三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時(shí)區(qū)分口腔微生物群
tree-based sparse LDA在口腔中識(shí)別出了10個(gè)分支，共71個(gè)asv，沿***軸的時(shí)間點(diǎn)分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個(gè)比較大的區(qū)分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數(shù)量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacillales Family XI) (Gemella spp.)。**豐富和**常觀察的ASV是黑色素原性普雷沃氏菌(ASV 42)和血Gemella sanguis (ASV 208)。同意相對(duì)豐富家庭動(dòng)力學(xué),這些演化支共享的模式損耗從HSCT的天或周+ 1起(二期),直到他們的豐度從+ 3月開始恢復(fù)(第三階段)(圖3 a、C)大量類似HSCT之前,作為Ruminococcaceae和腸道Lachnospiraceae觀察。另一項(xiàng)PCA分析也支持這些發(fā)現(xiàn)(圖3D)。例如，放線菌科、普雷沃氏菌科和桿菌科XI在第I期和第III期的樣本中比第II期的樣本更為豐富(圖3D)。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。轉(zhuǎn)運(yùn)RNA 課題代發(fā)服務(wù)
3）M1-BMDMs來源的外泌體上調(diào)ROS水平，損害bEnd.3細(xì)胞的線粒體功能
已有研究表明，ROS與BSCB中斷有關(guān)，調(diào)節(jié)ROS水平在促進(jìn)***系統(tǒng)損傷后功能恢復(fù)中起著至關(guān)重要的作用。基于之前的結(jié)果，我們研究了M1-BMDMs和ROS在bEnd.3細(xì)胞中的關(guān)系。流式細(xì)胞術(shù)分析表明，M1-CM處理可***提高bEnd.3細(xì)胞中ROS水平。GW4869可以部分逆轉(zhuǎn)這種增加(圖3A和B)。此外，與M1-CM孵育后，線粒體超氧化物水平***升高，GW4869部分消除線粒體超氧化物水平(圖3C和D)。如圖JC-1染色所示，加入M1-CM后線粒體電位***降低，GW4869部分恢復(fù)線粒體電位(圖3E和F)。M1-CM處理使線粒體長(zhǎng)度縮短、腫脹，線粒體破碎的細(xì)胞比例明顯增加。然而，GW4869可以部分逆轉(zhuǎn)線粒體形態(tài)變化(圖3G和H)。此外，M1-CM暴露***降低了氧化磷酸化的生物標(biāo)志物OCR(圖3I)。基礎(chǔ)呼吸，ATP產(chǎn)生，呼吸能力，呼吸逆轉(zhuǎn)在添加M1-CM后***減少，而GW4869部分緩解了這一影響(圖3J)。 星形膠質(zhì)細(xì)胞課題課題設(shè)計(jì)***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
乳腺*是世界上女性發(fā)病率比較高的惡性**。2018年全球新診斷乳腺*約210萬例，約占所有女性惡性zhonglui**病例的25%。環(huán)狀RNA（circRNA）是近年來在各種物種中***發(fā)現(xiàn)的一類新RNA。由于共價(jià)環(huán)結(jié)構(gòu)，circRNA 對(duì) RNA 核酸外切酶具有抗性，并且比線性 RNA 更穩(wěn)定。***我們講一篇關(guān)于circRNA與乳腺*的文章，題名為：The circACTN4 interacts with FUBP1 to promote tumorigenesis and progression of breast cancer by regulating the expression of proto-oncogene MYC。該文章發(fā)表在Molecular Cancer期刊上，IF=27.401。
我們已經(jīng)進(jìn)行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對(duì)成熟人類腎臟中細(xì)胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個(gè)包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測(cè)近端小管和厚升肢內(nèi)獨(dú)特細(xì)胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細(xì)胞特異性離子通透性的細(xì)胞異質(zhì)性。
一、人類成年腎臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
1）成人腎臟中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標(biāo)記的表達(dá)(圖1c，補(bǔ)充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細(xì)胞類型(圖1b，補(bǔ)充圖1a)。檢測(cè)了近端小管(PT)、壁上皮細(xì)胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠(yuǎn)端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細(xì)胞(ENDO)、腎小球細(xì)胞類型(MES、PODO)、成纖維細(xì)胞(FIB)和少量白細(xì)胞(LEUK)(補(bǔ)充表2、補(bǔ)充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達(dá)增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達(dá)了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長(zhǎng)期腎臟預(yù)后的預(yù)測(cè)因子。 產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。
5）上調(diào)UCP1緩解AKI期間的脂質(zhì)積累，***抑制疾病進(jìn)展
為了在體內(nèi)驗(yàn)證脂質(zhì)對(duì)AKI功能的影響，我們通過在腎臟多點(diǎn)注射過表達(dá)UCP1腺病毒，構(gòu)建過表達(dá)UCP1動(dòng)物模型，以消除脂質(zhì)在AKI中的堆積。在UCP1過表達(dá)動(dòng)物模型中，腎損傷指標(biāo)NGAL明顯降低(圖5A)。HE和PAS染色顯示腎臟形態(tài)有很大改善，腎小管損傷評(píng)分顯示，在UCP1介導(dǎo)的脂質(zhì)消耗增加后，腎小管損傷程度明顯降低(圖5B-C)。順鉑刺激后腎小管呈空泡變性，細(xì)胞扁平，管腔擴(kuò)張，而UCP1過表達(dá)明顯改善了病理改變。血清肌酐(SCr)和尿素氮(BUN)這兩項(xiàng)腎臟損傷指標(biāo)也出現(xiàn)了類似的***下降(圖5D-E)。利用UCP1激動(dòng)劑CL316243在AKI動(dòng)物模型中緩解脂堆積，進(jìn)一步驗(yàn)證了上述結(jié)果。***后NGAL***降低(圖5F)，腎臟形態(tài)、腎小管損傷評(píng)分、SCr、BUN均***改善(圖5G-J)。因此，在體內(nèi)，上調(diào)UCP1以緩解AKI脂質(zhì)積累可以抑制AKI進(jìn)展。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。焦亡活化課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)
阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。轉(zhuǎn)運(yùn)RNA 課題代發(fā)服務(wù)
二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導(dǎo)致基因組
為了確定ATM介導(dǎo)的PTEN磷酸化如何調(diào)節(jié)DDR，構(gòu)建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細(xì)胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補(bǔ)充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標(biāo)記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補(bǔ)充圖3B)。構(gòu)建人乳腺上皮細(xì)胞系(MCF10A)，穩(wěn)定表達(dá)野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細(xì)胞中，內(nèi)源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創(chuàng)建了PTEN空細(xì)胞，然后用野生型或突變型的蛋白質(zhì)穩(wěn)定轉(zhuǎn)導(dǎo)重組。在表達(dá)PTEN-wt和PTEN-398a的MCF10A細(xì)胞中，PTEN蛋白和磷酸化AKT水平相似(補(bǔ)充圖3A)，使這些細(xì)胞成為ATM磷酸化PTEN分子作用研究的合適替代模型。Pten+/+和Pten398A/398Amef在10gyIR作用下，通過測(cè)定每個(gè)細(xì)胞的γH2AX和53bp1病灶數(shù)量來評(píng)估其修復(fù)DNA損傷的能力。在Pten+/+mef中，我們觀察到在照射后4小時(shí)，每個(gè)細(xì)胞的病灶數(shù)量達(dá)到峰值，24小時(shí)后恢復(fù)到接近基線水平(圖2AC)。Pten+/+和Pten398A/398A在ir后4小時(shí)，每個(gè)細(xì)胞聚集的病灶數(shù)量相似。然而，Pten398A/398Amef在24小時(shí)時(shí)間點(diǎn)比Pten+/+mef保留了更多的病灶數(shù)，表明DNA修復(fù)能力降低(圖2C)。 轉(zhuǎn)運(yùn)RNA 課題代發(fā)服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)