6、tiRNA-Gly通過RBM17調(diào)節(jié)增殖或遷移相關(guān)基因的選擇性剪接
由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結(jié)合時(shí)是否調(diào)節(jié)下游基因的選擇性剪接將是一項(xiàng)有趣的研究。對(duì)過表達(dá)tiRNA-Gly后的K1細(xì)胞系進(jìn)行RNA測(cè)序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內(nèi)含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯子跳躍顯然是tiRNA-Gly誘導(dǎo)的**頻繁的選擇性剪接事件。MAP4K4、POSTN、HACE1、DPP9和BRCA1是外顯子跳躍導(dǎo)致表達(dá)變化比較大的基因。tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAK4K4第16外顯子的跳躍，POSTN第21外顯子的跳躍，HACE1第8外顯子的跳躍，DPP9第21外顯子的跳躍和BRCA1第13外顯子的跳躍（圖6B）。如圖6C-D所示，升高的tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAP4K4一個(gè)截?cái)嘈?NM_4834.4)的mRNA水平，降低了一個(gè)長(zhǎng)型(NM_1242560.1)的mRNA水平，而下調(diào)的RBM17則起相反的作用。重要的是，RBM17的敲除阻斷了由tiRNA-Gly誘導(dǎo)的MAP4K4截?cái)嘧凅w(NM_4834.4)的增加，表明tiRNA-Gly誘導(dǎo)的選擇性剪接依賴于RBM17。 我們接下來(lái)研究了Pex對(duì)HSCs生物學(xué)行為的影響。國(guó)自然課題代發(fā)服務(wù)
2021年，美國(guó)華盛頓大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)與醫(yī)學(xué)教育系和華盛頓大學(xué)兒科等團(tuán)隊(duì)合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發(fā)表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報(bào)道開發(fā)了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對(duì)細(xì)胞表面標(biāo)記物和染色質(zhì)可及性進(jìn)行配對(duì)測(cè)量:染色質(zhì)環(huán)境和表位的整合細(xì)胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)擴(kuò)展了這種方法，開發(fā)了一種三峰分析方法，可以同時(shí)測(cè)量數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(scRNA-seq)、表位和染色質(zhì)可及性(scATAC-seq)，并稱之為TEA-seq。這些多模式單細(xì)胞檢測(cè)提供了一個(gè)新的工具箱來(lái)識(shí)別基于表型定義的細(xì)胞類型的類型特異性基因調(diào)控和表達(dá)。課題潤(rùn)色服務(wù)IGF-1信號(hào)在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。
藥物基因組學(xué)（老年保護(hù)化合物）模塊
該老年保護(hù)化合物模塊專注于老年保護(hù)劑，允許用戶查詢與衰老相關(guān)的化合物，根據(jù)衰老表型、靶點(diǎn)、途徑和與年齡相關(guān)的疾病，提供應(yīng)用于模型生物的相關(guān)化合物的匯總數(shù)據(jù)。該模塊目前包含來(lái)自藥物治療分析（體內(nèi)和體外）的數(shù)百種化合物和組學(xué)數(shù)據(jù)集的列表，揭示由特定壽命/延長(zhǎng)健康壽命的藥物引起的基因表達(dá)變化。在該模塊的首頁(yè)，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗(yàn)”提供了老年保護(hù)劑的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)；“專題文章”展示了衰老領(lǐng)域的***研究。重要的是，用戶可以通過藥物名稱、目標(biāo)基因或來(lái)源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關(guān)老年保護(hù)化合物的詳細(xì)信息。該模塊不僅提供了延長(zhǎng)壽命和延長(zhǎng)健康期的化合物列表，還提供了有關(guān)藥物引起的基因調(diào)控和表達(dá)變化的信息。
1）SsD在AML中表現(xiàn)出抗增殖活性
為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們?cè)?0個(gè)人白血病細(xì)胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發(fā)現(xiàn)SsD在大多數(shù)白血病細(xì)胞系中以劑量依賴的方式抑制細(xì)胞活力(圖1A)。為了進(jìn)一步研究SsD對(duì)白血病的抑制作用，我們?cè)?種白血病細(xì)胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細(xì)胞)進(jìn)行了集落實(shí)驗(yàn)。與細(xì)胞活力結(jié)果相似，SsD***抑制了所測(cè)細(xì)胞系的集落數(shù)量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對(duì)細(xì)胞增殖和活力的抑制可能是由于細(xì)胞周期阻滯在G1期和NB4細(xì)胞凋亡增加(圖1F-G)。 TRF測(cè)序課題整體服務(wù)。
研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細(xì)胞定位。將MCF10A細(xì)胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細(xì)胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細(xì)胞核和質(zhì)膜穩(wěn)定定位(圖6A, B)。經(jīng)過IR處理后，PTEN-WT在質(zhì)膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測(cè)到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細(xì)胞分離和膜相關(guān)PTEN的免疫印跡分析進(jìn)一步證實(shí)了這些結(jié)果(圖6C, D)。這些結(jié)果表明，ATM對(duì)PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布，這與AKT通路***減少有關(guān)動(dòng)物建模模型實(shí)驗(yàn)的整體服務(wù)。過表達(dá)課題分子生物學(xué)
也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。國(guó)自然課題代發(fā)服務(wù)
二、改進(jìn)標(biāo)簽轉(zhuǎn)移和差異分析
研究了方法差異對(duì)下游生物學(xué)分析的影響
A.B.去除中性粒細(xì)胞**提高了在細(xì)胞核和細(xì)胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細(xì)胞類型的能力.
C使用這些工具，中性粒細(xì)胞的去除提高了標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分，與核基方法相比，滲透性細(xì)胞產(chǎn)生了更多具有高標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分的細(xì)胞.
D所有方法產(chǎn)生的CD16+單核細(xì)胞均少于流式細(xì)胞術(shù)觀察到的CD16+單核細(xì)胞，這表明無(wú)論是使用核或通透細(xì)胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細(xì)胞可能丟失，或者標(biāo)簽轉(zhuǎn)移方法不利于識(shí)別這種細(xì)胞類型. 國(guó)自然課題代發(fā)服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)