五、YTHDF1以m6a依賴的方式調控FZD7的表達
在GC-803和胃*細胞株基礎上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關聯(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調在YTHDF1- mut中被消除，但在YTHDF1-WT和YTHDF1-MUT兩種細胞系中，FZD7的mRNA水平相當(圖5E)。RIP-qPCR分析顯示，FZD7 mRNA與突變體YTHDF1的相互作用明顯受損(圖5F)。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。表觀遺傳組
6.分析hubgene與臨床免疫指標的相關性根據cBioPortal數據庫、TIMER數據庫對上述6基因進行進一步分析，并且計算了與CD8+T細胞浸潤水平的相關性，發現METTL8，HSPB3和ERLIN2）浸潤水平之間的***相關。
7.鑒定預后標志物通過基于GENT2數據庫的Meta生存分析，分析了METTL8，HSPB3和ERLIN2。結果表明，METTTL8和HSPB3的有較大的預后價值。使用Kaplan–Meier檢測了METTL8，HSPB3和ERLIN2的預后價值，結果表明METTL8和ERLIN2與負面預后***相關。接下來，選擇METTL8作為預后的生物標志物，以進行進一步的分析。
8.預后標志物METTL8基因富集分析根據METTL8表達水平的中位數，將基于TCGA數據庫的LSCC表達圖譜分為高水平組和低水平組以進行GSEA分析。
9.預后標志物METTL8的功能驗證在細胞中進行METTL8的敲低，結果表明METTL8的敲低可能抑制細胞凋亡、增殖能力，影響細胞周期。
在小鼠異種移植成瘤實驗中，進行METTL8的干擾，結果表明METTL8的敲低抑制**生長，一直細胞增殖和周期。
在正常肺組織與LSCC組織中檢測相關指標表達情況，與正常組織相比，LUSC組織中METTL8***高表達，CD8***低表達。
綜上， METTL8在LSCC**的免疫浸潤中起關鍵作用。 調控機制根據自身需要檢索相關基因或者化學品。
創傷性腦損傷（TBI）是重要的健康問題，每年有超過5000萬新發TBI病例。在TBI的病理生理過程中，會發生各種形式的細胞死亡，包括細胞凋亡，壞死，程序性壞死，自噬，焦亡和鐵死亡。目前尚未充分挖掘TBI中鐵死亡的發病機理。***我們講一篇蘇州大學團隊在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF=14.526）期刊發表的題名為Deletion of ferritin H in neurons counteracts the protective effect of melatonin against traumatic brain injury-induced ferroptosis的文獻。該文獻主要講述褪黑素通過FTH調節TBI中鐵死亡。
MT2受體可能參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用
為了闡明褪黑素的保護TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達模式。從12小時到14天觀察到皮質MT1和MT2表達顯著降低。此外，褪黑素可在24小時顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用，當用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預處理小鼠時，我們發現用Luzindole和4P-PDOT進行的預處理均消除了TBI后24小時褪黑素對MT1和Cox2表達的影響。值得注意的是，用4P-PDOT預處理消除了褪黑素對MT2表達和GSH含量的修復作用，以及褪黑素對xCT和4HNE的影響。本研究的數據表明，MT2受體是主要的褪黑素受體亞型，可能參與了褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用。 公共比較毒理基因組學數據庫。
為了進一步鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶，RNA pulldown質譜結果中在156種潛在的相互作用蛋白中發現了兩種E3連接酶TRIM25和HECTD3。 使用WB分析， TRIM25與circNDUFB2特異性相關。 RIP分析進一步證實了circNDUFB2與TRIM25的關聯。RNA FISH免疫熒光分析表明circNDUFB2與TRIM25在細胞質***定位。進行Co-IP結果顯示TRIM25與所有三個IGF2BP結合。免疫熒光分析表明TRIM25與所有三個IGF2BP蛋白共定位在細胞質中。IGF2BPs的mRNA水平不受TRIM25的影響，但是在TRIM25敲低時，IGF2BPs的蛋白水平顯著增加，而在TRIM25的過表達中，IGF2BPs的蛋白水平分別降低。在TRIM25過表達的A549細胞中，IGF2BP的泛素化水平顯著增加。這些結果表明，TRIM25是E3泛素連接酶，可與IGF2BP蛋白相互作用，并通過泛素-蛋白酶體途徑降解NSCLC細胞。***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。調控機制
按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。表觀遺傳組
質膜塑造并保護真核細胞免受周圍環境的影響，對細胞生命至關重要。盡管重新密封受損膜的初始修復機制已經很好地建立，但關于細胞如何在重建受損膜后恢復體內平衡知之甚少。今年7月發表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細胞通過***與巨胞飲作用相關的蛋白質來響應質膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細胞形成源自修復部位的、LC3B蛋白陽性的胞吞小體。此過程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內化的胞吞小體在細胞質中收縮，可能是通過滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經典自噬相結合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 LC3 相關巨胞飲作用 (LAM)，其功能是從質膜上去除受損物質并在損傷時恢復膜的完整性。接下來我們來看一下具體研究方法及結果：表觀遺傳組
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗