五、YTHDF1以m6a依賴的方式調(diào)控FZD7的表達
在GC-803和胃*細胞株基礎(chǔ)上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關(guān)聯(lián)(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關(guān)鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉(zhuǎn)染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉(zhuǎn)染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調(diào)在YTHDF1- mut中被消除，但在YTHDF1-WT和YTHDF1-MUT兩種細胞系中，F(xiàn)ZD7的mRNA水平相當(圖5E)。RIP-qPCR分析顯示，F(xiàn)ZD7 mRNA與突變體YTHDF1的相互作用明顯受損(圖5F)。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。創(chuàng)傷性腦損傷課題實驗檢測服務(wù)
這些基因的體細胞突變狀態(tài)如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53（31.4%）、PTEN（5.7%）、NOTCH1（3.6%）、CTNNB1（3.6%）、XIST（3.4%）和MALAT1（3.4%）。還觀察到在子宮內(nèi)膜體*（UCEC）中有相對較高的突變頻率（7.6%）。
在泛*中構(gòu)建 m6A 亞型和特征
我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數(shù)秩檢驗發(fā)現(xiàn)，在排除死亡比例的**后，27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關(guān)?<?10%。具體來說，我們定義了按中位生存時間（MST）排序的聚類。MST**長的組定義為第1組，MST**短的組定義為第3組，中間組定義為第2組。與第1組相比，第2組和第3組在27種**中有22種的生存率***降低。此外，當臨床結(jié)果為無進展間期（PFI）時，分類在大多數(shù)**類型中仍然***（16/26）或疾病特異性生存率（DSS）（18/26）。在總體人群的KM生存率分析中，m6A亞型在調(diào)整**類型后可***分層患者的生存率。四個體細胞突變在不同m6A亞型中的分布有***性差異，包括TP53、NOTCH1、CTNNB1和PTEN。 WNT課題課題設(shè)計表達PTEN- 398A的細胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點的***有關(guān)。
為了進一步探討m6A修飾在FZD7 mRNA中的作用，我們構(gòu)建了三種FZD7突變體，其中一種突變體為***個m6A峰(FZD7- peak1 Mut)，另一種突變體為第二個m6A峰(FZD7- Peak2 Mut)，以及雙突變體(FZD7- peak1 &2 Mut;圖5)。與野生型相比FZD7 (FZD7-WT)突變在第二m6A峰和雙m6A峰值突變(FZD7-Peak2傻瓜和FZD7-Peak1&2Mut)野生型YTHDF1沒有反應(yīng)過度(7和8)圖5 h,面板,建議第二m6A峰FZD7 YTHDF1的主要網(wǎng)站的監(jiān)管。同樣，m6a結(jié)合能力的喪失完全消除了YTHDF1促進FZD7 mRNA翻譯的作用(圖5H，圖9 12)。這些結(jié)果表明YTHDF1介導(dǎo)的FZD7的翻譯控制依賴于m6A修飾。
circRNAs已經(jīng)成為重要的生物調(diào)節(jié)因子。小編***給大家?guī)?021年5月發(fā)表于影響因子為16.102的Ann Rheum Dis雜志上題為"circPDE4B prevents articular cartilage degeneration and promotes repair by acting as a scaffold for RIC8A and MID1"的文章。在本研究中，作者旨在闡明circPDE4B的作用，據(jù)報道，該circRNAs在骨關(guān)節(jié)炎(OA)組織中下調(diào)。我們體外研究了circPDE4B在人和小鼠軟骨細胞中的作用。通過RNA下拉-質(zhì)譜分析、免疫共沉淀、谷胱甘肽- S-轉(zhuǎn)移酶下拉、RNA免疫共沉淀，驗證了circPDE4B與RIC8A)/ MID1復(fù)合物的相互作用。采用小鼠OA模型證實了circPDE4B在體內(nèi)OA發(fā)病機制中的作用。本研究強調(diào)了circPDE4B-RIC8A軸在OA關(guān)節(jié)中的功能及其對MAPK-p38的調(diào)控，提示這一軸可能是OA的***靶點。提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的課題思路設(shè)計。
同時，CD8T細胞和M0巨噬細胞顯示出**強的競爭作用。對免疫浸潤細胞進行PCA分析，結(jié)果表明，免疫浸潤可以區(qū)分晚期斑塊和早期斑塊。4.GSEA分析將所有表達數(shù)據(jù)分為早期和晚期斑塊組，然后進行GSEA分析。結(jié)果顯示與免疫細胞和免疫相關(guān)功能高度相關(guān)5.差異表達分析使用R軟件limma包分析早起、晚期斑快差異基因（log2(foldchange)>1，adjustedpvalue<.05），pheatmap包進行結(jié)果喲可視化。6.差異基因GO、Pathway富集分析使用ClusterProfiler包對差異進進行GO、Pathway分析。使用ggplot2包進行結(jié)果可視化。提供整體課題外包實驗構(gòu)思。遷移體課題設(shè)計實驗
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1、循環(huán)miR-208b是CRC中FOLFOX化療敏感性的一種很有前途的生物標志物
如圖1所示，作者設(shè)計了一項多期研究，以確定新的血清miRNAs作為預(yù)測和監(jiān)測奧沙利鉑聯(lián)合亞葉酸和5-FU（FOLFOX）化療反應(yīng)的替代標志物。
作者檢測了69個化療敏感和47個化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達，結(jié)果顯示與未響應(yīng)組相比，miR-208b的表達水平在響應(yīng)組***下調(diào)（圖2A-B）。同時檢測了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優(yōu)于血清CEA水平。在化療響應(yīng)組，在化療前miR-208b的表達高于化療后，而在未響應(yīng)組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無進展生存期化療響應(yīng)組***高于未響應(yīng)組，miR-208b低表達組***高于高表達組（圖2D）。這些結(jié)果表明miR-208b可作為預(yù)測CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標志物。 創(chuàng)傷性腦損傷課題實驗檢測服務(wù)
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