新疆科研省自然科學(xué)基金

3、外泌體S100A4是HCC細(xì)胞轉(zhuǎn)移潛力的關(guān)鍵增強(qiáng)子

為了探究通過HMH-exo增強(qiáng)HCC轉(zhuǎn)移能力的關(guān)鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進(jìn)行了iTRAQ質(zhì)譜篩選。結(jié)果從HMH-exo中鑒定到116個(gè)***上調(diào)和43***下調(diào)的蛋白質(zhì)；結(jié)果發(fā)現(xiàn)了4個(gè)蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結(jié)合蛋白家族（圖3a-b）。經(jīng)過文獻(xiàn)分析，作者主要關(guān)注了S100鈣結(jié)合蛋白家族，并以其中*****差異表達(dá)的4個(gè)蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個(gè)蛋白在5個(gè)HCC細(xì)胞系外泌體中的表達(dá)豐度，結(jié)果發(fā)現(xiàn)依然是S100A4的表達(dá)水平比較高（圖3c）。因此，初步選擇S100A4進(jìn)行下一步分析。 外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化促進(jìn)CRC肝轉(zhuǎn)移。新疆科研省自然科學(xué)基金

2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測和驗(yàn)證ATAC細(xì)胞類型分配

snATAC-seq捕獲單個(gè)細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對而言，我們對細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個(gè)基因活性矩陣來進(jìn)行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動(dòng)子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識(shí)別轉(zhuǎn)移錨點(diǎn)，然后分配預(yù)測的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測分?jǐn)?shù)，并被自信地劃分為單細(xì)胞類型(補(bǔ)充圖2)。 自噬醫(yī)學(xué)相關(guān)科研免費(fèi)設(shè)計(jì)英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。

2021年，來自加拿大多倫多大學(xué)和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學(xué)等團(tuán)隊(duì)合作在Naturecommunication雜志上發(fā)表了文章“BiologicalandtherapeuticimplicationsofauniquesubtypeofNPM1mutatedAML.”。此報(bào)道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性?；趓na-seq的基因表達(dá)譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型?；诨虮磉_(dá)、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊(duì)列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來。此外，表明了在缺乏FLT3-ITD的原始特征病例的***中添加激酶抑制劑對AML可能有***益處。急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學(xué)上的異質(zhì)性疾病，其特征是克隆擴(kuò)增和突變的造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞分化受損。在AML**常見的驅(qū)動(dòng)突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對插入是穩(wěn)定的，在20%-30%的病例中發(fā)生。由于其生物學(xué)意義和預(yù)后影響，NPM1突變在世界衛(wèi)生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個(gè)獨(dú)特的白血病實(shí)體，并在預(yù)后和***決策中發(fā)揮重要作用。

三、SMARCA4調(diào)節(jié)AR靶基因的表達(dá)，參與細(xì)胞外基質(zhì)組織和細(xì)胞粘附

使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細(xì)胞基因表達(dá)的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調(diào)的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調(diào)和上調(diào)的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個(gè)差異表達(dá)基因(DEGs)，其中363個(gè)基因雄******調(diào)控(圖4b, c）。對差異雄***調(diào)節(jié)基因集進(jìn)行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應(yīng)答基因的表達(dá)，例如，分支結(jié)構(gòu)的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細(xì)胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細(xì)胞對藥物的反應(yīng)中富集的基因的表達(dá)(圖4d)。上述結(jié)果表明smarca4介導(dǎo)的染色質(zhì)可及性變化促進(jìn)了它們的表達(dá)。 英拜潤色的標(biāo)書的中標(biāo)率**提高。

6、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化促進(jìn)CRLM

將弱轉(zhuǎn)移的CRC細(xì)胞系SW480和RKO與miR-934mimics預(yù)處理的THP-1細(xì)胞的CM共培養(yǎng)。結(jié)果顯示，無論是體內(nèi)還是體外，侵襲和轉(zhuǎn)移能力都隨著miR-934mimics外泌體處理而升高，隨著anti-miR-934外泌體處理而下降（Fig.6c–g）。這些結(jié)果表明，CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化可以增強(qiáng)CRC細(xì)胞的侵襲和肝轉(zhuǎn)移能力。

7、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化，通過***CRC細(xì)胞中的CXCL13/CXCR5軸促進(jìn)CRLM

用HCT-8細(xì)胞來源的外泌體與陰性對照處理或PMA預(yù)處理的THP-1細(xì)胞孵育，分析趨化因子水平。如Fig.7a所示，CXCL13、IL-10和CCL22的表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他趨化因子的水平。然后，PMA-pretreatedTHP-1細(xì)胞轉(zhuǎn)染miR-934mimics或NC，ELISA表明CXCL13的表達(dá)***增加(大約10倍)而CCL22和IL-10(二至三倍)，這表明CXCL13可能在CRLM的進(jìn)展扮演了一個(gè)重要的角色（Fig.7b）。此外，結(jié)果顯示，過表達(dá)miR-934或下調(diào)miR-934可部分增強(qiáng)或減弱HT29/HCT8細(xì)胞來源外泌體對M2巨噬細(xì)胞分泌CXCL13的增強(qiáng)作用（Fig.7c）。 上海英拜生物有經(jīng)驗(yàn)豐富的科研團(tuán)隊(duì)。單細(xì)胞相關(guān)課題科研省自然科學(xué)基金

FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長和轉(zhuǎn)移。新疆科研省自然科學(xué)基金

circACTN4 在 BC 組織和細(xì)胞中高度表達(dá)并與臨床病理特征相關(guān)

為探討circACTN4的表達(dá)及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達(dá)。circACTN4在BC組織中的表達(dá)顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達(dá)，數(shù)據(jù)顯示線性ACTN4在BC組織中高表達(dá)。Pearson相關(guān)分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達(dá)呈正相關(guān)。結(jié)果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達(dá)協(xié)同促進(jìn)了乳腺*的進(jìn)展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.719，診斷特異性和敏感性分別為70%和70。circACTN4 在 BC 細(xì)胞中的表達(dá)顯著高于正常乳腺上皮細(xì)胞 MCF-10A。 新疆科研省自然科學(xué)基金

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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)