六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結果顯示標記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩健性，研究人員在小鼠MS5飼養層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類，結果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細胞群，且CD-REF細胞具有與表型HSCs相當的多潛能性和譜系輸出能力，這與前述分化軌跡探究一致，再次驗證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合使環境健康科學家能夠調查暴露研究和組織和系統暴露化學應激誘導表型的細節。重慶課題一站式
JAK-Stat6信號通路在介導IL-4/IL-13誘導TME中TAMs免疫抑制極化過程中起關鍵作用。IL-4/IL-13刺激后，JAK磷酸化，隨后Stat6磷酸化，磷酸化后的Stat6二聚并遷移至細胞核，然后與IL-4/IL-13相應基因，包括那些參與巨噬細胞免疫響應功能的基因的啟動子結合。據報道ROS可以促進JAK和Stat6磷酸化。因此，推測MAO-A可能通過上調ROS水平影響巨噬細胞極化，從而使JAK-Stat6信號通路敏感。事實上，直接分析從B16-OVA荷瘤MaoaWT和MaoaKO小鼠中分離的TAMs證實，與野生型TAMs相比，MAO-A缺陷的TAMs顯示Stat6***降低（圖4k-l）。進一步分析IL-4/IL-13誘導的JAK-Stat6信號通路，與在MaoaWTBMDMs中相比，在MaoaKOBMDMs中JAK-Stat6信號***下降，補充H2O2可使其JAK-Stat6信號達到與WT類似水平（圖4m）。這些數據表明MAO-A通過ROS致敏的JAK-Stat6通路***促進巨噬細胞免疫抑制極化。總之，這些體內外數據支持MAO-A促進TME中免疫抑制極化，通過上調TAM細胞內ROS水平，從而提高IL-4/IL-13誘導的JAK-Stat6信號通路。RNA甲基化課題設計實驗TIMEOR用于推斷基因調控事件之間的關系。
4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細胞轉移中發揮作用
據報道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結合蛋白來轉運。通過RNApull-down分析和質譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉運的RNA結合蛋白，并發現敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結合蛋白，通過與特定基序GGAG/CCCU結合，參與miRNAs的運輸和轉錄后調控。特別是，由于miR-934序列中有兩個GGAG基序，我們推測hnRNPA2B1可能通過與GGAG序列結合，介導miR-934包裝成外泌體的過程。此外，miRNApull-down分析顯示，在細胞質和外泌體中，miR-934和hnRNPA2B1之間存在***的結合關系，然而，突變miR-934的結合序列(GGAG)可削弱這種結合（Fig.4c）。RNA免疫沉淀分析進一步證明，無論是在CRC細胞及其外泌體裂解物中，miR-934在anti-hnrnpa2b1抗體組中比在anti-IgG抗體組中更***富集（Fig.4d）。此外，敲除hnRNPA2B1可以抑制外泌體miR-934從HCT8和LoVo細胞轉移到巨噬細胞的過程（Fig.4e）。因此，這些結果證實hnRNPA2B1可以通過與miR-934的GGAG序列結合，介導miR-934包裝到CRC細胞外泌體中，并將外泌體miR-934轉移到巨噬細胞中。
進一步使用E8聚類分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細胞樣類型(EndICLT)轉變，但沒有達到完全分化的免疫細胞狀態(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個標記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動子區域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數據的小提琴圖中可以看出，E8中相應基因的表達量增加，進一步證實了這一結果(圖3E)。ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。
在s-flow條件下，KLF4的TF結合基元在E2中富集，而NRF1在E3和E4中富集(所有流條件下)(圖6B)。相比之下，暴露于d-flow條件下的E5 E8中，TEF、ETV3、RELA、FOS::JUN、TEAD1和STAT1的TF基序富集(圖6C)。對一些眾所周知的流量敏感tf的基模的鑒定，KLF4(與KLF2基模相同)，FOS:JUN (AP1)， RELA和TEAD1證實了我們分析的有效性。為了進一步確定新發現的TF結合基序是否也與流量依賴反應相關，我們檢測了phospho -STAT1水平是否對流量敏感，作為STAT1***的標記。pcl術后2周，與RCA相比，CDH5+ LCA的ECs中phosphoSTAT1水平***升高(圖6D和6E)。有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者。國自然課題設計實驗
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二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎
DH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調節因子15。類似地，G蛋白偶聯受體12(GPR12)在原始亞型中上調，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據報道它是WNT信號通路的調節因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應通路如干擾素-γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。 重慶課題一站式
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗