接著，我們利用NMR進一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結果表明，FTO干擾了SsD的狀態。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細胞對SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細胞中，SsD在0.05-0.14 nmol/百萬細胞中檢測到。HPLC顯示SsD對體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細胞系統中，斑點印跡試驗證實了SsD介導的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述， FTO是SsD的直接靶點，可能是SsD誘導的白血病細胞生長抑制作用的主要介質。英拜生物致力于分子生物行業十余年。RNA甲基化課題一站式
五、npm1突變的AML亞型可預測總生存率
評估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(圖5A;補充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(Log-rank檢驗p=0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預測因素，我們還擬合了一個多變量Cox比例風險模型，調整了臨床病理參數，如性別、白細胞計數、年齡、核型和突變，包括FLT3-itd、FLT3-TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補預后價值(p-值=0.01，圖5B)。 TRF課題整包服務高通量測序的后續成文服務。
脂質氧化先于胞質Ca2+的增加和質膜的破壞
體積細胞實驗中Ferroptosis特征之間的詳細時間關系被***后群體細胞發生Ferroptosis的異質性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細胞共聚焦顯微鏡在單細胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細胞獲得的動力學曲線(圖2C,F,K)中，計算出每個ferroptotic表型(t50)實現50%變化所需的時間，這使得可以設置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結果發現，與所使用的Ferroptosis觸發器無關，胞漿Ca2+的增加先于細胞圓縮和質膜完全坍塌(圖2A,B)。從流式細胞術實驗(圖1G)可以看出，Erastin-1存在時，胞質Ca2+的增加是一個雙相行為的兩步過程(圖2C)。***個事件在比較大Ca2+信號的40%左右達到飽和，與不相關的鈣(Ca2+un)增加相對應，因為它沒有受到Ferroptosis的抑制(圖1G)。
三、ICICLE-seq聯合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態的能力，我們修改了我們優化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數據上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數據質量。盡管如此，ICICLE-seq結果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質可達性和高質量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數據聚集并根據細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數據的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據細胞類型特異性標記與聚類的明確關聯識別細胞類型特異性聚類。 TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。
胰管腺*(PDAC)有明顯的肝轉移傾向。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。2021年4月發表于Gut（IF=19.819）的文章“Exosome-delivered CD44v6/C1QBP complex drives pancreatic cancer liver metastasis by promoting fibrotic liver microenvironment”對此進行了探究。本研究旨在探討PDAC來源的外泌體(Pex)調控肝臟微環境、促進轉移的潛在機制。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物對于肝纖維化微環境和PDAC肝轉移的形成是必不可少的。高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預測PDAC患者預后和肝轉移的很有前途的生物標志物。我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。創傷性腦損傷課題分子生物學
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。RNA甲基化課題一站式
為了完全理解HoxBlinc過表達調控HSPC造血轉錄程序的機制，進行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細胞中繪制基因組HoxBlinc結合位點。HoxBlinc的過表達***增加了其與HoxB前基因啟動子區域和其他反式靶點的結合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細胞基因組中HoxBlinc結合位點的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區相互作用，包括基因間區、內含子和啟動子。值得強調的是，HoxBlinc的過表達***增加了其與啟動子和UTR的占用（圖5e）。整合來自WT和HoxBlincTg HSPC的ChIRP-seq、RNA-seq和ATAC-seq數據集顯示，大約74%的基因HoxBlinc結合增加表現在基因表達水平增加兩倍以上（圖5f），44.7%的基因表現出啟動子染色質可及性增強（圖5g）。這些數據表明，HoxBlinc直接結合造血特異性靶基因，主要是NPM1c+特征基因，并介導染色質的長程相互作用，驅動HSPC的基因調控網絡。RNA甲基化課題一站式
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗