數(shù)據(jù)庫概況
目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，1089個化學(xué)生物標(biāo)記，154個核型生物標(biāo)記和26374個遺傳標(biāo)記。這些分類為25560個診斷生物標(biāo)志物，102個預(yù)后生物標(biāo)志物，265個暴露生物標(biāo)志物和6746個預(yù)測生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組。這些標(biāo)記可共同用于檢測，監(jiān)視或預(yù)測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。
MarkerDB中五個主要分子標(biāo)記類別
化學(xué)生物標(biāo)志物
MarkerDB中的化學(xué)生物標(biāo)記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學(xué)/污染物暴露和飲食攝入的標(biāo)記物。MarkerDB中的1089個化學(xué)標(biāo)記與448種疾病以及106種暴露有關(guān)。目前，MarkerDB中的每個化學(xué)標(biāo)記都有一個或多個疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、結(jié)構(gòu)、化合物描述、名稱/同義詞、理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍（成人/兒童/新生兒）、生物流體（標(biāo)記物通常用于測量）、ROC曲線、敏感性、特異性、***性（P值）、一個或多個文獻參考和其他在線數(shù)據(jù)庫（OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等）的外部超鏈接。 soRNA測序的 整套服務(wù)。重慶課題實驗外包
6.ELNAT1通過UBC9誘導(dǎo)的hnRNPA1的SUMOylation被封裝到EVs中
UBC9可以催化靶蛋白的SUMOylation來調(diào)節(jié)它們與生物分子的相互作用和細胞運輸。Figure6A顯示，通過co-IP分析，觀察到一個明顯的15~25kDa條帶被hnRNPA1特異性富集。此外，IP分析顯示UBC9過表達增強了hnRNPA1的SUMO2連接，表明UBC9誘導(dǎo)hnRNPA1的SUMOylation（Figure6B）。將hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點賴氨酸3（K3）和賴氨酸113（K113）用精氨酸替代（Figure6C），并通過co-IP分析表明，證明了hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點是K113（Figure6D）。ELNAT1過表達上調(diào)了hnRNPA1K113的SUMO化，而敲除UBC9則消除了這個影響（Figure6E）。 重慶課題CROTIMEOR是***個基于 Web 的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法。
藥物基因組學(xué)（老年保護化合物）模塊
該老年保護化合物模塊專注于老年保護劑，允許用戶查詢與衰老相關(guān)的化合物，根據(jù)衰老表型、靶點、途徑和與年齡相關(guān)的疾病，提供應(yīng)用于模型生物的相關(guān)化合物的匯總數(shù)據(jù)。該模塊目前包含來自藥物治療分析（體內(nèi)和體外）的數(shù)百種化合物和組學(xué)數(shù)據(jù)集的列表，揭示由特定壽命/延長健康壽命的藥物引起的基因表達變化。在該模塊的首頁，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗”提供了老年保護劑的臨床試驗數(shù)據(jù)；“專題文章”展示了衰老領(lǐng)域的***研究。重要的是，用戶可以通過藥物名稱、目標(biāo)基因或來源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關(guān)老年保護化合物的詳細信息。該模塊不僅提供了延長壽命和延長健康期的化合物列表，還提供了有關(guān)藥物引起的基因調(diào)控和表達變化的信息。
一、LC3陽性囊泡在質(zhì)膜損傷后在修復(fù)部位積聚
用激光照射*細胞MCF7，致使細胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發(fā)現(xiàn)在Ca2+存在下，細胞能夠在20到30s內(nèi)修復(fù)它們的質(zhì)膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養(yǎng)基中受損的細胞無法修復(fù)并繼續(xù)吸收細胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩(wěn)定表達融合蛋白增強型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結(jié)果顯示，LC3陽性點在損傷后大約8-10min開始在修復(fù)部位形成（Fig.1C）；在未損傷區(qū)域中LC3陽性點未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig.1E-H）。 TIMEOR用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。
6、CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細胞極化促進CRLM
將弱轉(zhuǎn)移的CRC細胞系SW480和RKO與miR-934mimics預(yù)處理的THP-1細胞的CM共培養(yǎng)。結(jié)果顯示，無論是體內(nèi)還是體外，侵襲和轉(zhuǎn)移能力都隨著miR-934mimics外泌體處理而升高，隨著anti-miR-934外泌體處理而下降（Fig.6c–g）。這些結(jié)果表明，CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細胞極化可以增強CRC細胞的侵襲和肝轉(zhuǎn)移能力。
7、CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細胞極化，通過***CRC細胞中的CXCL13/CXCR5軸促進CRLM
用HCT-8細胞來源的外泌體與陰性對照處理或PMA預(yù)處理的THP-1細胞孵育，分析趨化因子水平。如Fig.7a所示，CXCL13、IL-10和CCL22的表達水平遠遠高于其他趨化因子的水平。然后，PMA-pretreatedTHP-1細胞轉(zhuǎn)染miR-934mimics或NC，ELISA表明CXCL13的表達***增加(大約10倍)而CCL22和IL-10(二至三倍)，這表明CXCL13可能在CRLM的進展扮演了一個重要的角色（Fig.7b）。此外，結(jié)果顯示，過表達miR-934或下調(diào)miR-934可部分增強或減弱HT29/HCT8細胞來源外泌體對M2巨噬細胞分泌CXCL13的增強作用（Fig.7c）。 使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達的轉(zhuǎn)錄因子。纖維化課題實驗檢測服務(wù)
也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點。重慶課題實驗外包
一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標(biāo)記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(guān)(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發(fā)人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(圖1c)。INPP4B表達降低與三陰性乳腺*相關(guān)，而***增加的INPP4B表達在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(guān)(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數(shù)據(jù)集，我們發(fā)現(xiàn)只有1%的乳腺*表現(xiàn)出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達與PTEN或AKT1突變無關(guān)，但與pik3a突變狀態(tài)正相關(guān)(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發(fā)現(xiàn)，INPP4B高表達與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(guān)(圖1f)。 重慶課題實驗外包
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗