對離體培養的Maoa野生型和KOBMMDs中ROS水平的測定也顯示，在IL-4/IL-13刺激或不刺激下，MaoaKOBMMDs中ROS水平降低，與體內TAM結果一致（圖4d）。向IL-4/IL-13刺激的MaoaWT和KOBMDMs補充H2O2可將其細胞內ROS水平提高到相似水平，并消除它們在免疫抑制標記物和特征基因表達的差異（圖4e-g）。另一方面，補充酪氨酸(MAO-A的底物)可增加ROS水平，并上調免疫抑制基因在MaoaWTBMDMs中的表達，但在MaoaKOBMDMs中不上調（圖4h-j）。綜上所述，這些數據表明MAO-A通過調節巨噬細胞內ROS水平來調節巨噬細胞的免疫抑制極化。將 ...

5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗 由于白樺素可降低血清和組織中的脂質水平，因此接下來研究了白樺素是否可改善體內胰島素抵抗。與進食chow糧的小鼠相比，由WD喂養的小鼠表現出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著改善葡萄糖耐量和胰島素抵抗（圖6A-6D）。此外，WD喂養的小鼠的空腹血糖和胰島素升高通過白樺素的施用而被顯著降低，但洛伐他汀卻沒有（圖6E和6F）。總體而言，這些數據表明，白樺素可改善小鼠的胰島素抵抗。 使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表達的轉錄因子。甘肅課題推薦咨詢 TRIM25是介導IGF2BP泛素化的E3連接酶 為...

MAP4K4是絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員，可以通過磷酸蛋白MEKK1***MAPK通路。構建pCMV-NM_4834.4和pCMV-NM_1242560.1質粒，分別轉染K1細胞，并通過qRT-PCR驗證了其轉染效率（圖6E）。這兩種變異***增強了K1細胞的增殖和遷移。而截斷型(NM_4834.4)比長型(NM_1242560.1)對增殖和遷移的影響更強（圖6F-G）。此外，MEKK1、MKK4、JNK、MEK、ERK的總磷酸化水平未發生改變，而NM_4834.4和NM_1242560.1兩種變體轉染組的磷酸化水平均高于對照組。更重要的是，與NM_1242560.1相比，NM_48...

我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進一步證實，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強了STUB1介導的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數據表明，STUB1在LINC00926調控PGK1泛素化過程中起著關鍵作用。與LINC00926對STUB1介導的PGK1泛素化的影響一致，LINC0...

5、hUC-MSCs調節MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞Sirt1/p53信號通過miR-199a-5p 文獻報道在**和自身免疫疾病中，hUC-MSCs能夠將miRNAs轉移到周圍的細胞。因此，作者考慮miRNAs是否可能參與hUC-MSCs介導的對脾CD4+T細胞中Sirt1的表達調控。使用在線軟件Targetscan識別了10個miRNA，這些miRNA被預測靶向Sirt1。qPCR分析顯示，在這10個miRNAs中，只有miR-199a-5p的表達在MRL/lpr脾CD4+T細胞中***降低(圖5A)。此外，miR-199a-5p是hUC-MSCs處理后***表達增加的mi...

2021年6月，在Oncogene雜志上發表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報道通過運用了一種強大的染色質導向蛋白質組學方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細胞中內源性AR周圍染色質蛋白網絡(染色質蛋白網絡)的組成。在CRPC細胞雄***信號通路的背景下，進一步研究了與AR相關蛋白作用的染色質重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC...

4、白樺素能改善小鼠血液、肝臟和脂肪組織中的脂質參數 測量了血液和其他組織中的脂質水平，如圖5所示。洛伐他汀和白樺素處理的小鼠的血清總膽固醇（TC）和甘油三酸酯（TG）的水平顯著低于對照***的小鼠（圖5A和5B）。值得注意的是，與洛伐他汀相似，白樺素降低了LDL膽固醇（LDL-c）的含量并增加了HDL膽固醇（HDL-c）（圖5C和5D）。有趣的是，盡管白樺素和洛伐他汀均降低了肝臟的TC水平，但只有白樺素顯著降低了肝臟的TG含量（圖5E和5F）。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。基質蛋白酶 此外，GFP-INPP4B的表達在基礎和wnt刺激條件下降低了...

另外，相對于對照組，在生理條件下，單獨使用siFth不能顯著增加ROS的產生。對鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關。與上述ROS結果一致。測量了鐵死亡的幾種推定生物標志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達。如預期的那樣，與對照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉染的HT-22細胞中，刮擦損傷的xCT表達顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達顯著增加。重要的是，與未經***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉染的HT-22細胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達。另外，在生理條件下，單獨的siFth與對照組之間上述蛋白質的表達沒有顯著差異。這些結果表明，用si...

**近有報道稱，ALS/FTD中TDP-43的聚集可以隔離核孔蛋白、轉運蛋白和其他因子，表明TDP-43的聚集強烈破壞核質轉運(NCT)和核孔復合體。此外，在AD、ALS和亨廷頓氏病(HD)中NCT也被破壞，提示在這些神經退行性疾病中有一個共同的功能失調途徑。然而，TDP-43在反復顱腦損傷致神經退行性變中的病理機制尚不清楚。此報道之前曾證明，重復的創傷導致果蠅大腦中的泛素、p62和TDP-43包涵體以及應激顆粒病理。在這里，我們對果蠅的大腦進行了蛋白質組學分析，以確定創傷損傷后改變的分子通路。提供***科研設計咨詢及輔助實驗。海綿體 4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥 ...

1）NOX4水平在阿爾茨海默病患者皮質區受損星形膠質細胞中升高 為了探討NOX4在AD患者星形膠質細胞損傷中的作用，我們分析了AD患者大腦皮質星形膠質細胞中NOX4蛋白水平是否升高。我們采用免疫熒光染色法檢測AD患者或非AD供者(正常)顳葉皮質組織GFAP陽性星形膠質細胞中的NOX4蛋白水平(圖1A和B)。免疫熒光染色顯示AD患者皮質區分子層GFAP陽性星形膠質細胞中NOX4陽性染色強度相對于非AD供者增加(圖1A)。此外，AD患者皮質區ML中受損的GFAP陽性星形膠質細胞中的NOX4陽性染色強度高于非AD供者(圖1A和B)。值得注意的是，AD患者中NOX4與GFAP亞細胞共定位陽性...

4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥 接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導致野生型小鼠肝臟中CD45細胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷...

1）LINC00926被篩選為PGK1負調控的lncRNA，與乳腺*臨床結果相關 為了探索負調控PGK1的lncRNAs，我們根據圖1A所示的篩選策略對乳腺*的三個數據庫進行了分析。我們鑒定了3個lncRNA，LINC00926，LINC01089和LINC00324與PGK1呈負相關，且表現出良好的臨床結果(圖1B-1D)。為了研究鑒定出的lncRNAs是否下調了PGK1的表達，我們分別用這三個lncRNAs分別轉染了乳腺*細胞。我們的結果表明，在mRNA水平不變的情況下，只有LINC00926導致MCF-7和MDA-MB-231細胞中PGK1蛋白水平***下降(圖1E)，表明LI...

支持了轉錄組學分析，流式細胞術表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+TILs的比例***更高，這在不同的**模型中是一致的(Fig.1H)。為了檢驗抑制CDK4/6對抗**T細胞免疫的長期功能效應，用CDK4/6i在短時間(抗**T細胞反應**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠，然后停藥。在停止***時，CDK4/6i處理小鼠和對照小鼠的**體積是相等的(Fig.1I-J)。引人注目的是，在停止***后，既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***，而對照組只有9只(Fig.1K)。總之，這些數據表明CDK4/6的藥理抑制促進T細胞記憶...

IGF2BP結合區域包含“ GGAC” N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調節，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3 / 14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。 這些數據表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。將 CTD 暴露與 CT...

4）APP/PS1小鼠大腦皮質區受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高 我們研究了NOX4來源的氧化應激在APP/PS1小鼠受損星形膠質細胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE的蛋白水平(圖4A)。免疫熒光染色顯示，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度增加(圖4A、C)。APP/PS1小鼠皮質區受損的GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度升高。此外，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中4-HNE和GFAP亞細胞共定位呈陽性的受損星...

一、YTHDF1在胃*中的過表達 通過評估YTHDF1突變的分布，我們發現65%的突變是基因擴增，這通常會導致基因產物的過表達(圖1A).通過對TCGA數據集進行分析，發現YTHDF1在胃*患者中的表達確實明顯高于正常組織(圖1B)。YTHDF1的高表達與胃*進展(圖1C)和較差的總生存期(圖1D)相關。對正常胃組織和胃*標本進行免疫組化分析，證實**組織中YTHDF1蛋白表達上調(圖1F)。此外，YTHDF1在胃*患者中的異常高表達與更嚴重的臨床病理特征(如神經周圍侵犯、侵襲性**分期(III/IV期vs.I/II期)、靜脈侵犯等***相關(圖1G）。KaplanMeier生存分析...

4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用 由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關，通過FISH和亞細胞定位實驗發現ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發現在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELN...

6、MAO-A阻斷**免疫***-人類TAM和臨床數據相關性研究 為了探索MAO-A阻斷***的翻譯潛力，首先研究了MAO-A對人巨噬細胞極化的調控。分析體外培養的免疫刺激M1樣和免疫抑制M2樣人單核細胞源性巨噬細胞的基因表達特征。有趣的是，在所有檢測的免疫檢查點、免疫刺激和免疫抑制基因中，MAOA是M2樣單核來源巨噬細胞（MDMs）中表達水平比較高的基因（圖6a），提示MAO-A可能在促進人巨噬細胞免疫抑制極化中發揮作用。MDM培養的時間過程分析證實了巨噬細胞分化過程中MAO-A基因和蛋白表達上調，并在IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化后進一步上調（圖6b-d）。用苯乙肼阻斷M...

我們接下來試圖識別circPDE4B上游調節器。我們首先對circPDE4B側翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發現兩個與RNA剪接相關的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結果顯示，FUS敲除后，HCs中circPDE4B表達下調，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(圖1I)，而過表達FUS則上調了circPDE4B的表達(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點結合，而其他遠端位點則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的...

6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發病機制 為了證實上述發現，我們進一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達情況。從軟骨中提取的ECM相關蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內側半月板不穩(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發現，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失...

染色質可及性是驅動腎元發育的動態過程，而腎元祖細胞具有不同的染色質可及性譜，且隨其分化而變化。染色質可及性在促進或抑制腎臟修復和再生中的作用對于設計急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snATAC-seq在成年小鼠腎臟中的聯合分析為理解染色質可及性如何調節轉錄提供了一個框架。然而，人類腎臟的單細胞表觀基因組還沒有被描述。 生物信息學工具可以從snATAC-seq數據集中提取出scRNA-seq無法獲取的***信息。預測細胞類型特異性順式調控DNA相互作用和轉錄因子活性是補充scRNA-seq獲得的轉錄信息的兩種方法。長...

2021年，來自加拿大多倫多大學和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學等團隊合作在Nature communication雜志上發表了文章“Biological and therapeutic implications of a unique subtype of NPM1 mutated AML.”。此報道描述了npm1突變AML患者的分子異質性。基于rna-seq的基因表達譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型。基于基因表達、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態和患者生存聯系起來。此外，表明了在缺...

表觀基因組學 (ChIP-Seq) 模塊 ChIP-seq 模塊目前包含大量染色質免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 數據，反映了特定的衰老相關基因座是如何受組蛋白修飾和轉錄因子調節的。這些數據有助于闡明調控因素如何在全基因組范圍內影響衰老過程中的基因表達。ChIP-seq 數據來自已發表的與衰老相關的文章，并使用相同的分析方法處理原始數據以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點不同轉錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。 蛋白質組學（蛋白質-蛋白質相互作用）模塊 衰老過程中蛋白質穩態受損是典型的，蛋白質相互作用隨著年齡的增長而發生顯著變化。蛋白質-蛋白質相互作用模塊...

放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調...

作者進一步研究YTHDC2是否是存在人類LUAD細胞中的一種**抑制因子。IB檢測證實了YTHDC2的過表達和敲除效率(圖2G和S2A)。然而在H1299細胞中過表達YTHDC2WT后，**3D球體的數量和大小以及異種移植瘤的生長下降，但在過表達YTHDC2ΔYTH時沒有觀察到這些現象(圖2 H-K)。相比之下，敲除H1975細胞中的YTHDC2增加了小鼠的球體形成和異種移植瘤的生長(圖S2B-E)。值得注意的是，當使用YTHDC2sg2?resistant (res)重組YTHDC2表達時，YTHDC2sg2在**發生中的陽性作用得到了恢復(圖S2B-E)。因此，YTHDC2通過其m6A閱讀...

女性生殖系統的疾病即為婦科疾病，包括外陰疾病、陰道疾病、子宮疾病、輸卵管疾病、卵巢疾病等。婦科疾病是女性常見病、多發病。但由于許多人對婦科疾病缺乏應有的認識，缺乏對身體的保健，加之各種不良生活習慣等，使生理健康每況愈下，導致一些女性疾病纏身，且久治不愈，給正常的生活、工作帶來極大的不便。 英拜生物推出的婦科疾病風險評估檢測通過風險評估模型來評估個體疾病的發病風險，其意義在于趨利避害，用于進行個性化健康管理：個性化保健、個性化用藥、個性化預防、個性化體檢及采取個性化的行為生活方式等，**終達到遠離婦科疾病的目的。 深耕科研行業提高科研的高效。微生物 巨噬細胞的差異***與**進展...

然后，我們在H460和H1299細胞中測量了USP35敲除和TKI之間的協同效應，數據表明USP35沉默在體內和體外使H460和H1299細胞對GFB化療敏感(圖9F-H)。值得注意的是，EGFR突變的肺*細胞對TKI更敏感，因此我們評估了USP35沉默是否會使H1650細胞對GFB化療敏感。如圖9I，J所示，USP35沉默進一步抑制了GFB***后H1650細胞的生長、集落形成和**進展。總的來說，USP35缺乏的肺*細胞對化療藥物更敏感。 結論：FPN蛋白穩定性和肺*細胞的鐵輸出需要USP35，從而保持細胞內鐵穩態和**生長。而USP35敲除通過減少游離鐵輸出增加細胞內LIP水平...

4）體外實驗表明，上調UCP1以減輕AKI期間的脂質積累，可通過影響炎癥和凋亡，***抑制疾病進展 越來越多的證據表明，在AKI中有明顯的脂質積累和UCP1的異常表達，并與腎損傷的嚴重程度有很強的相關性。為了確定脂質積累是否影響AKI期間的細胞功能，我們首先使用UCP1過表達慢病毒和UCP1激動劑CL316243構建AKI細胞脂質積累***模型。如圖4A所示，在AKI中上調UCP1***脂質積聚，導致腎小管損傷指數、NGAL***下調，說明UCP1***脂質積聚可***減輕模型細胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細胞損傷**重要和直接的原因，我們對上述細胞模型中的炎癥和凋亡標記物進行了...

結果1）AKI伴有明顯的脂質積累，并與腎損傷的嚴重程度高度正相關 根據脂質代謝組學分析結果，我們發現AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)。考慮到AKI中的脂質積累，我們進行實驗來確定其臨床意義。我們對不同嚴重程度的AKI動物標本進行油紅O染色。結果顯示，隨著疾病進展的延長，小鼠腎組織脂質沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發現了類似的結果，即隨著細胞損傷的嚴重程度，脂質積累的程度增加(圖1C)。這些結果說明AKI中的脂質積累與疾病的嚴重程度呈正相關。 可以上傳原始的fast文件。細胞死亡相反，miR-199a-5p抑制劑處理可提高WT小鼠脾CD4+T細胞中Sirt1...

二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...