江蘇肺動(dòng)脈高壓科研

m6A RNA甲基化是mRNA轉(zhuǎn)錄后**常見(jiàn)的內(nèi)部甲基化。這是一個(gè)由m6A WER系統(tǒng)控制的可逆過(guò)程，由書(shū)寫(xiě)器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結(jié)果取決于特異性閱讀器的識(shí)別并結(jié)合。目前研究發(fā)現(xiàn)抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關(guān)。該研究2021年1月發(fā)表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。

1.YTHDC2表達(dá)在LUAD中被抑制，且與臨床預(yù)后差相關(guān)

為了驗(yàn)證m6A閱讀器在肺*的表達(dá)，作者通過(guò)GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示，與正常肺相比，LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達(dá)下調(diào)，而結(jié)合Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)和Kaplan-Meier圖譜進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(guān)(圖1D)，這證實(shí)了YTHDC2與LUAD存在負(fù)相關(guān)的關(guān)系。 專(zhuān)注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。江蘇肺動(dòng)脈高壓科研

我們鑒定出了幾個(gè)可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個(gè)E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進(jìn)一步證實(shí)，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒(méi)有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強(qiáng)了STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對(duì)PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明，STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過(guò)程中起著關(guān)鍵作用。與LINC00926對(duì)STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化的影響一致，LINC00926增加了STUB1和PGK1之間的相互作用(圖4K)。而敲低STUB1**減弱了LINC00926對(duì)PGK1降解的影響(圖4L)。受體科研省自然科學(xué)基金增加乳酸桿菌水平導(dǎo)致尿酸水平下降。

與SMARCA4類(lèi)似，SMARCC1[15](在ChIP-SICAP中發(fā)現(xiàn))顯示與C1和C2位點(diǎn)相結(jié)合(圖2g）。

重點(diǎn)分析了ARBs染色質(zhì)可及性的變化，發(fā)現(xiàn)雄***通常增加了ARBs的可及性(圖3a, ATAC, siCTRL)。盡管SBs和ARBs之間有很大的重疊，但SMARCA4刪除*減少了2149個(gè)ARBs的染色質(zhì)可及性。這些sismarca4受影響的位點(diǎn)中有一半是開(kāi)放的，不管***暴露與否(pre-accessible)，其余的在***暴露后顯示其可及性增加(de novo位點(diǎn)，圖3a和c)。被AR招募的SMARCA4增加染色質(zhì)可及性，潛在地協(xié)助其他因素招募到這些位點(diǎn)(圖3d，補(bǔ)充表2)。由于雄***誘導(dǎo)了FOXA1在sismarca4影響位點(diǎn)的結(jié)合(圖3e)， AR誘導(dǎo)的SMARCA4的招募可能有助于雄***誘導(dǎo)FOXA1的結(jié)合。上述結(jié)果表明SMARCA4在CRPC細(xì)胞染色質(zhì)景觀的調(diào)節(jié)中既有AR依賴(lài)的作用，也有非ARr**的作用。

三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動(dòng)態(tài)

由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過(guò)染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測(cè)了人類(lèi)胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對(duì)18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了測(cè)序，基于SNN算法，共得到7個(gè)不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測(cè)了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細(xì)胞的未分化特性一致(圖3B)。 文章檢測(cè)了小鼠腸系膜淋巴結(jié)(MLN)中的Th17細(xì)胞（與結(jié)腸炎癥密切相關(guān)）。

ROS及其細(xì)胞副產(chǎn)物是酪氨酸磷酸酶的有效抑制劑，、用抗霉素A培養(yǎng)T細(xì)胞可導(dǎo)致酪氨酸磷酸化的持續(xù)和升高(圖6a)，這被魚(yú)藤酮或NAC阻斷(圖6a,b)。免疫印跡分析顯示，在aa誘導(dǎo)的ROS下，酪氨酸磷酸化的***數(shù)量增加，但幾種不同的蛋白在NAC處理下有差異的磷酸化(圖6b)。TCR-reporter Nur77-GFP小鼠研究表明在TCR信號(hào)缺失的情況下，抗霉素A誘導(dǎo)GFP表達(dá);在低于連續(xù)刺激條件下誘導(dǎo)的信號(hào)時(shí)，抗霉素A處理產(chǎn)生的GFP與酪氨酸磷酸酶抑制劑orthovandate (50 μm)培養(yǎng)的T細(xì)胞表型相匹配(圖6c)。磷酸酪氨酸級(jí)聯(lián)促進(jìn)NFAT1的核積累，單獨(dú)的ROS誘導(dǎo)(通過(guò)抗霉素A)以魚(yú)藤酮抑制的方式促進(jìn)NFAT1核的增加(圖d).乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。氨基酸代謝科研

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此外，我們還鑒定了涉及**白復(fù)合體和剪接體的蛋白質(zhì)。核孔復(fù)合體(NPC)和NCT通路的組成部分是tbi后上調(diào)的主要蛋白子集(圖1圖補(bǔ)充1F)。鼻咽*通路此前尚未被認(rèn)為與創(chuàng)傷介導(dǎo)的神經(jīng)退行性變有關(guān)，但據(jù)報(bào)道，在ALS/FTD、AD、HD和其他神經(jīng)退行性疾病中，鼻咽*通路被破壞。因此，我們決定進(jìn)一步研究鼻咽*改變介導(dǎo)TDP-43在TBI中的病理變化。蛋白質(zhì)組學(xué)分析顯示，一些Nups在腦損傷時(shí)被上調(diào)(圖1D和E)。對(duì)這些Nups的定量逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)分析證實(shí)，TBI***上調(diào)Nup93-2、Nup54、Nup62、Nup44A，和Nup214 mRNA水平的果蠅幼蟲(chóng)(圖1F I和圖1圖Supplement 1G)和成年大腦(圖1J L)。江蘇肺動(dòng)脈高壓科研

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