我們接下來試圖識別circPDE4B上游調節(jié)器。我們首先對circPDE4B側翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發(fā)現兩個與RNA剪接相關的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結果顯示，FUS敲除后，HCs中circPDE4B表達下調，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(圖1I)，而過表達FUS則上調了circPDE4B的表達(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點結合，而其他遠端位點則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的FUS響應元素，發(fā)現了兩個可能的motifs，A位于上游，B位于下游。我們進一步設計了兩個短的circPDE4B微基因，包括circPDE4B-s和circPDE4B-s-del(圖1L)。RIP顯示FUS與circPDE4B-s之間存在明顯的相互作用，但與circPDE4B-s-del之間沒有相互作用(圖1M)，表明FUS需要周圍內含子中的假定位點來結合。我們接下來在表達circPDE4B-s/del的HCs中敲除FUS，發(fā)現與circPDE4B-del相比，circPDE4B-s***減少了FUS敲除的circPDE4B轉錄本(圖1N)。值得注意的是，在HCs中FUS被TNF-α下調(圖1O)。綜上所述，在OA中circPDE4B的下調至少部分是由FUS的抑制引起的。為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進行質譜分析。RNA PULLdown標書廣東
2）Pex增強肝衛(wèi)星細胞(HSCs)的活性
為了證實Pex的生物學功能，將原代小鼠肝細胞與Pex孵育，Pex被受體細胞吸收。然后使用免疫熒光染色對原發(fā)性肝細胞的類型進行表征，結果顯示，desmin+HSCs和F4/80+Kupffer細胞吸收了Pex(圖2A)。我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響，發(fā)現Pex***增強了HSCs的增殖和遷移能力(圖2B和C)。Pex與Npex處理的HSCs的凋亡沒有***差異(圖2D)。westernblot和免疫熒光檢測結果顯示，Pex***上調α-SMA的表達，說明Pex能促進HSC的活化(圖2E和F)。我們觀察到Pex可以通過下調vitronectin和tenascinC的表達，上調collagenI和fibronectin的表達來調節(jié)HSCs中的ECM分泌(圖2G)。 RNA PULLdown標書廣東circSDHC在ccRCC中過表達且其過表達與低存活率相關.
六、THDF1通過FZD7調控Wnt/b-catenin通路
A，典型Wnt/b-catenin通路示意圖。B, YTHDF1敲低或過表達MGC-803和HGC-27細胞中總(B -catenin)和非磷酸化(Ser33/37/Thr41, activated B -catenin) B -catenin的蛋白水平。C, IF染色分析YTHDF1敲低、過表達或突變過表達的MGC-803和HGC-27細胞中總(紅色)和***的(綠色) b-catenin的亞細胞定位。D，免疫印跡分析b-catenin靶基因、HMGA2、cyclin D、CDC25A、COX2、SOX9、VEGFA在YTHDF1敲低、過表達或突變過表達MGC-803和HGC-27細胞中的表達。E，定量分析YTHDF1敲低和過表達MGC- 803和HGC-27細胞中b-catenin靶基因的RNA水平(n =3)。
tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調控RBM17在PTC細胞中的表達
為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結果發(fā)現了一個50KD左右大小的條帶，選擇經質譜測定肽數>3和獨特肽數>3的蛋白，獲得了5個可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗證（圖2B）。RIP實驗也證實tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進一步RIP實驗表明，tiRNA-Gly在RBM17全長序列中***富集，但在UHM截斷后的序列中富集度***下降，表明tiRNA-Gly和RBM17的相互作用依賴UHM（圖3D）。此外，與tiRNA-Gly的相互作用促進了K1細胞RBM17從細胞質轉移到細胞核，雖然tiRNA-Gly主要定位于細胞質，但同時導致K1細胞胞質RBM17蛋白水平降低，核RBM17蛋白水平升高（圖3E-G）。因此，這些研究表明tiRNA-Gly與RBM17的UHM結合促進RBM17的核轉運。 第4周測定FITC標記的葡聚糖(4kd)和血液中FITC水平。
對離體培養(yǎng)的Maoa野生型和KOBMMDs中ROS水平的測定也顯示，在IL-4/IL-13刺激或不刺激下，MaoaKOBMMDs中ROS水平降低，與體內TAM結果一致（圖4d）。向IL-4/IL-13刺激的MaoaWT和KOBMDMs補充H2O2可將其細胞內ROS水平提高到相似水平，并消除它們在免疫抑制標記物和特征基因表達的差異（圖4e-g）。另一方面，補充酪氨酸(MAO-A的底物)可增加ROS水平，并上調免疫抑制基因在MaoaWTBMDMs中的表達，但在MaoaKOBMDMs中不上調（圖4h-j）。綜上所述，這些數據表明MAO-A通過調節(jié)巨噬細胞內ROS水平來調節(jié)巨噬細胞的免疫抑制極化。circNDUFB2作為一個支架增強IGF2BP蛋白與TRIM25的結合。RNA PULLdown標書廣東
生物素標記的miR-127-3p比陰性對照探針捕獲的circSDHC.RNA PULLdown標書廣東
我們已經進行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個包含轉錄組和表觀基因組數據的交互式多模態(tài)圖譜。結合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內獨特細胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細胞特異性離子通透性的細胞異質性。
一、人類成年腎臟的單細胞轉錄和染色質可及性分析
1）成人腎臟中的單細胞轉錄和染色質可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標記的表達(圖1c，補充圖1b)，鑒定了腎皮質內所有主要細胞類型(圖1b，補充圖1a)。檢測了近端小管(PT)、壁上皮細胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內皮細胞(ENDO)、腎小球細胞類型(MES、PODO)、成纖維細胞(FIB)和少量白細胞(LEUK)(補充表2、補充數據1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調的基因，是長期腎臟預后的預測因子。 RNA PULLdown標書廣東
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