人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達
為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。 FMT處理促進神經元存活和突觸重建。壞死標書省自然科學基金
氧化應激與阿爾茨海默病(AD)的發病機制有關。線粒體功能障礙與AD期間神經毒性中的氧化應激和活性氧(ROS)有關。線粒體代謝受損與AD腦損傷中的線粒體功能障礙有關。雖然已確定NOX4在腦損傷中的作用，但NOX4調控AD中星形膠質細胞鐵死亡的機制尚不清楚。因此，小編給大家介紹于2021年3月發表于影響因子為9.986的“Redox Biology”上的文章“NOX4 promotes ferroptosis of astrocytes by oxidative stress-induced lipid peroxidation via the impairment of mitochondrial metabolism in Alzheimer’s diseases”。我們的結果表明，NOX4通過脂質過氧化損傷AD中線粒體代謝，促進星形膠質細胞的鐵死亡。深圳NF-kB標書FMT處理可恢復SCI小鼠中糞便短鏈脂肪酸(SCFAs)。
三、原始表型和染色質可及性
雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調控原始亞型基因的因素(圖3D，補充數據3).對承諾亞型中***可獲得的**進行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識別的共識序列，提示它們在committed亞型中可能發揮的作用(圖3D)補充數據。
6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發病機制
為了證實上述發現，我們進一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達情況。從軟骨中提取的ECM相關蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內側半月板不穩(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發現，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失，表明circPde4bAAV可以挽救由DMM引起的OA進展，而RIC8AAAV可以逆轉這種挽救。 免疫組織學染色顯示TNFαIL-1β和NF- κ b陽性染色主要分布在結腸黏膜層。
2021年，美國華盛頓大學生物醫學信息學與醫學教育系和華盛頓大學兒科等團隊合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報道開發了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對細胞表面標記物和染色質可及性進行配對測量:染色質環境和表位的整合細胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學平臺擴展了這種方法，開發了一種三峰分析方法，可以同時測量數千個單細胞的轉錄組學(scRNA-seq)、表位和染色質可及性(scATAC-seq)，并稱之為TEA-seq。這些多模式單細胞檢測提供了一個新的工具箱來識別基于表型定義的細胞類型的類型特異性基因調控和表達。circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應。上海lncRNA標書
生物素標記的miR-127-3p比陰性對照探針捕獲的circSDHC.壞死標書省自然科學基金
2.Tempol能中度改善DHEA誘導的PCOS大鼠的糖耐量
由于多囊卵巢綜合征與代謝紊亂密切相關，評估了不同組的胰島素敏感性和葡萄糖穩態。DHEA+PBS組大鼠的空腹血糖水平雖然沒有明顯差異，但其空腹血清胰島素水平和HOMA-IR值均高于油+PBS組。Tempol***降低了空腹胰島素水平，而對PCOS大鼠的空腹血糖水平和HOMA-IR值無***影響(圖2A-C)。OGTTs顯示PCOS大鼠葡萄糖***延遲和曲線下面積增加，這表明DHEA處理降低了葡萄糖排泄能力。經tempol***后，糖耐量受損情況得到改善(圖2D)。ITTs證明，三組大鼠對胰島素的反應相同(圖2E)。 壞死標書省自然科學基金
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗