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五、急性GvHD的嚴(yán)重程度可以在造血干細(xì)胞移植之前通過口腔微生物群的組成來預(yù)測(cè)
A.相對(duì)豐度:隨著時(shí)間的推移,在0級(jí)aGvHD患者的口腔中12個(gè)**豐富的家族。B.svmLinear模型識(shí)別出的前20名口腔預(yù)測(cè)ASV的重要性圖,重要性分?jǐn)?shù)表示剔除該ASV后,預(yù)測(cè)精度平均下降。**終的交叉驗(yàn)證svmLinear模型從口服ASVspreHSCT的豐度中預(yù)測(cè)了aGvHD(0IvsIIIV),準(zhǔn)確率為92%(95%CI:73~99%)。通過Boruta特征選擇確認(rèn)的asv用星號(hào)表示。C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數(shù)回歸識(shí)別為有意義的分裂節(jié)點(diǎn)用于aGvHD預(yù)測(cè)。沿分枝的數(shù)目表明變異的分裂值穩(wěn)定了細(xì)菌豐度。終端節(jié)點(diǎn)顯示來自aGvHD分級(jí)為0IvsIIIV患者的樣本比例(n=**樣本數(shù)量)。D.箱形圖描述了在0I級(jí)aGvHD患者和IIIV級(jí)aGvHD患者移植前時(shí)間點(diǎn)預(yù)測(cè)ASVs的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)化相對(duì)豐度。在aGvHD0級(jí)I和II級(jí)IV的患者中基于樹的稀疏LDA識(shí)別出普雷沃氏科和放線菌科ASVs的E軌跡,包括ASV226和ASV568,這些ASV226和ASV568可以預(yù)測(cè)aGvHD(粗體線). 2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測(cè)遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。桿狀病毒科研地區(qū)科學(xué)基金
IFNα和抗CD3/CD28磁珠長(zhǎng)期刺激后CD8 + T細(xì)胞中SRC能力的降低表明生物能量適應(yīng)性受損。研究發(fā)現(xiàn),IFNα刺激的CD8 + T細(xì)胞在初始爆發(fā)后,與*用CD3/CD28刺激的CD8 + T細(xì)胞相比,其氧化和糖酵解能力下降更快(圖4d)。總之,使用健康對(duì)照CD8 + T細(xì)胞的體外研究表明,雖然單獨(dú)延長(zhǎng)IFNα處理能夠觸發(fā)可檢測(cè)的代謝改變,但只有IFNα暴露和T細(xì)胞活化的聯(lián)合才能表型復(fù)制IFN-High SLE患者CD8 + T細(xì)胞中觀察到的線粒體和代謝異常。
5、IFNα暴露誘導(dǎo)慢性***CD8+T細(xì)胞死亡
在建立重現(xiàn)SLECD8+T細(xì)胞代謝變化的實(shí)驗(yàn)條件后,接下來研究了下游效應(yīng)。與SLE患者的離體數(shù)據(jù)一致,發(fā)現(xiàn)IFNα暴露延長(zhǎng)聯(lián)合T細(xì)胞活化可促進(jìn)CD8+T細(xì)胞的自發(fā)死亡(圖5a)。與自發(fā)性細(xì)胞死亡數(shù)據(jù)一致,作者發(fā)現(xiàn)再激發(fā)后,暴露于IFNα的細(xì)胞中表達(dá)AnnexinV的增殖性CD8+T細(xì)胞百分比***增加(圖5b)。此外,在IFN刺激的細(xì)胞中檢測(cè)到較少的脫顆粒(CD107a陽性)和活化的(CD69和CD25陽性)CD8+T細(xì)胞(圖5c)。總之,數(shù)據(jù)表明,I型IFN改變了SLE患者CD8+T細(xì)胞的代謝,導(dǎo)致TCR再激發(fā)后細(xì)胞存活率降低。 Notch信號(hào)靶標(biāo)科研實(shí)驗(yàn)外包巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。
上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)促進(jìn)**發(fā)生和轉(zhuǎn)移,增加**對(duì)***干預(yù)的耐受性。TGF-b和Wnt通路的異常***誘導(dǎo)EMT。lncRNAs***影響EMT調(diào)控。2021年6月發(fā)表于Molecular Therapy-Nucleic Acids(IF=8.886)的文章“l(fā)ncRNA MIR210HG promotes the progression of endometrial cancer by spongingmiR-337-3p/137 via the HMGA2-TGF-b/Wnt pathway”對(duì)此展開了研究。在此,我們發(fā)現(xiàn)MIR210HG在子宮內(nèi)膜*組織中過表達(dá),與不良預(yù)后相關(guān)。MIR210HG的沉默在體外***抑制了細(xì)胞增殖、遷移、侵襲和EMT表型的形成以及在體內(nèi)的**發(fā)生。生物信息學(xué)分析、RIP分析和熒光素酶分析表明,MIR210HG作為miR-337-3p和miR-137的分子海綿,調(diào)節(jié)HMGA2的表達(dá)。此外,MIR210HG過表達(dá)***增強(qiáng)了Wnt/b-catenin和TGF-b/Smad3信號(hào)通路基因,而MIR210HG或HMGA2下調(diào)抑制了Wnt/b-catenin和TGF-b/Smad3信號(hào)通路基因。我們?cè)贛IR210HG-miR-337-3p/137-HMGA2軸上的發(fā)現(xiàn)說明了其作為子宮內(nèi)膜****發(fā)展的靶點(diǎn)的潛力。
7)NOX4通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人體星形膠質(zhì)細(xì)胞的脂質(zhì)過氧化促進(jìn)鐵死亡
為了探討NOX4調(diào)控AD星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡的分子機(jī)制,我們檢測(cè)NOX4的升高是否能通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過氧化促進(jìn)鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測(cè)定了4-HNE在人星形膠質(zhì)細(xì)胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示,與對(duì)照組相比,NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平,增加了質(zhì)膜中脂質(zhì)過氧化源性液滴的含量,細(xì)胞的形狀出現(xiàn)收縮(圖7A)。NOX4過表達(dá)使4-HNE陽性細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7B)。NOX4過表達(dá)增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是,與對(duì)照組相比,NOX4的升高增加了鐵的積累,這是鐵死亡的特異性標(biāo)志(圖7D)。 增加乳酸桿菌水平導(dǎo)致尿酸水平下降。
然后使用單細(xì)胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜(Fig. 4G)。使用pseudobulk RNA-seq分析和預(yù)轉(zhuǎn)移體外培養(yǎng)的基因比較,生成了持續(xù)細(xì)胞的基因標(biāo)記,其標(biāo)志是記憶相關(guān)基因(Sell,F(xiàn)oxp1,Tcf7,Cd7,Il7r,Klf2,Ccl5)的高表達(dá)和效應(yīng)相關(guān)基因(Gzmd,Ifng,Prf1,Gzma,Gzmb)的低表達(dá)(Fig. 4H-I)。對(duì)先前的體外單細(xì)胞數(shù)據(jù)(Fig. 2H-J)的進(jìn)一步分析顯示,CDK4/6i處理后,具有這種持續(xù)性特征的細(xì)胞頻率從7.5%增加至26.8%(Fig. 4J-K)。這些數(shù)據(jù)表明,抑制CDK4/6促進(jìn)T細(xì)胞向真實(shí)的記憶表型分化,其特征是功能的長(zhǎng)期持久性。發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。天津SCI科研
大黃酸導(dǎo)致嘌呤代謝正常化和腸道尿酸水平的降低。桿狀病毒科研地區(qū)科學(xué)基金
ChIP分析結(jié)果表明,高濃度si-circ#2轉(zhuǎn)染后FIR和FUSE的結(jié)合水平高于低濃度si-circ#2轉(zhuǎn)染后FIR和FUSE的結(jié)合水平。此外,沉默 FIR 顯著增強(qiáng)了 MYC 的表達(dá),而過表達(dá) FIR 通過 qRT-PCR 和 BC 細(xì)胞中的蛋白質(zhì)印跡降低了 MYC 的水平。OE-FIR 或 sh-FIR 與 circACTN4 或 si-circ#2 共轉(zhuǎn)染后,我們發(fā)現(xiàn)過表達(dá) FIR 可以逆轉(zhuǎn) circACTN4 對(duì) MYC 表達(dá)的增強(qiáng)作用,而 FIR 敲低可以抵消下調(diào)的抑制作用qRT-PCR 在 MYC 水平上檢測(cè)到 circACTN4。總之,這些結(jié)果表明circACTN4可以抑制FIR和FUBP1的結(jié)合以減輕FIR的抑制作用,從而促進(jìn)MYC轉(zhuǎn)錄。桿狀病毒科研地區(qū)科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀,客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性,為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng):提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫,標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展,設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn),中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片:信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測(cè)序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測(cè),F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)