4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細胞轉移中發揮作用
據報道,外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結合蛋白來轉運。通過RNApull-down分析和質譜分析,鑒定了三種可能參與miR-934轉運的RNA結合蛋白,并發現敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達(Fig.4a,b)。hnRNPA2B1是一種RNA結合蛋白,通過與特定基序GGAG/CCCU結合,參與miRNAs的運輸和轉錄后調控。特別是,由于miR-934序列中有兩個GGAG基序,我們推測hnRNPA2B1可能通過與GGAG序列結合,介導miR-934包裝成外泌體的過程。此外,miRNApull-down分析顯示,在細胞質和外泌體中,miR-934和hnRNPA2B1之間存在***的結合關系,然而,突變miR-934的結合序列(GGAG)可削弱這種結合(Fig.4c)。RNA免疫沉淀分析進一步證明,無論是在CRC細胞及其外泌體裂解物中,miR-934在anti-hnrnpa2b1抗體組中比在anti-IgG抗體組中更***富集(Fig.4d)。此外,敲除hnRNPA2B1可以抑制外泌體miR-934從HCT8和LoVo細胞轉移到巨噬細胞的過程(Fig.4e)。因此,這些結果證實hnRNPA2B1可以通過與miR-934的GGAG序列結合,介導miR-934包裝到CRC細胞外泌體中,并將外泌體miR-934轉移到巨噬細胞中。 我們在人類胰腺*細胞系中過表達或敲除METTL14。沈陽結腸黏膜層科研
TCGA泛*中的m6A概況
為了表征m6A模式和篩選潛在靶點,在TCGA中的9804個泛*樣本中開發了一個四步計算框架。經過質量控制后,共有23個m6A調節因子、56個m6A交互蛋白編碼基因、10個lncRNAs和17個miRNAs被納入本研究。106個基因有密切的共表達關系(Pearsonr>0.3)。在共表達調控網絡中,大多數m6A調節因子和一些蛋白質編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。在不同**類型*旁組織的差異表達比較中,許多基因在**組織中的表達水平較高,而一些蛋白質編碼基因則表現出相反的關系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXL、ID2和SOCS2;miR-143、miR-29a、miR-125b-1和miR-145等4種miRNA在**組織中表達較低。所有lncRNAs在**組織中均有較高的表達。利用**和正常組織的前兩個主成分(PC),我們發現m6A模式具有良好的鑒別診斷價值。曲線下面積(AUC)在大多數**中超過90%。 野生型科研地區科學基金評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子(METTL3、METTL14和WTAP)的表達。
。***,用新的基于文獻的化學同義詞增強了CTD化學頁面(以改進查詢),并添加了1600個基于氨基酸的化合物(以增加化學景觀)。總之,這些更新繼續增強CTD作為一個強大的資源,以產生關于環境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設。
首先這是首頁界面,可以根據自己想了解的疾病、化學品、基因和通路等進行搜索。我們以氣道梗阻為例,首先進入視野的就是進本信息,然后是化學品與基因相互作用,其次是氣道梗阻相關化學品,之后是氣道梗阻相關基因,***還有表型和通路相關數據。
七、股骨和肝臟細胞在不同細胞類型之間的統計學差異
HSC / MPP簇中的細胞來源于肝臟,股骨和髖部,這為評估起源于胚胎肝臟或骨髓的HSC/MPP群體中潛在的定性和定量差異提供了機會。研究者首先對處于不同細胞周期狀態的肝臟和股骨細胞的數量進行了Fisher精確檢驗。結果顯示,在股骨和肝臟中,絕大多數CD-REF細胞處于G0/G1期,而肝臟中處于S-G2-M期的細胞數量幾乎是股骨的兩倍。KS和MWW檢驗顯示,與肝臟相比,股骨中HSCs/MPPS中基因表達數量也比較少,但股骨中HSCs/MPPs***上調了與核小體組裝、染色質組裝和DNA組裝有關的基因,而肝臟中HSC/MPPs***上調了與肌動蛋細胞骨架重塑、細胞粘附和遷移有關的基因。 上海英拜生物有經驗豐富的科研團隊。
CD163是一種免疫調節劑,是巨噬細胞清清體受體家族的成員,已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在 committed cluster 中其他基因的高表達包括免疫相關基因,如C1QA, CD14和MARCO。msl1基因,一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子,也在committed cluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA),在committed 亞型中,免疫反應通路如干擾素- γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C, D, Supplementary Figs. 16, 18,與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。專注于生命科學內的前沿研究。沈陽糞便微生物科研
英拜生物您隨身的科研小助手。沈陽結腸黏膜層科研
4、Sirt1是在MRL/lpr小鼠中hUC-MSCs介導的CD4+T細胞衰老所必須的
接下來,檢測了Sirt1是否是hUC-MSCs促進MRL/lpr脾CD4+T細胞衰老所足夠和必要的。研究發現,使用Sirt1抑制劑-EX527預處理MRL/lpr小鼠的CD4+T細胞后,Sirt1的表達減弱,p21和p16的表達和p53的乙酰化水平均增加了(圖4A)。相反地,用Sirt1的選擇性***劑SRT1720預處理MRL/lpr小鼠的CD4+T細胞后,可以抑制hUC-MSCs誘導的衰老(圖4B)。綜上所述,這些數據表明Sirt1是hUC-MSCs增加MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞衰老的關鍵介質。 沈陽結腸黏膜層科研
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗