二、染色質的可及性明確了細胞的類型
我們使用R包Signac來研究不同細胞類型間染色質可及性的差異。細胞類型可以根據差異開放區域（DARs）是開放的還是封閉的來區分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細胞類型中的差異表達基因密切相關(補充表4)。例如，LRP2是一個表達在近端小管的譜系特異性基因，該區域的覆蓋圖顯示其啟動子和基因體內ATAC峰的數量和幅度增加(圖2a)。事實上，大部分DAR都位于距離**近的轉錄起始位點3kb內的啟動子區域(圖2b，補充圖7)。第二個**常見的位置是內含子，DAR在不同細胞類型中的分布相對保守(圖2c)。 課題CRO服務找上海英拜。模型建造
tiRNA-Gly通過RBM17調節增殖或遷移相關基因的選擇性剪接
由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結合時是否調節下游基因的選擇性剪接將是一項有趣的研究。對過表達tiRNA-Gly后的K1細胞系進行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯子跳躍顯然是tiRNA-Gly誘導的**頻繁的選擇性剪接事件。MAP4K4、POSTN、HACE1、DPP9和BRCA1是外顯子跳躍導致表達變化比較大的基因。tiRNA-Gly誘導了MAK4K4第16外顯子的跳躍，POSTN第21外顯子的跳躍，HACE1第8外顯子的跳躍，DPP9第21外顯子的跳躍和BRCA1第13外顯子的跳躍（圖6B）。如圖6C-D所示，升高的tiRNA-Gly誘導了MAP4K4一個截斷型(NM_4834.4)的mRNA水平，降低了一個長型(NM_1242560.1)的mRNA水平，而下調的RBM17則起相反的作用。重要的是，RBM17的敲除阻斷了由tiRNA-Gly誘導的MAP4K4截斷變體(NM_4834.4)的增加，表明tiRNA-Gly誘導的選擇性剪接依賴于RBM17。 代謝組學課題SCI按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。
4）circPDE4B促進了RIC8A和MID1之間的三元配合物的形成，促進了RIC8A的降解
我們試圖鑒定參與RIC8A蛋白酶體降解的E3連接酶。有趣的是，MS結果顯示circPDE4B也結合了兩個E3連接酶，包括RNF2和MID1。然而，由于RNF2定位于細胞核內，我們選擇MID1進行進一步研究。實際上，通過免疫沉淀分析，MID1被發現與RIC8A結合(圖4A)。RIC8A和MID1的免疫熒光染色也證實了它們在HCs***定位(圖4B)。IP結果表明，MID1敲低有效地削弱了RIC8A和MID1過表達的泛素化作用，增加了RIC8A泛素化作用(圖4C)。Co-IP實驗也顯示，與對照組相比，circPDE4B敲低細胞中RIC8A和MID1的結合減少，而過表達circPDE4B則有相反的作用(圖4D)。
1）AKI伴有明顯的脂質積累，并與腎損傷的嚴重程度高度正相關根據脂質代謝組學分析結果，我們發現AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)。考慮到AKI中的脂質積累，我們進行實驗來確定其臨床意義。我們對不同嚴重程度的AKI動物標本進行油紅O染色。結果顯示，隨著疾病進展的延長，小鼠腎組織脂質沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發現了類似的結果，即隨著細胞損傷的嚴重程度，脂質積累的程度增加(圖1C)。這些結果說明AKI中的脂質積累與疾病的嚴重程度呈正相關。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。
為了在體內檢測這些效應，我們將Kas-1尼洛替尼耐藥細胞移植給裸鼠。細胞接種后，為了保持耐藥表型，我們繼續每周兩次腹腔注射尼洛替尼，直到**體積接近100mm3。然后，隨機分組給予次優劑量的SsD(圖7H)。SsD本身略微減緩了耐藥**的生長(圖7I和7J)。在機制上，我們觀察到mRNAm6A甲基化的總體增加(圖7K)。
結論：我們的研究揭示了FTO/m6A修飾信號之間之前未被認識到的聯系，并闡明了SsD在AML中的功能。該研究可能為靶向FTO/m6A的表轉錄組提供一個有前途的策略，并突出柴胡皂甙***白血病的臨床潛力。 我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響。模型建造
ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。模型建造
三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 模型建造
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗