TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。
食道*是世界上第六大**常見的**，據報道患者5年生存率只有12-20%。N6-甲基腺苷(m6A)修飾是真核生物mRNA中**豐富的RNA修飾，主要由m6A調節劑介導。m6A修飾調節RNA穩定性和翻譯效率、染色質狀態、替代聚腺苷酸化和前體mRNA剪接。***我們來講一篇刊登在NatureCommunications（IF=14.91）上的一篇文章，題名為METTL3promotestumourdevelopmentbydecreasingAPCexpressionmediatedbyAPCmRNAN6-methyladenosine-dependentYTHDFbinding。
上調METTL3與ESCC患者的不良生存相關為探討食管*中中METTL3的表達譜，分析了**基因組圖譜（TCGA）數據，發現與11個相鄰的正常食管上皮組織相比，95個食管*標本中METTL3的表達***上調。對包含81對ESCC標本和鄰近正常食管上皮組織的組織芯片進行IHC染色顯示，ESCC組織中的METTL3表達水平***高于配對鄰近正常組織。Kaplan-Meier分析顯示，高表達METTL3的患者總生存時間比低表達METTL3的患者短。9種不同ESCC細胞系中METTL3mRNA和蛋白質的表達水平高于Het-1a永生化正常食管上皮細胞。這些結果表明，METTL3在食管鱗*中表達上調，并與食管鱗*患者生存時間呈負相關。 rDNA測序也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導致基因組
為了確定ATM介導的PTEN磷酸化如何調節DDR，構建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補充圖3B)。構建人乳腺上皮細胞系(MCF10A)，穩定表達野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細胞中，內源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創建了PTEN空細胞，然后用野生型或突變型的蛋白質穩定轉導重組。在表達PTEN-wt和PTEN-398a的MCF10A細胞中，PTEN蛋白和磷酸化AKT水平相似(補充圖3A)，使這些細胞成為ATM磷酸化PTEN分子作用研究的合適替代模型。Pten+/+和Pten398A/398Amef在10gyIR作用下，通過測定每個細胞的γH2AX和53bp1病灶數量來評估其修復DNA損傷的能力。在Pten+/+mef中，我們觀察到在照射后4小時，每個細胞的病灶數量達到峰值，24小時后恢復到接近基線水平(圖2AC)。Pten+/+和Pten398A/398A在ir后4小時，每個細胞聚集的病灶數量相似。然而，Pten398A/398Amef在24小時時間點比Pten+/+mef保留了更多的病灶數，表明DNA修復能力降低(圖2C)。
circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應
為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調，191個基因被下調?；虮倔w生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結果表明，過量表達circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導致免疫基因上調。 酶聯免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細胞培養上清液中這些細胞因子的水平。這些結果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發免疫應答。 我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響。
為了確定EVs介導的ELNAT1在體內促進LN轉移，首先構建一個小鼠腘窩的淋巴結轉移模型。小鼠隨機分為2組（n=12），每3天接受由載體（UM-UC-EVVector）或ELNAT1（UM-UC-3-EVELNAT1）轉染的UM-UC-3細胞分泌的EVs瘤內注射，當原發**大小達到200mm3時采集**和腘窩的LNs（Figure3D）。結果發現，通過體內成像系統（IVIS）發現，與UM-UC-EVVector相比，UM-UC-3-EVELNAT1促進了UM-UC-3細胞向腘窩LNs的轉移，LNs體積更大（Figure3E-I）。
由于淋巴管生成是淋巴結轉移的關鍵步驟，因此進一步評估了EVs介導的ELNAT1在體內對淋巴管生成的影響。結果顯示，UM-UC-3-EVELNAT1組***增加了小鼠足底**瘤內和瘤旁區域的淋巴管內皮透明質酸受體1陽性（LYVE-1positive）（Figure3J,K）。以上結果表明，EVs介導的ELNAT1促進BCa體內淋巴管生成和淋巴結轉移。 根客戶的研究方向查閱相關文獻?？臻g轉錄組學課題動物模型構建
ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。轉錄組測序
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜 轉錄組測序
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗