4）APP/PS1小鼠大腦皮質區受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高
我們研究了NOX4來源的氧化應激在APP/PS1小鼠受損星形膠質細胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE的蛋白水平(圖4A)。免疫熒光染色顯示，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度增加(圖4A、C)。APP/PS1小鼠皮質區受損的GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度升高。此外，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中4-HNE和GFAP亞細胞共定位呈陽性的受損星形膠質細胞數量***增加(圖4D)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞(圖4B和E)和MDA與GFAP亞細胞共定位陽性的受損星形膠質細胞(圖4F)數量增加。4-HNE在APP/PS1小鼠NOX4陽性星形膠質細胞***定位(圖4G)。此外，APP/PS1小鼠NOX4和4-HNE陽性星形膠質細胞數量***增加(圖4H)。這些結果提示APP/PS1受損小鼠星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高。 高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預測PDAC患者預后和肝轉移的很有前途的生物標志物。黑龍江課題省自然科學基金
四、TEA-seq轉錄本、表位和可及性的三峰測量
A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果.
B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標準的細胞條形碼，有2,500,500個獨特的ATAC-seq片段(中值=8762個獨特的ATAC片段)，有>500個基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個RNAUMIs;中位數=檢測到129,249個基因)，500個ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質豐度測量允許檢測許多附加的相關標準物質，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細胞上表達的趨化因子受體和CD38，一種表達于多種免疫細胞表面的糖蛋白. 甘肅課題實驗可參觀英拜生物對整體實驗實施的全局把控。
4）circPDE4B促進了RIC8A和MID1之間的三元配合物的形成，促進了RIC8A的降解
我們試圖鑒定參與RIC8A蛋白酶體降解的E3連接酶。有趣的是，MS結果顯示circPDE4B也結合了兩個E3連接酶，包括RNF2和MID1。然而，由于RNF2定位于細胞核內，我們選擇MID1進行進一步研究。實際上，通過免疫沉淀分析，MID1被發現與RIC8A結合(圖4A)。RIC8A和MID1的免疫熒光染色也證實了它們在HCs***定位(圖4B)。IP結果表明，MID1敲低有效地削弱了RIC8A和MID1過表達的泛素化作用，增加了RIC8A泛素化作用(圖4C)。Co-IP實驗也顯示，與對照組相比，circPDE4B敲低細胞中RIC8A和MID1的結合減少，而過表達circPDE4B則有相反的作用(圖4D)。
微生物群對宿主的適應性免疫系統如T細胞發揮免疫調節功能。例如，與擬桿菌屬和梭狀芽胞桿菌相關的人類共生腸道菌株可以在無菌小鼠中誘導T調節(Treg)細胞。**近的研究表明，功能不同的T細胞亞群，如輔助T細胞17 (TH17)和Treg細胞參與了aGVHD的發病機制。除腸道外的身體部位的微生物群，如口腔和鼻腔，也被認為參與免疫調節。我們之前曾提出，腸道微生物群與同種異體造血干細胞移植后的免疫細胞重建有關。然而，其他粘膜部位的微生物群是否受同種異體造血干細胞移植的影響，是否與aGvHD相關，是否與患者免疫系統的恢復相關，目前尚不清楚。表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進展有關。從小鼠IRI到人類的細胞類型標記轉移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發現的修復失敗的近端小管細胞(FR-PTC)群體有關(圖7c)。 提供***科研設計咨詢及輔助實驗。陜西課題地區科學基金
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我們觀察到簇1、簇2和簇4的可達性比較高，并逐漸向兩個分枝的頂端遞減。接下來，研究者使用chromVAR計算不同簇中可及性TF序列基序，沿著軌跡推斷確定的兩個分支，可觀察到譜系特異性造血TF基序的可及性的動態變化（如GATA1、TAL1、KLF1、HTF4、ID4、IRF8和TFE2），其中GATA1是紅系細胞、巨核細胞和肥大細胞分化的重要調節因子，且*在scRNA-seq數據集中的MEMP簇中表達；TAL1有兩種不同的結合基序，在胎兒造血過程中，這兩種基序在不同的造血祖細胞中均具有活性；CEBPD和IRF8的活性對髓系和樹突狀細胞的分化至關重要；ID4和HTF4參與淋巴系的建立；這與scRNA-seq數據中的觀察結果一致（圖3F 3H）。黑龍江課題省自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗