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細(xì)胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導(dǎo)致組織損傷。上述結(jié)果表明，ADM期胰腺巨噬細(xì)胞的耗竭（以M2樣表型為主），將觸發(fā)炎性單核細(xì)胞再次流入胰腺，從而在第7天造成組織損傷。RNA課題一站式Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。
C.為了評(píng)估這種差異對(duì)每種方法獲得的數(shù)據(jù)的影響，在TSS和CTCF轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)附近覆蓋了Tn5足跡。在透性細(xì)胞中，TSS的信號(hào)被保留，但是與孤立的核相比，TSS的側(cè)翼位置(被鄰近的核小體占據(jù))的信號(hào)減少了
D.用白細(xì)胞分離純化的pbmc比用Ficoll梯度離心純化的pbmc始終具有更高的FRIP評(píng)分和更少的非細(xì)胞條形碼。
E.F.FACS獲得的完整通透細(xì)胞具有比較高的frp和FRITSS評(píng)分，**少的非細(xì)胞條形碼和比較大的細(xì)胞捕獲效率，線粒體閱讀量*略有增加.
5.腸道微生物群和循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的聯(lián)系
采用非靶向代謝組學(xué)方法測(cè)量三組血清代謝產(chǎn)物，并研究腸道微生物組和宿主循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系。主成分分析(PCA)顯示，三組間主要代謝成分差異***(圖6A)。OP***A的監(jiān)督正交投影評(píng)分圖也顯示出PCOS大鼠與對(duì)照組、DHEA+PBS組與DHEA+tempol組之間的明顯區(qū)別(圖6B)。圖6C列出了三組52種血清代謝物(包括26種脂類及類脂分子)的相對(duì)豐度，說(shuō)明PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對(duì)照組大鼠完全不同，說(shuō)明DHEA***對(duì)血清代謝有深遠(yuǎn)的影響。PCOS大鼠服用Tempol后，血清代謝產(chǎn)物的豐度也發(fā)生了***變化，引起28種血清代謝物豐度的變化在tempol作用下部分減弱(圖6C)。 zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。
三、染色質(zhì)可及性與細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子活性和染色質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)有關(guān)
HNF4A編碼驅(qū)動(dòng)近端小管分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子。chromVAR檢測(cè)到近端小管DAR中HNF4A結(jié)合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質(zhì)可及性增強(qiáng)(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數(shù)據(jù)集中HNF4A轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)(圖3b，基因表達(dá))所支持的。我們通過染色質(zhì)免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗(yàn)證了HNF4A與腎近端小管上皮細(xì)胞(RPTEC，補(bǔ)充圖8a)中選定的靶基因位點(diǎn)(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預(yù)測(cè)的HNF4A結(jié)合位點(diǎn)的結(jié)合。 然而，在RPTEC中可檢測(cè)到HNF4A的表達(dá)水平低于腎皮質(zhì)，這表明HNF4A與該細(xì)胞類型中的這些位點(diǎn)具有強(qiáng)大的相互作用(補(bǔ)充圖8b)。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。rip課題一站式
提供整體課題外包實(shí)驗(yàn)構(gòu)思。wb課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
1）DRD2通過啟動(dòng)子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動(dòng)子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長(zhǎng)的生存期，這也在HER2陽(yáng)性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢(shì)在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動(dòng)子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 wb課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)