空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題動(dòng)物模型構(gòu)建

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-30

雄***和雄***受體(AR)是******轉(zhuǎn)錄因子(TF),是驅(qū)動(dòng)前列腺*(PCa)發(fā)***展的關(guān)鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點(diǎn)。雄***剝奪療法,特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而,由于患者仍然可以從晚期PCa進(jìn)展到致命性去勢(shì)抗性前列腺*(CRPC),需要新的***靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物。靶蛋白的一個(gè)來(lái)源可能是ar相關(guān)的染色質(zhì)蛋白。

大多數(shù)目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白,包括那些AR,已經(jīng)通過(guò)遺傳篩選,如雙雜交系統(tǒng),免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質(zhì)譜耦合(MS)已經(jīng)啟發(fā)了NRs的輔助調(diào)節(jié)器,但它很少在**NRs自然環(huán)境的條件下進(jìn)行。然而,通過(guò)利用RIME(內(nèi)源性蛋白快速免疫沉淀MS),Paltoglou等人和Stelloo等人已經(jīng)從PCa細(xì)胞交聯(lián)染色質(zhì)中鑒定了幾種內(nèi)源性AR相關(guān)蛋白。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題動(dòng)物模型構(gòu)建

越來(lái)越多的證據(jù)表明**相關(guān)巨噬細(xì)胞(TAMs)和外泌體在轉(zhuǎn)移前niche(生態(tài)位)形成中發(fā)揮重要作用。TAMs是轉(zhuǎn)移前生態(tài)位形成和結(jié)直腸*肝轉(zhuǎn)移(CRLM)的基礎(chǔ)。然而,**來(lái)源的外泌體miRNAs與TAMs相互作用的分子機(jī)制仍然很大程度上未知。本研究發(fā)現(xiàn)**來(lái)源外泌體miR-934可以誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化,進(jìn)而促進(jìn)CRC的肝轉(zhuǎn)移。該文于2020年11月發(fā)表在《Journal of Hematology and Oncology》IF:11.059期刊上。

1、miR-934表達(dá)升高與CRLM進(jìn)展及預(yù)后不良呈正相關(guān)

為了揭示參與CRLM的miRNA,作者基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)比較了CRC的1期**和4期**的miRNA表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)miR-934是在4期**中高表達(dá)差異表達(dá)*****的miRNA(Fig.1a,b)。此外,作者將110個(gè)CRC組織按有無(wú)肝轉(zhuǎn)移分為兩組,發(fā)現(xiàn)肝轉(zhuǎn)移組與未轉(zhuǎn)移組相比,組織和血清miR-934表達(dá)上調(diào)(Fig.1c,d)。接下來(lái),為了研究miR-934在CRLM進(jìn)展中的作用,使用ISH比較了miR-934在包含308個(gè)CRC樣本的組織芯片(TMA)中的表達(dá),與正常粘膜組織相比,CRC組織中miR-934的表達(dá)明顯上調(diào);miR-934表達(dá)增加與T分期、M分期、晚期AJCC分期和**復(fù)發(fā)呈正相關(guān),尤其是在肝轉(zhuǎn)移的病例中(Fig.1e)。


陽(yáng)性神經(jīng)元soRNA測(cè)序的 整套服務(wù)。

4.抑制TYRO3可增強(qiáng)鐵死亡,使耐藥**對(duì)抗mPD-1***敏感

TYRO3抑制劑LDC1267處理4T1-R細(xì)胞,有效降低了TYRO3磷酸化、,增加**細(xì)胞死亡和脂質(zhì)過(guò)氧化,而在Tyro3-/-細(xì)胞中不存在該作用,表明抑制TYRO3可增強(qiáng)**細(xì)胞鐵死亡。荷4T1-R**的小鼠腹腔注射抗mPD-1、LDC1267或其組合,聯(lián)合給藥***降低了**生長(zhǎng),并延長(zhǎng)小鼠生存期。此外,腎功能和肝功能的生化指標(biāo)均在其正常范圍內(nèi),證明聯(lián)合給藥在動(dòng)物中耐受良好。這些結(jié)果表明靶向TYRO3聯(lián)合抗PD-1有可能克服抗PD-1/PD-L1耐藥性,且毒性水平相對(duì)較低。

結(jié)論:TYRO3抑制**細(xì)胞鐵死亡,通過(guò)促進(jìn)M1到M2極化有利于原**TME,在抗PD-1***期間促進(jìn)**存活。

*細(xì)胞產(chǎn)生的外泌體miR-138-5p下調(diào)巨噬細(xì)胞中KDM6B的表達(dá)

接下來(lái)探索miR-138-5p的水平如何增加。為此測(cè)量了巨噬細(xì)胞中初級(jí) (pri-) 和前體 (pre-) miR-138 的水平。發(fā)現(xiàn)處理后THP-1細(xì)胞中pri-或pre-miR-138沒(méi)有增加,表明miR-138-5p是外源供應(yīng)的。此外,與用 RNase A 加 Triton X-100 處理相比,當(dāng)我們用 RNase A 處理 MDA-MB-23 的 CM 時(shí),miR-138-5p的水平?jīng)]有變化。這些發(fā)現(xiàn)支持細(xì)胞外miR-138-5p被包裹在膜結(jié)構(gòu)中的結(jié)論。通過(guò)觀察到與未處理的CM相比,GW4869 處理的CM或外泌體耗盡的 CM 中miR-138-5p的水平顯著降低,獲得了進(jìn)一步的證據(jù),表明外泌體miR-138-5p參與了KDM6B表達(dá)的調(diào)節(jié)。這些結(jié)果表明 miR-138-5p 被包裹在乳腺*細(xì)胞釋放的外泌體中。 提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的課題思路設(shè)計(jì)。

進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),膜損傷后形成了兩個(gè)不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質(zhì)膜形成, Rab5、EEA1(早期內(nèi)吞作用)、肌動(dòng)蛋白、Rab35 呈陽(yáng)性, LC3 偶爾呈陽(yáng)性。相比之下,后來(lái)形成的囊泡較小且 LC3 呈陽(yáng)性,**終出現(xiàn)在靠近 Rab5 陽(yáng)性囊泡的位置。

二、內(nèi)化囊泡通過(guò)滲透作用在細(xì)胞質(zhì)中收縮,與溶酶體融合

GFP-Rab35、RFP-Rab5轉(zhuǎn)染MCF7,研究胞吞小體的“行動(dòng)軌跡”。胞吞小體囊泡移動(dòng)至細(xì)胞質(zhì),在細(xì)胞質(zhì)中收縮成小囊泡,***與溶酶體融合。

三、巨胞飲由質(zhì)膜完整性觸發(fā)

實(shí)驗(yàn)表明巨胞飲作用在損傷后被***,需要重組,從而保持質(zhì)膜的完整性。此外,LC3囊泡形成是響應(yīng)囊泡內(nèi)化而觸發(fā)。

四、       Rubicon 定位于胞吞小體的界膜,是 LC3 積累所必需的 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。鐵死亡臨床醫(yī)學(xué)課題售后服務(wù)

ATM對(duì)PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題動(dòng)物模型構(gòu)建

腸道菌群與結(jié)直腸*(CRC)之間的關(guān)聯(lián)已被***研究。然而,用于多個(gè)人群的早期診斷標(biāo)記仍然難以捉摸。本研究對(duì)1056例糞便樣本進(jìn)行了綜合分析,以確定與CRC相關(guān)的微生物作為早期檢測(cè)CRC的標(biāo)志物。

對(duì)來(lái)自4項(xiàng)研究的16srRNA測(cè)序進(jìn)行分析,評(píng)估隨著CRC進(jìn)展(無(wú)疾病-腺瘤-結(jié)直腸*)腸道微生物的變化,并鑒定出針對(duì)腺瘤的為微生物標(biāo)志物。

2.構(gòu)建腺瘤微生物模型

除了使用差異ASV作為關(guān)鍵指標(biāo),模型構(gòu)建中還包括α多樣性指數(shù)(Shannon指數(shù),Simpson指數(shù)和ObservedASV)以及三個(gè)患者臨床指標(biāo)(年齡,性別和體重指數(shù)(BMI))。**終構(gòu)建了包括八個(gè)差異性ASV(作為生物標(biāo)記物)以及年齡,性別和BMI為**的模型,可區(qū)分對(duì)照對(duì)象與腺瘤患者(準(zhǔn)確度:0.73,敏感性:0.82,特異性:0.62,精度:0.73,F(xiàn)1得分:0.77)。其中,用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達(dá)到了0.89的AUC(精度:0.80,靈敏度:0.66,特異性:0.90,精度:0.83和F1得分:0.72)。 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題動(dòng)物模型構(gòu)建

公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀,客戶(hù)可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專(zhuān)題,外泌體研究專(zhuān)題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性,為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)

2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng):提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě),標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展,設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn),中標(biāo)率很高。

3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究

4.二代測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片:信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測(cè)序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過(guò)表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測(cè),F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)

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