3.YTHDC2抑制LUAD的胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
為了研究YTHDC2對代謝物的影響，作者對YTHDC2低表達和高表達的LUAD標本(分別稱為YTHDC2low和YTHDC2high)進行代謝組學分析(n=20/組)。如圖3A顯示，GSH代謝在KEGG通路中排名前20。在***改變的代謝產物中，與YTHDC2high的**相比，YTHDC2low的**中胱氨酸含量增加了3.975倍(圖3B)。此外，在cohort#1(n=100)中，YTHDC2和胞內胱氨酸呈負相關(圖3C)。這些數據表明YTHDC2減少了細胞內的胱氨酸。 提供整體課題外包實驗構思。褪黑素課題一站式
為了確定CDK4 /6i誘導的記憶形成是否通過細胞周期的RB介導的G1期阻滯，用G1阻滯劑處理細胞，胸腺嘧啶，通過阻止DNA合成和進入S期，**于RB的誘導G1阻滯。結果顯示胸腺嘧啶處理的細胞表型復制了CDK4/6抑制，并在很大程度上挽救了Rb1 KO細胞中Tcm的形成(Fig. 3J) ，表明RB介導的G1阻滯本身有助于CDK4 /6i誘導的記憶分化。通過3'RNA-seq進一步分析Rb1 KO細胞，發現記憶相關基因下調和效應標記增加（圖3K-L），CDK4/6抑制后未能逆轉（圖3M-N）。這些結果表明CDK4/6i介導的轉錄重編程和記憶形成是通過RB依賴的G1細胞周期停滯和同時抑制CDK4/6信號轉導。標書課題樣本檢測也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。
1）circPDE4B在OA組織中表達較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關。考慮到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達，發現IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結合RT-qPCR分析和FISH分析發現，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調，因此可能參與了OA的進展。 高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預測PDAC患者預后和肝轉移的很有前途的生物標志物。
大約1%的人類基因組能夠折疊成G四鏈體(Gquadruplexes，G4s)——在富含G的基序上形成的非經典鏈特異性DNA結構。G4的熱穩定性不同，這可能會影響它們的功能。然而，G4s也可能阻礙復制、轉錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩定性和突變率。因此，根據其基因組位置、熱穩定性和功能性，G4基因座可能會在不同的選擇壓力下進化，而這一點從未被研究過。一、基因組中G4基因座的密度不均勻與全基因組平均值相比，CpG島、上游區域和轉錄鏈的G4密度的倍數差異特別**別為、和。相比之下，內含子的非轉錄和轉錄鏈、非轉錄外顯子鏈和3'UTR的非轉錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢不變，復制起點和增強子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高倍和倍。二、G4穩定性在基因區和非基因功能區之間存在差異根據穩定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩定G4基因座”（342778個），低于19分的為“不穩定G4基因座”（327298個）。Pex調節HSC的ECM分泌。標書課題樣本檢測
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。褪黑素課題一站式
為了確定METTL3促進**細胞增殖的機制，檢測了METTL3在ESCC細胞上轉錄調節中的作用。METTL3缺失降低了KYSE180細胞中m6A的總豐度。甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）和m6A特異性抗體，然后進行RNA測序（MeRIP-seq），發現KYSE180的mRNA中鑒定的m6A位點與RRACH序列一致。m6A信號在mRNAs的終止密碼子和3′-非翻譯區富集。在MeRIP-seq中METTL3缺失減少了1101個基因的mRNAs中1199個m6A峰。轉錄組測序發現METTL3缺失調節2973個基因的表達。二者取交集發現共有93個基因重疊。MeRIP-seq中細胞成分（CC）項的基因本體（GO）富集分析表明，在METTL3缺失的KYSE180細胞中，β-連環蛋白降解復合物（的基因組（包括APC）中m6A水平***降低。褪黑素課題一站式
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗