六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉變過程中染色質可及性的變化。VCAM1和TPM1轉錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區域染色質可及性增加相關(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉錄降低(圖6c)與染色質可及性降低相關(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉錄因子的活性，我們發現了可能調節近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質區域，該區域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調控VCAM1表達提供了實驗證據。 短鏈脂肪酸在神經退行性疾病中發揮***和神經保護作用。海南標書整體服務
MIR210HG與子宮內膜*患者的低生存率相關
為了識別子宮內膜*組中異常表達的lncRNA，我們分析了來自TCGA的數據。表達陣列分析顯示332個lncRNA的表達差異有統計學意義。7個lncRNA表達上調(圖1A和1B)。然后，我們分析了GEO數據集，發現在子宮內膜*GSE17025隊列中MIR210HG的表達也上調(圖1C)。qPCR顯示MIR210HG在子宮內膜*中的表達明顯高于正常子宮內膜組織(圖1D)。此外，我們分析了MIR210HG的表達與子宮內膜*患者臨床病理參數的關系，發現MIR210HG在從I、II期到III、IV期的進展過程中增加。MIR210HG的表達與淋巴結轉移***相關(圖1E)。原位雜交實驗結果顯示，MIR210HG在子宮內膜*中的表達水平高于正常子宮內膜組織(圖1F)。MIR210HG高表達的子宮內膜*患者生存率較低(圖1G)。 醫學基礎實驗標書FMT處理可以改善脊髓損傷小鼠的運動恢復。
作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發現YTHDC2WT，優先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細胞中進行METTL3的功能增加和丟失實驗，發現細胞內SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平決定的(圖6F和G)。這些數據表明YTHDC2優先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結合。
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達上調。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過表達Caspase-11促進脂肪性肝炎。這些細胞表現出更強的攻擊性和增殖能力.
6.水蘇糖減輕DHEA誘導的多囊卵巢綜合征大鼠卵巢功能障礙
為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對PCOS大鼠的有益作用，DHEA處理的大鼠給予200mg/kg水蘇糖12天。水蘇糖給藥對體重沒有明顯影響(圖8A)，但改善了PCOS大鼠的動情周期紊亂(圖8B)。H&E染色表明，水蘇糖可減少卵巢囊泡數量，增加黃體形成(圖8C-E)。水蘇糖還可***降低PCOS大鼠血清睪酮水平的升高(圖8F)。上述結果提示水蘇糖確實改善了PCOS大鼠卵巢功能障礙，改善了卵巢組織病理損傷。
綜上所述，Tempol通過降低腸道氧化應激、恢復腸道失調、調節腸道微生物和宿主代謝產物之間的相互作用來保護DHEA誘導的多囊卵巢綜合征(PCOS)(圖9)。這些結果表明Tempol是一種潛在的***多囊卵巢綜合征的策略。 水蘇糖可減少卵巢囊泡數量黃體形成.非酒精性脂肪性肝炎標書省自然科學基金
說明DHEA***對血清代謝有深遠的影響.海南標書整體服務
3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子
為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質；結果發現了4個蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族（圖3a-b）。經過文獻分析，作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族，并以其中*****差異表達的4個蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度，結果發現依然是S100A4的表達水平比較高（圖3c）。因此，初步選擇S100A4進行下一步分析。 海南標書整體服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗