一、YTHDF1在胃*中的過(guò)表達(dá)
通過(guò)評(píng)估YTHDF1突變的分布，我們發(fā)現(xiàn)65%的突變是基因擴(kuò)增，這通常會(huì)導(dǎo)致基因產(chǎn)物的過(guò)表達(dá)(圖1A).通過(guò)對(duì)TCGA數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)YTHDF1在胃*患者中的表達(dá)確實(shí)明顯高于正常組織(圖1B)。YTHDF1的高表達(dá)與胃*進(jìn)展(圖1C)和較差的總生存期(圖1D)相關(guān)。對(duì)正常胃組織和胃*標(biāo)本進(jìn)行免疫組化分析，證實(shí)**組織中YTHDF1蛋白表達(dá)上調(diào)(圖1F)。此外，YTHDF1在胃*患者中的異常高表達(dá)與更嚴(yán)重的臨床病理特征(如神經(jīng)周圍侵犯、侵襲性**分期(III/IV期vs.I/II期)、靜脈侵犯等***相關(guān)(圖1G）。KaplanMeier生存分析也顯示，YTHDF1高表達(dá)的胃*患者4年總生存期較差。綜上所述，YTHDF1在胃*發(fā)生中具有潛在的致瘤作用。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。細(xì)胞核染色
現(xiàn)今研究表明tRNA-derivedsmallnoncodingRNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNAhalves(tiRNAs)和fragments(tRFs)。前者在人類實(shí)體**中的的生物學(xué)功能吸引了越來(lái)越多的關(guān)注，但是其在**發(fā)生中的生物學(xué)機(jī)制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關(guān)蛋白之間的相關(guān)作用更是為未可知。本研究***發(fā)現(xiàn)一個(gè)5’-tRNAhalves，即tiRNA-Gly通過(guò)與RBM17結(jié)合誘導(dǎo)可變剪切進(jìn)而促進(jìn)**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發(fā)表在影響因子7.068的《JournalofExperimentalandClinicalCancerResearch》期刊上。鐵死亡損傷提供整體課題外包實(shí)驗(yàn)構(gòu)思。
由于HoxBlinc通過(guò)招募SETD1A和MLL1復(fù)合物，并在HoxB前位點(diǎn)組織活躍的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域，促進(jìn)HoxB前基因的表達(dá)，NPM1c+或HoxBlincTg引起的HoxBlinc上調(diào)可以通過(guò)增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)可及性來(lái)***其在HSPC中的靶基因。為了驗(yàn)證這一點(diǎn)，使用WT、NPM1c/+和HoxBlincTg小鼠的LSK細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)分析高通量測(cè)序 (ATAC-seq)。巧合的是，NPM1c/+和HoxBlincTg LSK細(xì)胞有相當(dāng)一部分基因表現(xiàn)出啟動(dòng)子可及性的增加(28.9%)或減少(24.3%)（圖4e）。此外，NPM1c+或HoxBlincTg使啟動(dòng)子可及性增加的基因中有相當(dāng)一部分也上調(diào)，這些基因包括NPM1c特征基因HoxB2-5、HoxA9-10、Meis1和Runx1，以及其他靶基因如Stat1和Cdr2（圖4f-g）。這些結(jié)果表明HoxBlinc lncRNA的過(guò)表達(dá)通過(guò)增強(qiáng)HSPC中增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)的可及性特異性***NPM1c+標(biāo)記基因。
6、CDK4/6抑制誘導(dǎo)T細(xì)胞表型與免疫檢查點(diǎn)***的良好反應(yīng)相關(guān)
在臨床小鼠模型中，CDK4/6抑制劑與ICB顯示出***的協(xié)同作用。鑒于**近的研究強(qiáng)調(diào)**微環(huán)境中的干細(xì)胞樣T細(xì)胞是ICB反應(yīng)的關(guān)鍵介質(zhì)，作者假設(shè)CDK4/6i介導(dǎo)的T細(xì)胞記憶誘導(dǎo)產(chǎn)生了更有利的T細(xì)胞池用于免疫檢查點(diǎn)靶向***，因此將有助于該聯(lián)合***的療效。事實(shí)上，這種CDK4/6i應(yīng)答特征富集在ICB應(yīng)答患者的CD8+TIL中，在單細(xì)胞和患者水平準(zhǔn)確分為應(yīng)答者和非應(yīng)答者（Fig.6A-D）。這表明CDK4/6i誘導(dǎo)了T細(xì)胞內(nèi)基因特征，該特征與患者對(duì)ICB的良好反應(yīng)相關(guān)。 生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。
FIR 逆轉(zhuǎn) circACTN4 在 BC 細(xì)胞中的**促進(jìn)作用
為了進(jìn)一步研究 circACTN4 是否通過(guò) circACTN4/FUBP1/MYC 軸發(fā)揮其生物學(xué)作用，在 OE-FIR 或 sh-FIR 與circACTN4或si-circ#2 共轉(zhuǎn)染后，在 BC 細(xì)胞中進(jìn)行了一系列拯救實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明，F(xiàn)IR 過(guò)表達(dá)可以顯著逆轉(zhuǎn) circACTN4 上調(diào)在 BC 細(xì)胞增殖、遷移和侵襲中的促進(jìn)作用，而 FIR 敲低通過(guò)傷口愈合、EdU 和 transwell 測(cè)定減弱了 BC 細(xì)胞中 circACTN4 下調(diào)介導(dǎo)的抑制作用。此外，IF 分析還表明 FIR 過(guò)表達(dá)和敲低可以明顯逆轉(zhuǎn) circACTN4 上調(diào)和下調(diào)對(duì) MYC 表達(dá)的影響。IF發(fā)現(xiàn)與*旁組織相比，在BC 組織中 MYC 高表達(dá)。WB分析表明，F(xiàn)IR的上調(diào)和下調(diào)可以通過(guò)過(guò)表達(dá)和沉默circACTN4來(lái)抵消對(duì)MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2表達(dá)的增強(qiáng)和抑制作用。綜上所述，上述結(jié)果進(jìn)一步證明circACTN4可能與FUBP1競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合，阻斷FIR對(duì)MYC的轉(zhuǎn)錄抑制作用，從而促進(jìn)BC的**發(fā)生和進(jìn)展。 我們使用抗體陣列評(píng)估了表達(dá)PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。缺氧信號(hào)通路
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tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調(diào)控RBM17在PTC細(xì)胞中的表達(dá)
為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機(jī)制，作者合成了生物素標(biāo)記的tiRNA-Gly及其反義序列，進(jìn)行RNApull-down實(shí)驗(yàn)，進(jìn)而挖掘K1細(xì)胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了一個(gè)50KD左右大小的條帶，選擇經(jīng)質(zhì)譜測(cè)定肽數(shù)>3和獨(dú)特肽數(shù)>3的蛋白，獲得了5個(gè)可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過(guò)了WB驗(yàn)證（圖2B）。RIP實(shí)驗(yàn)也證實(shí)tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進(jìn)一步RIP實(shí)驗(yàn)表明，tiRNA-Gly在RBM17全長(zhǎng)序列中***富集，但在UHM截?cái)嗪蟮男蛄兄懈患?**下降，表明tiRNA-Gly和RBM17的相互作用依賴UHM（圖3D）。此外，與tiRNA-Gly的相互作用促進(jìn)了K1細(xì)胞RBM17從細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核，雖然tiRNA-Gly主要定位于細(xì)胞質(zhì)，但同時(shí)導(dǎo)致K1細(xì)胞胞質(zhì)RBM17蛋白水平降低，核RBM17蛋白水平升高（圖3E-G）。因此，這些研究表明tiRNA-Gly與RBM17的UHM結(jié)合促進(jìn)RBM17的核轉(zhuǎn)運(yùn)。 細(xì)胞核染色
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)