4、CDK4/6預處理增強功能性記憶CD8+T細胞的持久性
長期生存能力是T細胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細胞在體內是否表現出優越的存活率，將未處理和CDK4/6i預處理的體外活化CD45.1OT-iT細胞轉移至同源CD45.2小鼠中，并通過流式細胞術評價其隨時間的持續性和表型（Fig.4A）。在30天內，在血液和脾臟中檢測到的預處理OT-I-T細胞的頻率明顯更高（Fig.4B）。30天后，未處理和預處理的OT-I-T細胞在血液和脾臟中的表型持久性相似，都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評價CDK4/6i處理細胞的記憶能力，將未處理或體外活化的CD45.1OT-iT細胞中預處理的細胞再次轉移至同源CD45.2宿主中。30d后，分離出OT-ⅠT細胞，等量重新轉移到同時***李斯特菌-OVA(LM-OVA)的新宿主中（Fig.4D)。未處理和預處理的OT-IT細胞在LM-OVA***后擴增和分化，迅速獲得功能性、產生細胞因子的SLEC表型(KLRG1+CD127-)（Fig.4E-F）。這些表明CDK4/6抑制驅動T細胞記憶的表型和功能獲得。 課題外包服務找英拜放心安心。凋亡 課題CRO
2021年4月，加拿大University Ave和中國香港大學團隊與**研究所表觀遺傳學和基因組穩定性小組在Cell Death & Differentiation 雜志上發表了文章“The PTEN and ATM axis controls the G1/S cell cycle checkpoint and tumorigenesis in HER2-positive breast cancer”。此報道發現ATM磷酸化PTEN的398位(人類蘇氨酸;在小鼠絲氨酸)的***，為了理解ATM磷酸化PTEN的生物學意義，建立了一個小鼠模型，構建了一個不能被ATM磷酸化的PTEN突變形式，用398位(PTEN- 398a)的絲氨酸取代了丙氨酸。PTEN-398A的表達可加速her2陽性乳腺*小鼠模型的**發展和進展。利用分子生物學方法，發現了一種新的機制，通過ATM磷酸化PTEN調節其細胞再分配，并有助于該蛋白的**抑制功能。分子生物學課題產學研合作按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。
用戶界面SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關不同疾病中特定于細胞類型的基因的詳細信息，具體流程如圖。
“疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別。“疾病”根類別中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關注疾病相關的特定于細胞類型的基因的詳細信息。**初將所有細胞類型分為16組，以幫助想要瀏覽特定細胞類型中標記基因的研究人員。還可以使用“搜索”功能搜索他們感興趣的疾病，基因或細胞類型。每個基因的信息將在表格中以一行顯示，其中包括疾病名稱，實驗組織，細胞類型，基因名稱，用于描述基因表達的變量名稱（log 2 FC或均值），變量的值，DEG比較，源發布的標識符，排序平臺和詳細信息。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標志物的數據庫，包括四種主要類型的分子生物標記（化學，蛋白質，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標記類別（診斷，預測，預后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標志物名稱和同義詞，相關條件或病理，詳細的疾病描述，詳細的生物標志物描述，生物標志物特異性，敏感性和ROC曲線，標準參考值（對于蛋白質和化學標志物），變體（對于SNP或遺傳標志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質標記），分子結構（用于蛋白質和化學標記），組織或生物流體來源（用于蛋白質和化學標記），染色**置和結構（用于遺傳和核型標記），臨床批準狀態和相關文獻參考。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。
五、gata1調控靶基因的染色質可及性及表達動態
檢測了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數據(根據AUCell評分排序)(圖5)。
我們觀察了兩個基因啟動子(距轉錄起始位點3kb[TSS])和遠端調控區域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細胞/mpp中，gata1調控靶基因的啟動子在任何明顯的基因表達之前通常是開放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細胞/mpp的染色質可及性發生在*存在于分化程度更高的細胞中的轉錄變化之前。有趣的是，與第1類(hsc/MPPs)相比，第6類(MEMPs)中GATA1靶基因的啟動子可及性總體較低(圖5B、5D和5E)，與拮抗基因(即針對不同譜系的基因)的啟動子共可及性較低相吻合(圖5F)。相比之下，簇6中遠端調控元件/增強子的可及性高于簇1(圖5C)。這可能表明gata調控基因可能在啟動子上啟動，而增強子則提供細胞類型特異性的表達。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。神經元損傷課題CRO
TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。凋亡 課題CRO
SP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡
我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，Fer-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 凋亡 課題CRO
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗