轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表觀遺傳組測序技術。單細胞核測序，能夠獲得組織的細胞圖譜，解決細胞異質性的問題。單細胞或細胞核RNA測序(scRNA-seq或snRNAseq)促進了對定義腎臟細胞特性的基因和途徑的更深入的理解。成熟的人類和小鼠腎臟的多個scRNAseq圖譜已經確定了轉錄如何有助于細胞類型的特異性。**近的方法已經將這種方法擴展到單細胞染色質可及性分析。單核染色質轉置可及性測序試驗(snATACseq)是ATAC-seq的擴展，該試劑盒利用Tn5轉置酶在數千個單個細胞中測量染色質可及性。Pex調節HSC的ECM分泌。高通量測序課題
1）circPDE4B在OA組織中表達較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達，發現IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結合RT-qPCR分析和FISH分析發現，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調，因此可能參與了OA的進展。 rip課題我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。
二、改進標簽轉移和差異分析
研究了方法差異對下游生物學分析的影響
A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.
C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞.
D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型.
5.沉默lnc-PMIF促進老年OPCs向骨形成表面遷移，促進老年小鼠骨形成
BMSCs中沉默lnc-PMIF，增殖無變化，OPCs成骨能力不改變，細胞遷移數量高，表明沉默lnc-PMIF可增強老年OPCs的遷移能力，而不干擾老年OPCs的體外增殖和成骨分化。接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠中骨形成表面Dil+細胞數***升高，提示沉默lnc-PMIF可促進老年OPCs在體內向骨形成表面遷移，大部分遷移的Dil+細胞中檢測到Runx2表達，表明si-PMIF處理的老年BMSCs遷移到骨形成表面發生正常的成骨分化，這將有助于小鼠的骨形成。接受si-PMIF處理的老年BMSCs小鼠骨表面TGF-β+細胞的平均積分光密度***更高，而TRAP+面積無***差異，表明si-PMIF處理的老化BMSCs可能影響細胞募集，而不是骨吸收。上述si-PMIF或si-NC處理的老年BMSCs對老年雄性小鼠進行脛骨內注射，4周后接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠骨量更高，脛骨干骺端微結構更好，BMD和BV/TV更高，MAR和BFR/BS更高。這些結果證明，老年BMSCs敲低lnc-PMIF可促進骨形成。 高通量測序后續的機制實驗。
確定關鍵驅動突變在原始和committed亞型中的分布(圖1C，補充討論中的亞型和突變部分和補充表6 17)。盡管亞型中富含某些突變(原始組的FLT3-ITD和承諾組的DNMT3A)，驅動突變的遺傳改變對原始和committed亞型的預測較差(補充圖3 16和補充討論)，基因突變和亞型之間的Matthews相關系數(MCC)較低(FLT3-ITD的MCC = 0.32, DNMT3A的MCC = 0.16;在precision-recall曲線(AUPRC = 0.62)值下，突變與亞型之間的多變量分析得到一個薄弱區域(Supplementary Fig. 7)。ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。NF-kB課題實驗外包
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在基礎條件下，Fth -KO小鼠皮層中鐵穩態輕度受損
使用蛋白質印跡分析，實時PCR和Fth免疫熒光證實了在基礎條件下神經元Fth表達的喪失。Fth- KO小鼠的FTH mRNA和蛋白表達較低。我們還通過免疫熒光觀察了Fth的神經元水平。從他莫昔芬處理的皮層神經元Fth- KO小鼠具有減少的免疫原性FTH的。重要的是，在神經元中觀察到幾乎罕見FTH陽性細胞Fth- KO小鼠。有趣的是，神經元中Fth的喪失并未導致Ftl表達的代償性增加。接下來，檢查了神經元Fth在鐵代謝和氧化還原穩態中的假定作用。Fth-KO組與對照組相比，皮質Fe2 +，Fe3+，總鐵水平***增加。Perls的藍色染色顯示在生理條件下，在Fth- KO中觀察到的鐵陽性細胞相對較少。這些結果表明，Fth- KO小鼠具有活力和繁殖力，但鐵代謝發生了改變，這提供了神經元鐵蛋白的鐵存儲功能在維持皮質鐵穩態基礎條件中起重要作用的證據。 高通量測序課題
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗