自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。
1.構建LIR預測模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預測，并對預測到的LIR基序?qū)幕蜻M行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預測
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進行整合，獲得2,963,952個獨特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報道過與**自噬有關。 代謝變化被認為是腸病**重要的特征之一。ampk信號通路芯片科研整體服務
關聯(lián)研究已將血液來源的microRNA(miRNA)的改變與結直腸*(CRC)聯(lián)系起來。miRNA譜可能在CRC進展過程中多樣化，并在血液中反映CRC進展水平。但是，尚無研究評估不同CRC階段血液中miRNA的變化。本研究對來自不同階段的健康供體、結直腸腺瘤、結直腸憩室炎和CRC患者（UICCstagesI/II,III,andIV）的80份血液樣本中的2,549種miRNA的譜進行了基于微陣列的比較。
接下來通過RT-PCR進行確認，并對另外 36 份血液樣本中miRNA進行驗證。與健康對照相比，有 179 個 CRC 相關 miRNA 的豐度差異。只有三個（miR-1225-5p、miR-1207-5p 和 miR-4459）在所有 CRC 階段表現(xiàn)出增加的水平。
對3個miRNA進行通路分析，發(fā)現(xiàn)了miRNAs 以各種方式對幾種**相關通路起作用。
這項研究為改進 CRC 篩查的生物標志物發(fā)現(xiàn)提供了線索，是***項提供 CRC 血液表達譜的研究，******評估了不同 CRC不同階段血液中 miRNA 的變化。 這也為其他疾病biomarker的研究提供了新的思路。 重慶骨代謝科研神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護作用。
circNDUFB2抑制NSCLC進展
體外研究表明circNDUFB2過表達顯著抑制了NSCLC細胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進了這些表型。體內(nèi)實驗表明circNDUFB2過表達可顯著抑制NSCLC細胞的致瘤性和轉(zhuǎn)移。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2可能在NSCLC進展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質(zhì)相互作用發(fā)揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關的蛋白質(zhì)。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質(zhì)譜進行分析。發(fā)現(xiàn)**個豐富的蛋白質(zhì)分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實了這一結果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細胞質(zhì)中。為了探討IGF2BPs的KH域?qū)τ谂ccircNDUFB2之間的相互作用，構建IGF2BPs突變體，KH結構域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來進行了circNDUFB2突變，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。
然而，在單細胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應用于高度特定的功能免疫細胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細胞方法可以與基于液滴的多組學平臺相結合，從而能夠同時測量細胞的三個不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)。總之，對單細胞水平上基因調(diào)控和表達的分子基礎有了新的、更統(tǒng)一的看法。增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。
2、CDK4/6i介導的CD8+T細胞記憶獲得是細胞固有的
為了確定在CDK4/6i處理的**中觀察到的T細胞記憶是否由于CDK4/6在這些細胞內(nèi)的直接抑制，在體外將活化的小鼠CD8+T細胞暴露于CDK4/6i中，并監(jiān)測Tcm獲取和分裂數(shù)。***CDK4/6i暴露0、24、72h后，Tcm細胞平均分裂數(shù)減少，同時細胞比例增加，且呈劑量依賴性，*在24h內(nèi)發(fā)生(Fig.2A)。這表明CDK4/6i不是簡單地抑制分化，而是直接促進記憶形成，表明細胞周期機制與分化之間存在方向性關系。通過3'RNA-seq進一步分析發(fā)現(xiàn)，在CDK4/6i處理后，記憶相關轉(zhuǎn)錄本增加，GSEA分析證實了記憶相關特征的富集，以及細胞周期相關特征的減少，包括E2F靶點(Fig.2B-E)。矛盾的是，CDK4/6抑制也誘導了效應相關轉(zhuǎn)錄本，包括Gzma、Gzmc和Pdcd1(Fig.2B-C)，這與之前CDK4/6i促進T細胞活化的報道一致。 思路是您的操作我們來做。缺氧信號通路科研整體服務
專注于生命科學內(nèi)的前沿研究。ampk信號通路芯片科研整體服務
LC3陽性囊泡在質(zhì)膜損傷后在修復部位積聚用激光照射*細胞MCF7，致使細胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發(fā)現(xiàn)在Ca2+存在下，細胞能夠在20到30s內(nèi)修復它們的質(zhì)膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養(yǎng)基中受損的細胞無法修復并繼續(xù)吸收細胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩(wěn)定表達融合蛋白增強型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結果顯示，LC3陽性點在損傷后大約8-10min開始在修復部位形成（Fig.1C）；在未損傷區(qū)域中LC3陽性點未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig.1E-H）。ampk信號通路芯片科研整體服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗